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Matlab只打开多页tiff堆栈的第一帧
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我用ImageJ中的宏创建了多页tiff文件，我现在试图使用matlab打开它，但我只能访问第一帧。
下面是imfinfo(filename)的结果。相应地，我得到
长度(imfinfo(filename)) = 1
文件名:[1x129 char]
FileModDate:“11月28 - - 2013 12:27:51”
文件大小:6.7905 e + 09年
格式:气管无名动脉瘘管的' '
FormatVersion: []
宽度:512
身高:512
BitDepth: 8
ColorType:“灰度”
FormatSignature: [77 77 0 42]
ByteOrder:“大端法”
NewSubFileType: 0
BitsPerSample: 8
压缩:未压缩的
PhotometricInterpretation:“BlackIsZero”
StripOffsets: 932625
SamplesPerPixel: 1
RowsPerStrip: 512
StripByteCounts: 262144
XResolution: []
YResolution: []
ResolutionUnit:“没有”
Colormap: []
PlanarConfiguration:“粗”
TileWidth: []
TileLength: []
TileOffsets: []
TileByteCounts: []
方向:1
FillOrder: 1
GrayResponseUnit: 0.0100
MaxSampleValue: 255
MinSampleValue: 0
阈值:1
抵消:8
ImageDescription:“ImageJ = 1.47 q
图像= 25900
片= 25900
循环= false
然而，如果我在ImageJ中打开相同的tif文件，那么我可以阅读和滚动25900帧…奇怪的是matlab可以读取之前我在imageJ中创建的多页tiff，而不需要我的批处理宏…
我不明白发生了什么……任何帮助都将不胜感激!谢谢你,史蒂文
接受的答案
Christoph
2014年4月28日
编辑:图像分析
2019年10月17日
ImageJ只在文件开头为大于4GB的TIFF文件写入第一个IFD。
其他IFD条目放在TIFF文件的末尾。
ImageJ能够读取这样的文件，因为它在ImageDescription标签中看到“images=n”，并意识到它需要打开n张图像。
作为MATLAB中的解决方案，您可以尝试下面的代码是否有效。注意:这段代码假设TIFF图像具有条带平面配置，并且每张图像包含一个条带。这可能不适用于所有图像，但它可以让您了解如何使用低级I/O函数读取ImageJ生成的此类文件。
文件名=“Mylarge.tif”；确定图像帧数和第一个图像的偏移量
info = imfinfo(文件名)
这可能会产生类似于(以及其他)的结果
文件大小:1.055313188500000 e + 10
格式:气管无名动脉瘘管的' '
FormatVersion: []
宽度:692
身高:520
BitDepth: 16
ColorType:“灰度”
FormatSignature: [77 77 0 42]
ByteOrder:“大端法”
NewSubFileType: 0
BitsPerSample: 16
压缩:未压缩的
PhotometricInterpretation:“BlackIsZero”
StripOffsets: 3342765
SamplesPerPixel: 1
RowsPerStrip: 520
StripByteCounts: 719680
现在确定帧数:
numFramesStr = regexp(信息。ImageDescription,“图像= (\ d *)”，“令牌”）;
numFrames = str2double(numFramesStr{1}{1});
使用低级文件I/O读取文件
fp = fopen(文件名，rb的）;
StripOffsets字段提供了第一个条带的偏移量。基于
%该文件的INFO，每个图像由1条组成。
fseek (fp,信息。StripOffsets,“转炉”）;
假设图像为每像素16位，并以大端格式存储。
还假设图像是一个接一个地存储的。
例如，读取前100帧
framenum = 100;
imData =细胞(1、framenum);
为CNT = 1:framenum
imData{cnt} = fread(fp，[信息。宽度信息。高度),“uint16”0,“ieee-be”)”;
结束
文件关闭(fp);
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