主要内容

核苷酸序列分析

计算和交互式地探索序列统计;计算序列的属性;分析主题;设计引物;发现限制性内切酶

进行深入分析核苷酸序列得到更好地理解序列的特性和功能。可以计算序列的统计数据,如密码子核苷酸的频率和密度和交互式地探索的序列顺序查看器应用。计算链互补和DNA寡核苷酸序列的性质。使用不同的效用函数将DNA序列RNA序列,反之亦然,找到核苷酸编码,计算共识序列。

应用程序

顺序查看器 可视化和交互式地探索生物序列

功能

全部展开

basecount 数中核苷酸序列
codonbias 计算每个氨基酸密码子频率编码的核苷酸序列
codoncount 在核苷酸序列码数
dimercount 在核苷酸序列数二聚体
ntdensity 情节密度的核苷酸序列
seqwordcount 出现次数计数的词序列
nt2aa 核苷酸序列转换成氨基酸序列
aa2nt 氨基酸序列转换为核苷酸序列
nt2int 信核苷酸序列转换成整数表示
int2nt 核苷酸序列从整数转换成字母表示
dna2rna DNA序列转换为RNA序列
rna2dna RNA序列转换为DNA序列
revgeneticcode 返回反向映射(氨基酸,核苷酸密码子)的遗传密码
seqcomplement 计算互补链的核苷酸序列
seqrcomplement 计算反向互补链的核苷酸序列
seqreverse 计算反向链的核苷酸序列
baselookup 找到核苷酸编码,整数,名字,和补充
geneticcode 返回核苷酸密码子为基因编码氨基酸的映射
oligoprop 计算DNA寡核苷酸序列的性质
seq2regexp 用模糊字符序列转换为正则表达式
seqinsertgaps 插入空白核苷酸或氨基酸序列
cpgisland 在DNA序列定位CpG岛
joinseq 加入两个序列产生最短超层序
回文 发现回文序列
randseq 从有限字母表生成随机序列
seqmatch 在图书馆找到匹配每一个特征向量
seqviewer 可视化和交互式地探索生物序列
seqdisp 长的序列输出格式,便于查看
seqshoworfs 按顺序显示开放阅读框架
seqprofile 计算序列配置文件的设置,用一致的序列
featureparse 解析功能从基因库、GenPept或EMBL的数据
featureview 画线性或圆形的地图功能基因库结构
seqconsensus 计算共识序列
seqdotplot 创建两个序列的点图
seqlogo 显示核苷酸或氨基酸序列的序列标识
rebasecuts 发现限制性内切酶切核苷酸序列
限制 分离核苷酸序列在限制的网站

主题