主要内容

导入数据-支持的文件和数据类型金宝app

金宝app支持的文件和数据类型

可以将表格数据导入SimBiology模型分析器应用程序或到MATLAB®工作区。支持的文金宝app件类型为Excel®文件(.xls、.xlsx)、文本文件(.csv、.txt)和SAS®导出文件(.xpt)。您还可以指定数据位于非EM中®格式的文件。导入过程根据NONMEM定义解释列。有关更多信息,请参见金宝app支持导入NONMEM格式的文件

笔记

如果您的数据集包含作为输液数据的剂量信息,则数据集必须包含速率,而不是输液持续时间。

单位转换

无论单位转换功能是开启还是关闭,数据文件中的剂量必须以数量(或)表示/时间注入率)。默认情况下单位转换已禁用,因此必须确保数据的单位彼此一致。如果要启用单位转换,请参阅导入数据的单位转换

创建数据文件SimBiology定义

如果您正在创建一个包含时间进程数据的文件,您想要导入到SimBiology中进行匹配,请创建具有以下列的数据文件:

  • 组列-指定文本、数字或分类值。例如,您可以使用这个列将多个个体分组到单独的组中。然后,您可以将此分组或分类信息用于层次拟合.这一列是可选的。

  • ID列-指定文本、数字或分类值。文件中具有相同ID列值的行用于同一个人。如果测量数据仅来自一个人,则此列是可选的。

  • 时间列-指定每个ID内单调递增的正值,定义剂量、观察测量和协变量测量的时间。

  • 零或更多剂量列-创建一个剂量列为每个室被剂量。在每一栏中,指定表示添加到物种的剂量的正数。使用(不是数字)指定在指定时间未应用剂量。换句话说,指定剂量量为记录观察结果但未应用剂量时。

  • 零个或多个速率列—指定正值、零或.0表示无限的速率指定不应用速率。速率栏与剂量栏相关联,并定义给药速率。例如,如果您可以在剂量1列中指定其速率Rate1列。

  • 零个或多个观察列-指定数值或值定义在指定的时间没有记录任何观测。使用为使用剂量但没有观察记录的次数。您可以在特定时间为每个ID指定一个观察值。当您有复制时,通过添加更多具有相同时间值的行,为同一时间点指定多个观察值。例如,请参见下面屏幕截图中的第2行和第3行中央数控在时间= 0时有两个测量值。

  • 零个或多个协变量列——指定文本、数字或分类值,或. 每个值定义指定时间的协变量值。值表示在指定时间未记录协变量观察。SimBiology仅支持非时变协变量。例如,请参阅金宝app性别年龄下例中的列。有关如何使用类别进行管件的示例,请参阅估计多个个体的特定类别PK参数

下面是示例数据文件的屏幕截图。

显示excel表格的图像,其中列对应于组、ID、时间、测量数据、协变量数据、剂量和剂量率。

您可以从以下位置下载示例Excel文件:matlabroot/ / simbio /数据/ sample_data_simbiology.xlsx例子matlabroot是安装MATLAB的根目录。您也可以输入matlabroot在命令行中查看根目录的文件路径。

金宝app支持进口非金属格式化文件

您可以指定数据在NONMEM格式的文件中。下表强调了SimBiology对该数据的解释®软件

列标题 理解
ID

标识记录或组的文本(字符向量)、数字或分类值。导入过程假设具有相同值的连续数据包含来自单个数据的数据。如果数据包含对相同值的非连续引用,则导入过程将为遇到的第二个ID分配从第一个遇到的组派生的索引值。例如,如果ID列包含[1 1 1 2 2 1 1 1],分配的id为1, 2, 1_1

时间

各组内单调递增的正值,表示观察时间或剂量或文本(字符向量)。数据文件可以指定时钟(2:30作为字符向量)或十进制值(6.25)。导入过程指定的值为0首先时间值。导入过程相对于第一个值分配后续值。

