如何重新指定参数值分配在一个活跃的变体SimBiology吗?

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emjey 2022年10月18日

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//www.tatmou.com/matlabcentral/answers/1830068-how-to-re-assign-parameter-value-assigned-in-an-active-variant-in-simbiology

编辑: emjey 2022年10月27日

variantTest.sbproj

你好,我不能重新分配一个值参数,kdeg,定义在活跃的变体,variant1。

下面的代码显示了执行的步骤(sbproj文件附件)

                          %的模型
                         
                          projectVersion =“variantTest.sbproj”;
                         
                          s = sbioloadproject (projectVersion);
                         
                          modelObj = s.m1;%的主要
                         
                          % kdeg = 1值而积极的变异值0.3所示:
                         
                          componentObj = sbioselect (modelObj,“名字”,“kdeg”,“类型”,“参数”)
                         
                          %的re-assignment虽然它显示在“modelObj是徒劳的。下面的参数的
                         
                          如果元素个数(componentObj) ~ = 1
                         
                          disp (“错误”);
                         
                          其他的
                         
                          集(componentObj,“价值”3)
                         
                          结束
                         
                          modelObj.Parameters
                         
                          %的kdeg列显示新值,3,但积极的变体
                         
                          %值还是0.3图所示
                         
                          %安静下来不工作:
                         
                          % % variantObj。积极= false
                         
                          % % modelObj.Parameters
                         
                          simDataObj = sbiosimulate (modelObj);
                         
                          simDataObj = selectbyname (simDataObj,“Species1”);
                         
                          sbioplot (simDataObj);网格在;

问题是如何重新分配,覆盖变量值,和“激活”的一个新值“kdeg”?

我试图灭活的变体,但没有成功。

任何提示会非常感激!米

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答案(1)

亚瑟Goldsipe 2022年10月18日

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//www.tatmou.com/matlabcentral/answers/1830068-how-to-re-assign-parameter-value-assigned-in-an-active-variant-in-simbiology answer_1078268

编辑:亚瑟Goldsipe 2022年10月18日

sbiosimulate (modelObj)将模拟只使用积极的变异。如果你设置所有变异不活跃,那么你应该模拟模型与相应的参数值3。它可能你设置主动假在错误的变体?

或者,您可以忽略active属性和显式地指定变量和/或剂量你想模拟如下:

                             sbiosimulate (modelObj []);%默认configset;活跃的变体,活跃的剂量
                            
                             sbiosimulate (modelObj [], [])%默认configset;没有变异;活跃的剂量
                            
                             sbiosimulate (modelObj []、[] [])%默认configset;没有变异;没有剂量

我添加以下行结束脚本和确认工作如预期(即kdeg仿真期间是3):

                             allVariants = getvariant (modelObj);
                            
                             集(allVariants,“活跃”、假);
                            
                             c = getconfigset (modelObj,“活跃”);
                            
                             %明确日志kdeg在模拟
                            
                             cs.RuntimeOptions.StatesToLog结束(+ 1)= componentObj;
                            
                             simDataObj2 = sbiosimulate (modelObj)
                            
                             simDataObj2b = selectbyname (simDataObj2,“kdeg”);
                            
                             simDataObj2b.Data

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弗兰克·吉本斯 2022年10月19日

哇!我只是有相同的问题,几乎在同一时间!我已经远离SimBio很长一段时间,刚刚分别与变异等特点,这是我不得不说不我期待的行为!

我想到我可以用不同的变体,不同的“基线”我可以跳下来通过修改参数后“提交”荷兰国际集团(ing)的变体。但似乎试图改变参数值出现默默的失败 ——你做sbioselect(),你改变了值,不抱怨,然后在模拟,它也不能反映了您刚刚所做的改变!

