序列比对

多个,成对,使用动态规划算法和轮廓序列比对;爆炸的搜索和比对;标准和自定义评分矩阵

比较核苷酸或氨基酸序列使用成对或多重序列比对功能。两两比对的标准算法包括Needleman-Wunsch (nwalign),均为(swalign)算法。您还可以执行使用各种功能,多重序列比对等multialign和profalign,想象中的对齐结果序列比对应用。此外,您可以使用一个隐藏的马尔可夫模型(HMM)的查询序列对齐嗯概要文件。对已知的序列执行爆炸搜索在线数据库使用各种爆炸计划。

应用程序

序列比对	可视化和编辑多个序列比对

功能

`localalign`	返回局部最优和次优两个序列之间的对齐
`nwalign`	在全球范围内使用Needleman-Wunsch对齐两个序列的算法
`swalign`	在本地使用均为两个序列对齐算法
`seqdotplot`	创建两个序列的点图
`seqpdist`	计算两两之间的距离序列

`seqalignviewer`	可视化和编辑多个序列比对
`multialign`	使多个序列使用进步的方法
`profalign`	对齐两个配置文件使用Needleman-Wunsch全局比对
`seqconsensus`	计算共识序列
`seqprofile`	计算序列配置文件的设置,用一致的序列
`seqlogo`	显示核苷酸或氨基酸序列的序列标识

`hmmprofalign`	查询序列对齐概要文件使用隐马尔科夫模型对齐
`hmmprofestimate`	估计概要文件使用pseudocounts隐马尔科夫模型(HMM)参数
`hmmprofgenerate`	生成随机序列来自配置文件隐马尔可夫模型(HMM)
`hmmprofmerge`	显示一组嗯概要文件比对
`hmmprofstruct`	创建或编辑隐马尔科夫模型(HMM)配置文件结构
`showhmmprof`	情节隐马尔科夫模型(HMM)概要文件

blastncbi 创建远程NCBI BLAST报告请求ID或链接NCBI BLAST报告

`blosum`	返回BLOSUM得分矩阵
`dayhoff`	返回Dayhoff得分矩阵
`gonnet`	返回Gonnet得分矩阵
`nuc44`	返回NUC44得分矩阵核苷酸序列
`帕姆`	返回点接受突变(PAM)评分矩阵