下表是导入过程如何将时钟值解释为十进制值的示例。

原始时钟值 导入值
10:00 0
10:30 0.5
11 1.
12:30 2.5

如果数据文件还包含日期列时,导入过程将其与时间列在计算相对时间值。列不能包含

日期,DAT1,DAT2DAT3

确定观察日期或剂量。该列可以将月份包含为数字(9)或者一个字符向量(九月).使用以下格式指定日期:

  • 日期-该列可以指定月/日/年月日年。如果指定两个数字,则导入过程假定它们是月和日。你可以使用任何一种/-作为一个分隔符。

  • DAT1-该列可以指定日/月/年day-month-year。如果指定两个数字,则导入过程假定它们是日和月。

  • DAT2-该列可以指定年/月/日年月日。如果指定两个数字,则导入过程假定它们是月和日。

  • DAT3-该列可以指定年/月/天年-日-月。如果指定两个数字,则导入过程假定它们是日和月。

笔记

  • 如果只指定一个数字,则导入过程假定它是当天。

  • 您可以省略年份或指定1、2、3或4位数字。如果指定两位数的年份,则假定是1900年代。

  • 如果数据具有DAT1,DAT2DAT3列,设置日期标签财产NMFileDef对象相应地使用sbionmfiledef。然后在运行时将该对象指定为第二个输入参数SBIonImport

数码摄像 观测值的数值。列不能包含–Inf
形状 定义行是否描述观察:
  • 行包含0 -观察事件

  • 行包含1-不是观察事件

EVID 定义为记录中的行描述的事件类型:
  • 0—观测事件;行包含一个观察值。

  • 1 -剂量事件;Row表示剂量。

  • 2 -其他活动;行描述了一些其他的事件,比如协变量的测量。

如果一列包含剂量值,但是EVID不是1.,导入过程将忽略该值。您将看到一条警告,该值将被忽略。

如果EVID设置为2,则只有那些指定的行数据作为协变量数据导入。但是,如果你有EVID列以及一个或多个协变量列,但不指定2.的任何地方EVID列,然后SimBiology将所有行数据作为协变量值导入。

导入过程不支持值金宝app3.4.. 您将看到一条警告,该值将被忽略。

CMT 指示哪个隔间用于观察值或接收剂量。解释还取决于EVID:
  • 观察事件(EVID = 0) - - -CMT列表示哪个隔间被用于观察值。

  • 剂量事件(EVID = 1) - - -CMT列表示哪个舱接受了剂量。

笔记

SimBiology用1开始编号,而NONMEM用0开始编号。例如,如果NONMEM数据文件包含的剂量和测量CMT = 0, SimBiology生成名为剂量1Response1分别地

AMT 正数表示剂量。0指定不给药。列不能包含
速度 表示输液速率的正数。0指定一个无限大的速率(相当于一次药丸剂量),并且指定没有速度。列不能包含
2 正数定义剂量之间的时间间隔。
ADDL 当数据指定在特定的时间间隔(定义为2),ADDL指定系列中不包括初始剂量的剂量数。如果数据指定2但不是ADDL,则SimBiology假设给药发生在数据记录的持续时间内。

无支金宝app撑非金属定义

导入过程不支持(因此忽略)包含以下值或定义的行:金宝app

  • EVID值3和4

  • 党卫军用于指定稳态剂量的列

  • PCMT列,定义是否计算该行的预测

  • 呼叫列,用于调用ERROR或PK子例程

  • 如果速率指定为小于零,则假定为零

金宝appSimBiology Model Analyzer支持的表列类型

使用。从表导入数据时SimBiology模型分析器,该应用程序支持以下金宝app列数据类型:,字符,一串,字符向量的单元格数组,分类,期间,必然的,datetime

金宝app支持导入多维SimData到SimBiology模型分析器

当您导入多维SimData数组到应用程序中,应用程序将SimData数组,并在相应的数据表中使用单个索引(线性索引)。例如,如果您导入一个2x2x2SimData数组A.,应用程序将创建一个包含8个组(每个组一个)的数据表SimData对象),索引从1到8。应用程序仍然显示原始尺寸SimData数组中的浏览器

另见

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