给一个具体的用例:想象一个PBPK模型,你有不同的组织流率和卷跨物种,例如,你可能想要老鼠,非人类的灵长类动物,人类作为单独的变体(至少我做!)。然后你可能想改变模型的某些方面:如果你建模治疗性蛋白质,可以调整渗透率/反射系数,组织分解代谢率,也许内化/回收参数(例如,mAb TMDD)。

我有一个后续的问题:如果你的变体指定只有几个参数,你还能调整那些违约模型价值?(我是一个自命不凡和指定为每个变体的一切,我认为完全可以切换如果我想。也许这不是。)这将是有用的:我可以设置只是 PBPK Q和V(物种)的变体,但离开其他(可能的)属性默认到模型中。如果我可以依靠sbioselect()来改变这些,这将是一个合理的方式前进。

的文档非常稀疏的行为变异。这野生型和突变体的例子是好,但它是最小的:它会高兴看到更详细地阐述如何使用他们在“现实生活”。至少,警告commit()(或sbiosimulate()),进一步改变参数值将在模拟默默地忽略可以节省几小时的拉扯像我这样的人!

emjey 2022年10月20日

编辑:emjey 2022年10月20日

variantTest_v2.sbproj

现在我的工作方式与变体是将事情不会改变,但这是界定和它不是你所追求的。或者,您定义参数/基线模型的物种在CSV文件和加载到variant-free模型(以避免任何混淆)每次你需要使用其中的一个。

就我个人而言,我发现上面描述的方式由亚瑟是不切实际的,甚至误导——你完成kdeg re-assignment 3但松散的所有其他variant1设置(如果我看到它正确,测试扩展variant1定义后,更新sbproj附加)! !

也忽略不计变异/剂量似乎简单,但我确实定义变量不是dectivate他们,而是因为我想工作与特定的设置,如由弗兰克。

在我看来,变异有用,将以下。一旦你激活一个变体,它的参数,它描述了初始条件和所有其他设置,成为的模型对象可以操纵sbioselect,重新分配等。有办法实现吗?

亚瑟Goldsipe 2022年10月25日

嗨emjey和弗兰克,

首先,很抱歉延迟回复。我已经完全撞最后期限,这完全掉了我的雷达。如果你要在ACoP想讨论,让我知道。:-)

我不是100%肯定我跟你们两个在说什么。但是听起来不对。也许这将帮助如果我描述我们意愿变量用于描述他们如何可以做到这一点。

首先,变异是用来存储备用的初始条件。您可以使用变量变化模拟的初始条件而不需要修改在你的模型组件。所以我认为这可能有助于解释的步骤SimBiology需要确定在一个模拟的初始条件:

复制的价值财产的QuantityComponent(物种,参数,室在模型中)。我们有时称之为“基线”值。
更新指定这些值与任何信息在变体使用模拟。(稍后将详细介绍这些细节)。
最后,评估所有初始赋值规则和重复分配规则。
记录这些仿真结果在时间= 0(除非你指定OutputTimes不包括0)。
如果发生任何剂量= 0时,应用剂量后并记录结果。

遵循这些步骤之后,我们有初始条件,我们使用ODE求解器进行求解。

这里有不同步骤的更多细节。

在模拟使用的变异可以显式或隐式地指定。你显式地指定变量通过他们sbiosimulate。你不怀疑指定变量通过省略相关论证sbiosimulate,SimBiology将选择他们的模型上的任何变体活跃的属性设置为真正的。
应用变异按顺序一个接一个。如果多个变体修改相同的组件,只有一个人赢了。在命令行中,应用变异去年,所以最后一个“赢”了。In the app, variants are applied right to left, to the left one is apply last and "wins."

您还可以使用提交方法复制到一个变体组件中的值在一个模型。这可能是有用的,如果你决定你想更新你的“基线”条件。这就是我建议emjey如果你想看到这些组件本身在使用新值 sbioselect 。

emjey 2022年10月25日

编辑:emjey 2022年10月27日

感谢阿图尔澄清,“提交”后确实是我!

顺便说一句,不幸的是,我将不会出席ACoP。

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