在使用sbiosimulate SSA仿真用模型,可见还未得救。

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Torkel鲁曼 2022年2月26日

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//www.tatmou.com/matlabcentral/answers/1658990-during-ssa-simulation-of-sbml-model-using-sbiosimulate-observables-are-not-saved

编辑: Florian奥古斯汀 2022年4月6日

multistate.txt

我有一个.sbml模型存储在一个xml文件。它包含几个可见。当我plto仿真结果,这些都是统一设置为“1”时,我使用了ssa模拟,然而,可见似乎适用于颂歌模拟。

这是代码:

%获取模型。

模型= sbmlimport (“multistate.xml”);

%的模拟运行。

c = getconfigset(模型);

cs。SolverType =“日晷”;

cs。StopTime = 10.0;

[t_ode x_ode,名称]= sbiosimulate(模型);

%绘制可见。

情节(t_ode x_ode (:, end-3:结束)

包含(“时间”)

ylabel (“州”)

传奇(名字(end-3:结束)

%准备SSA模型模拟(见https://uk.mathworks.com/matlabcentral/answers/1582584-simbio-running-stochastic-ssa-simulation-of-sbml-imported-model)。

参数= sbioselect(模型,“类型”,“参数”);

为paramIndex = 1:元素个数(参数)

参数=参数(paramIndex);

[~,usageTable] = findUsages(参数);

%更新使用这个参数的任何反应的速率。

如果isempty (usageTable)%如果检查Torkel加上去的。

继续

结束

= usageTable.Component (usageTable反应。属性= =“ReactionRate”);

为reactionIndex = 1:元素个数(反应)

反应=反应(reactionIndex);

oldRate = reaction.ReactionRate;

kineticLaw = reaction.KineticLaw;

如果isempty (kineticLaw)

%添加动力

kineticLaw = addkineticlaw(反应,“MassAction”);

其他的

%更新现有的动力学质量作用定律

kineticLaw。KineticLawName =“MassAction”;

结束

kineticLaw。ParameterVariableNames = parameter.Name;

newRate = reaction.ReactionRate;

如果~ strcmp (oldRate newRate)

警告(“反应反应速率% s从% s % s。”,…

的反应。名称、oldRate newRate);

结束

%的模拟运行。

c = getconfigset(模型);

cs。SolverType =“ssa”;

cs。StopTime = 10.0;

[t_ssa x_ssa,名称]= sbiosimulate(模型);

%绘制可见。

情节(t_ssa x_ssa (:, end-3:结束)

包含(“时间”)

ylabel (“州”)

传奇(名字(end-3:结束)

%不易观察情节仍然工作。

情节(t_ssa x_ssa (: 1: end-4))

包含(“时间”)

ylabel (“州”)

传奇(名字(1:end-4))

%还可观察到的策划工作使用歌唱时修改后的模型。

c = getconfigset(模型);

cs。SolverType =“日晷”;

cs。StopTime = 10.0;

[t_ode_2 x_ode_2,名称]= sbiosimulate(模型);

情节(t_ode_2 x_ode_2 (:, end-3:结束)

包含(“时间”)

ylabel (“州”)

传奇(名字(end-3:结束)

产生这些情节:

可见可以绘制模拟模式时通过歌唱:

可见通过ssa simualted时都是“1”:

尽管其他物种可以绘制没有问题:

Finnaly,绘制可见当系统已经通过歌唱simualted仍然工作,即使在模型修改。

有错了,可见值ssa算法时没有设置。

最后,我把模型文件(扩展改为. txt,这样mathworks网站会接受它)。

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答案(1)

Florian奥古斯汀 2022年2月26日

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//www.tatmou.com/matlabcentral/answers/1658990-during-ssa-simulation-of-sbml-model-using-sbiosimulate-observables-are-not-saved answer_905155

