主要内容

部署Simbiology Model

此示例显示如何部署模拟SimBiology Model的图形应用程序。示例模型是Lotka-Volterra反应系统,如Gillespie [1]所述,它可以被解释为简单的捕食者 - 猎物模型。

此示例需要Matlab Compiler™。

概述

您可以使用MATLAB编译器和SimBiology导出模型创建独立的素质应用程序。要使应用程序与MATLAB编译器兼容,请执行以下操作:

  • 使用模型创建导出的模型出口方法。

  • 加速模型(可选)。

  • 将模型保存到垫文件。

  • 确保您的应用程序从垫文件加载模型。

  • 添加%#功能pragma到应用程序的顶级功能。

  • 打电话给MCC.函数,显式添加MAT文件和导出的模型的依赖文件到应用程序。

加载模型

sbioloadproject.Lotka.M1

创建导出的模型

ExportedModel =导出(M1);

加速模型

加速需要正确配置的MEX编译器(请参阅文档mex-setup.)。

加速(exportedModel);

保存导出的模型

取消注释下一行以保存ExportedLotka.mat中的模型

%save exportedlotka exportedmodel

称呼MCC.

应用程序的顶级功能,simulatelotkagui.m,已更新以使用导出的模型垫文件。它还包含以下内容%#功能Pragma,它告诉Matlab编译器应用程序使用SimBiology导出的模型:%#函数simbiology.export.model

现在,确定要显式添加到应用程序的文件列表。此列表包括包含导出的模型和列出的任何文件的MAT文件依赖于此出口模式的财产。请注意,此垫文件必须以前加载到工作区MCC.被调用,以便导出的模型的文件可用于部署。

%要加快编译,我们使用该选项| -n -p simbio |,这通知%| MCC |已部署的应用程序不依赖于任何额外的应用程序%工具箱。出于此示例的目的,我们以编程方式%构建| MCC |命令。mcccommand = ['mcc -m simulatelotkagui.m-n -p simbio -a exportedlotka.mat'......Sprintf(' -作为',ExportedModel.DependentFiles {:})];%取消注释以下行执行| MCC |命令。这可能需要% 几分钟。%eval(mcccommand)

参考

[1] Gillespie D.T.“耦合化学反应的精确随机模拟,”(1977)物理化学杂志,81(25),2340-2361。