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cophenet
코페네틱(同表象)상관계수
구문
c = cophenet (Z, Y)
(c, d) = cophenet (Z, Y)
설명
c = cophenet (Z, Y)는Z로표시되는계층적군집트리에대한코페네틱상관계수를계산합니다。Z는链接함수의출력입니다。Y는pdist함수의출력으로Z를구성하는데사용되는거리또는비유사성을포함합니다。Z는크기가(m -1)×3인행렬이며,세번째열에거리정보가있습니다。Y는크기가m * (m - 1) / 2인벡터입니다。
(c, d) = cophenet (Z, Y)는Y와동일한하부삼각거리벡터형식으로코페네틱거리d를반환합니다。
군집트리에대한코페네틱상관은트리에서구한코페네틱거리와트리를구성하는데사용된원래거리(또는비유사성)간의선형상관계수로정의됩니다。따라서이상관계수로트리가관측값간의비유사성을얼마나충실하게나타내는지측정할수있습니다。
두관측값사이의코페네틱거리는두관측값이처음결합되는연결의높이로덴드로그램에표시됩니다。이높이는해당연결에의해병합되는두하위군집사이의거리입니다。
출력값c는코페네틱상관계수입니다。품질이우수한해의경우이값의크기가1에매우가깝습니다。이측정을사용하여다양한알고리즘으로구한대체군집해를비교할수있습니다。
Z (: 3)과Y사이의코페네틱상관은다음과같이정의됩니다。
여기서
Yij는
Y我와j사에서객체이의거리입니다。Zij는
Z (: 3)을기준으로한객체i와j사이의코페네틱거리입니다。y와z는각각
Y와Z (: 3)의평균입니다。
예제
X =[兰德(10,3);兰特(10,3)+ 1;兰特(10,3)+ 2];Y = pdist (X);Z =连杆(Y,“平均”);%计算差异%与亲和距离之间的Spearman秩相关[c,D] =亲和(Z,Y);r = corr(Y'，D'，'type'，'spearman'
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