嗨Torkel,

用文件定义的模型分配规则,导入SimBiology作为重复分配规则。在模型模拟随机解算器,SimBiology忽略,任务,或代数规则如果出现在模型中。SimBiology问题警告MATLAB命令行上对这种行为。所以你看到的情节是修改的初始值。

为了解决这个问题,可以使用 SimBiology可见。重复赋值规则期间不断评估模型模拟,因此一个有用的工具,如果他们修改的状态(在你的情况中A_P A_unbound_P, A_bound_P, RLA_P)期间使用模拟。这种情况似乎并不在你的模型。在这种情况下,您可以使用SimBiology观察记录它们,这只是评估仿真完成后。仿真结果是完全一样的在你的模型中,但你将能够记录这些状态。下面是一个例子你可以这样做:

%获取模型。

模型= sbmlimport (“multistate.xml”);

%将观察到的物种和规则从模型

observableSpecies = sbioselect(模型,“名称”,(“A_P”,“A_unbound_P”,“A_bound_P”,“RLA_P”]);

repAsgRules = sbioselect(模型,“RuleType”,“repeatedAssignment”);

删除(observableSpecies);

删除(repAsgRules);

%添加可见(这些都是相同的表达式中使用的分配规则用文档中)

addobservable(模型,“A_P”,“(Y ~ P, r ! 1) .L (r。2) r (l 1 ! ! 2)] + [(Y ~ P, r ! 1) r(! 1左)]+ [(Y ~ P, r)]”)”

addobservable(模型,“A_unbound_P”,“0 + ((Y ~ P, r))”);

addobservable(模型,“A_bound_P”,“(Y ~ P, r ! 1) .L (r。2) r (l 1 ! ! 2)] + [(Y ~ P, r ! 1) r(! 1左)]”);

addobservable(模型,“RLA_P”,“0 + [(Y ~ P, r ! 1) .L (r。2) r (l 1 ! ! 2))”);

%……继续你的脚本。

我希望这可以帮助。

最好的,

弗洛里安

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Florian奥古斯汀 2022年4月6日

编辑:Florian奥古斯汀 2022年4月6日

嗨Torkel,

“结束的时候 addobservables 调用一个错字,这应该是一个分号。

你的第二个问题,你可以从我以前回答的自动化流程循环所有规则,不需要被评估在模型仿真,并将其替换为可见。这是一个例子:

                                   %获取模型。
                                  
                                   模型= sbmlimport (“multistate.xml”);
                                  
                                   %将物种和规则从模型和用可见取而代之。
                                  
                                   repAsgRules = sbioselect(模型,“RuleType”,“repeatedAssignment”);
                                  
                                   为规则= repAsgRules '
                                  
                                   %得到左边和右边的规则。下一行假设
                                  
                                   %的规则字符串只包含一个等号。如果这是
                                  
                                   %不这样,你可能不得不诉诸regexp分裂
                                  
                                   %的字符串到令牌。
                                  
                                   令牌= strsplit (rule.Rule,“=”);
                                  
                                   [ruleLhs, ruleRhs] =交易(令牌{:});
                                  
                                   %删除规则及其左手边;
                                  
                                   %这个假定组件在左手的名字
                                  
                                   %的规则模型中是独一无二的。如果这是
                                  
                                   %不是这样,您可以添加更多的sbioselect限定符。
                                  
                                   组件= sbioselect(模型,“名称”,ruleLhs);
                                  
                                   ruleString = sbioselect(模型,“名称”,ruleRhs);
                                  
                                   删除(组件);
                                  
                                   删除(规则);
                                  
                                   %添加可观察到的
                                  
                                   addobservable(模型、ruleLhs ruleRhs);
                                  
                                   结束

你引用的警告,提醒你,SimBiology规则是忽略了在随机模拟(看到这个参考页面 )。你不应该使用随机动力学模型与活跃的重复分配规则。在某些情况下可以取代这些规则与可见种以上。然后你不会看到这些警告当模拟模型与随机解算器。

我希望这可以帮助。

弗洛里安

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