格式为“addobservables”

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肖恩谭 2021年11月11日

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//www.tatmou.com/matlabcentral/answers/1584509-formatting-for-addobservables

评论道: 肖恩谭2021年11月19日

答:接受 Florian奥古斯汀

我已经建立了爵士SimBiology流行病模型,要计算其sobol指数。

α和γ2参数,描述感染率和恢复率,和3物种,‘S’,‘我’和‘R’代表人口的隔间。

我想确定感染后模拟峰值(什么是‘我’的物种)的最高价值和设置可见我将sbiosobol函数的输入来确定影响α和γ峰感染的价值。

这是代码:

m1 = sbiomodel('先生');

N = 10000;

I0 = 10;

S = addspecies (m1,‘S’,‘InitialAmount’, N-I0);

我= addspecies (m1,‘我’,‘InitialAmount’, I0);

R = addspecies (m1,‘R’,‘InitialAmount’, 0);

r1 = addrule (m1, ' S =β* *我/ N’,‘RuleType’,“率”);

r2 = addrule (m1,”我=β* *我/ N-gamma *”、“RuleType”,“率”);

r3 = addrule (m1, R =γ*我,“RuleType”、“率”);

p1 = addparameter (m1,“beta”,“价值”,0.2);

p2 = addparameter (m1、“伽马”、“价值”,0.1);

p3 = addparameter (m1,“N”,“价值”,N);

T = 200;

参看= getconfigset (m1,“活跃的”);

集(参看,“Stoptime”T“SolverType”,“数值”);

集(conf.SolverOptions OutputTimes”, [1: T]);

[t、流行、名称]= sbiosimulate (m1);

imax = addobservable (m1, imax,”马克斯(pop (:, 2)));

sobol = sbiosobol (m1,{β,γ的},imax);

然而,我得到一个错误的imax =…一行写着:“名字“流行”可观测的imax不参考任何物种独有的,参数,隔间,或根据SimBiology优先规则可见。”

谢谢! !

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Florian奥古斯汀 2021年11月11日

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//www.tatmou.com/matlabcentral/answers/1584509-formatting-for-addobservables answer_829524

嗨,肖恩,

的表情SimBiology可见只能引用名称的组件模型,在Matlab路径或功能;不支持引用变量在Matlab工作区中。金宝app

如果我理解正确的用例,你可以引用“我”而不是“流行(:,2)”可观测的表达式:

addobservable (m1,“imax”,“马克斯(I)”);% < -参考我这里而不是持久性有机污染物(:,2)。

% Sobol运行分析:

sobolResults = sbiosobol (m1, (“测试版”,“伽马”),“imax”,“ShowWaitbar”,真正的);

%绘制结果:

酒吧(sobolResults);

我希望这可以帮助。

弗洛里安

6个评论
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肖恩谭 2021年11月12日

嗨,御马,

做所有的语法在SimBiology工作吗?

我试图执行分析另一个可观察到的但我继续这个错误:“无法执行全局灵敏度分析。所有的样品都含有不完整的或失败的模型模拟。调整仿真设置或参数界限值,导致成功的模拟。”

现在我试图找到,这种感染高峰时,可以成功地使用计算值:

imax1 = max (pop (:, 2));

iday1 =找到(pop (:, 2) = = imax1);

然而当我表达addobservable格式如下所示它抛出错误,我认为这是与find()表达式?

iday = addobservable (m1,‘iday’,‘找到((I) = = max (I)) ');

谢谢,

肖恩

Florian奥古斯汀 2021年11月12日

getTimeOfMaxValue.m

嗨,肖恩,

你是非常正确的可观察到的。

如果我理解正确用例,可见应该返回的时间最多。我是获得。你可以通过索引的时间在SimBiology保留变量,这是一个令牌,让你获得模拟ODE求解器的时期。

当评估表达式可见,SimBiology首先尝试确定结果是一个标量值或一个向量。因此我建议写可见的表情,他们总是总是返回标量值或一个向量的值,对于任何的价值我。在你的情况下, 找到(我= = max (I)) 如果马克斯,返回一个标量。是独特的,但它也可以评估一个向量马克斯。并不是唯一的。

如果你知道马克斯。是独特的在你所有的模型模拟,可以迫使指数是惟一的选择第一个陈述如下:

addobservable (m1,“iday”,“时间(找到(我= = max(我),1))”);

如果你不确定,你的模型可以达到最大值。价值在不同的时间点和你想要提醒如果发生这种情况,您可以编写一个helper函数(一个例子, getTimeOfMaxValue.m 连接)来防止这种情况下:

addobservable (m1,“iday”,“getTimeOfMaxValue(我)”);

最好的,

弗洛里安

Florian奥古斯汀 2021年11月15日

嗨,肖恩,

你是对的,改变(分布)的输入参数通常会改变Sobol指数。

Sobol指数被认为是全球分析,因为它们反映了模型的灵敏度的反应在一系列的输入参数(如指定的输入参数的分布)。这与当地的敏感性分析,只有计算模型的灵敏度响应在参数空间中的一个点。

一个更具体的方法来描述Sobol指数可能会“variance-based灵敏度分析”。

Sobol指数计算的分布对输入参数中指定的分析。一阶Sobol指标可以被认为是一个总方差的饼图:总派模型响应的方差,和每个片(一阶指数)是方差的分数,可以归因于一个输入参数的变化。如果有参数之间的相互作用,然后一阶Sobol指数不会解释的总方差模型的响应得到一个额外的部分:“方差所无法解释的一阶Sobol指数”。这是因为Sobol指数不是一个一次性的敏感性指标,这意味着他们占输入参数之间的相互作用。

当输入参数的分布改变,相对灵敏度的输入变化的影响,因此Sobol指数会有所不同。同样的,当输入参数交换/添加/删除的分析,那么敏感的输入的相对变化的影响(thuse Sobol指数)变化。此外,现在的分析计算不同的输入参数之间的相互作用在最初的分析中,也改变了Sobol指数。

最好的,

弗洛里安

肖恩谭 2021年11月19日

Florian谢谢你的解释,你是一个伟大的帮助! !

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