主要内容
统计分析
阅读RNA-seq和ChIP-seq数据的总结和统计分析
功能
袖扣 |
从对齐的读数组装转录组 |
cuffcompare |
在多个实验中比较组装的转录本 |
cuffdiff |
鉴定转录本表达的显著变化 |
cuffmerge |
合并RNA-seq总成 |
cuffnorm |
使转录本表达水平正常化 |
cuffquant |
量化基因和转录本表达谱 |
cuffgffread |
过滤和转换GFF和GTF文件 |
cuffgtf2sam |
将GTF文件转换为SAM文件 |
垫 |
执行两样本t检验来评估来自两种实验条件或表型的基因的差异表达 |
mafdr |
估计多重假设检验的阳性错误发现率 |
nbintest |
小样本量计数资料的非配对假设检验 |
featurecount |
计算映射到基因组特征的读取数 |
metafeatures |
基于互信息学习的特征工程吸引子元基因算法 |
rankfeatures |
根据类可分性标准对关键特征进行排序 |
randfeatures |
生成特征的随机子集 |
rnaseqde |
对RNA-seq计数数据进行差异表达分析 |
knnimpute |
使用最近邻法估算缺失数据 |
crossvalind |
生成训练和测试集的指标 |
classperf |
评估分类器的性能 |
类
NegativeBinomialTest |
非配对假设检验结果 |
CuffCompareOptions |
选项设置cuffcompare |
CuffDiffOptions |
选项设置cuffdiff |
CuffGFFReadOptions |
选项设置cuffgffread |
CufflinksOptions |
选项设置袖扣 |
CuffMergeOptions |
选项设置cuffmerge |
CuffNormOptions |
选项设置cuffnorm |
CuffQuantOptions |
选项设置cuffquant |
主题
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