物种对象- MATLAB和Simulink金宝app - 金宝app,下载188bet金宝搏,金宝搏官方网站

种对象

一个种对象表示一种物质，即参与反应的化学物质或实体的数量。一个物种总是被限定在一个隔间内。

将物种添加到具有多个隔间的模型时，必须使用合格名称使用compartmentName．speciesName．例如,nucleus.dna.表示该物种DNA在车厢里核．

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创建并添加一个物种到模型中	`添加剂`
物种的方法和特性	`种对象`

在模型的模拟过程中，物种的数量可以保持不变，也可以变化。使用a的下列属性种对象要指定在模拟过程中物种数量的变化:

Constantamount.property -当设置为时真的，物种数量在模拟过程中不发生变化。物质可以是反应或规则的一部分，但反应或规则不能改变它的量。当设置为假反应物的量由反应或规律决定，但不是两者都决定。
BoundaryConditionproperty -当设置为时真的，物质的数量是常数或由规则决定的，但不是由化学反应决定的。换句话说，这个模拟并没有从这个物种的反应中产生一个不同的速率项，即使它是在一个反应中，但它可以有一个根据规则产生的不同的速率项。

集Constantamount.来真的和BoundaryCondition来假对于常数物质，其量不受反应或法则的影响。在这种情况下，物种就像一个参数。它不可能是一种反应，也不可能被规则所改变。

Constantamount.	BoundaryCondition	反应	规则	改变了
真的	假	不	不	从来没有

例子- 物种E不是反应的一部分，但它是反应速率方程的一部分。E是常数，可以用常数替换吗Vm = k2 * E．

反应速率:kcat*E+ S * S /(公里)

集Constantamount.来假和BoundaryCondition来假对于一个物质，它的量是由反应或法则改变的，而不是两者都改变。

Constantamount.	BoundaryCondition	反应	规则	改变了
假	假	是的	不	反应
假	假	不	是的	规则

例1- 物种一个是反应的一部分，它在反应速率方程中。反应物的量或浓度由反应决定。这是物种中最常见的一类。根据这些反应，建立了该物质的微分速率方程。

反应:一个- > B反应率：K *一个

例2.- 物种E不是反应的一部分，但它在反应速率方程中。E根据另一个反应或规则而变化。

反应速率:kcat*E+ S * S /(公里)

例3.- 物种G不是反应的一部分，也不在速率方程中。G随代数规则或速率规则而变化。

利率规则:dG/ dt = k

集Constantamount.来假和BoundaryCondition来真的对于规则改变的物种，但物种也是反应的一部分，并且不会产生来自反应的差分率术语。物种的数量随着规则的规则而变化，差分率术语是从规则创建的。

Constantamount.	BoundaryCondition	反应	规则	改变了
假	真的	是的	是的	规则

例1- 物种一个不是由速率方程改变，而是根据速率规律改变。然而,一个可能在反应中改变其他物质的速率方程中。

反应:一个-> B反应速率:k1或k1*一个速率法则:dA/dt = k2*A(解是a = k2 * t)(输入SimBiology为a = k2 * a）

例2.- 物种一个不是在速率方程中，而是根据代数规则变化的。

反应:一个-> B + C反应速率:k或k*A代数规则:一个= 2*C(输入SimBiology为2 * C - A）

集Constantamount.来假和BoundaryCondition来真的对于一个常数种的反应物，它是反应的一部分，但反应中并没有产生不同的速率项。差速项是根据规则创建的。

Constantamount.	BoundaryCondition	反应	规则	改变了
真的	真的	是的	不	从来没有

在仿真期间，不为物种创建差分速率方程。dSpecies / dt不存在。

例1- - - - - -一个是一个无限的来源它的量不变。B以零阶速率增加(k和k *都是常数））。源是指质量被添加到系统中的物种。

反应:一个-> B反应速率:k或k*A

例2.- B以一阶速率降低，但是一个是一个无限汇它的量不变。一个水槽指从系统中减去质量的物质。

反应:B - >一个反应速率:k * B

例3.- - -无效的物种是一个保留的物种名称，可以充当源或汇。

反应:无效的-> B反应速率:k反应:B ->无效的反应速率:k * B

例4.- - - - - -三磷酸腺苷和ADP都在反应中并且有常数值，但它们不在反应速率方程中。

反应：S +三磷酸腺苷- > P +ADP反应速率:Vm*S/(Km + S)