主要内容

预处理

通过单端和对端读取管理NGS数据,过滤和修剪读取,并显示质量统计

预处理序列使用各种函数读取数据。根据测序数据的质量过滤读取,并修剪序列的端点。执行条形码匹配(解复用),以根据样本的条形码对其进行分组。将合并的对端序列数据分割成两个单独的文件。计算质量统计数据,并使用质量控制图将这些信息可视化。

功能

seqfilter 根据指定的条件过滤掉序列
seqtrim 根据指定的标准修剪序列
seqsplit 根据条形码将序列分割成单独的文件
seqsplitpe 将合并的对端序列分割成单独的文件
seqqcplot 为序列和质量数据创建质量控制图

主题

使用基因组查看器应用可视化NGS数据

使用Genomics Viewer应用程序查看细胞色素p450基因单核苷酸变异的NGS比对数据。