MATLAB的答案

Bioinfomatics工具箱硬件optmization ?

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约书亚很快
约书亚很快 2020年2月10日
评论道: 约书亚很快2020年2月18日
你好,我计划使用matlab Bioinfomatics工具箱做RNA-seq相当多的生物样品的分析。
RNA-seq图书馆,我用3000万读取产生FASTAQ约3-4GB样本的结果。目前我个人电脑上运行Matlab i7 9750 h与16 gb的RAM和笔记本RTX 2070 GPU。对于那些曾与Matlab Bioinfomatics工具箱以前,我可以知道如果低水平的代码与GPU加速硬件optmized运行吗?我需要3000万序列对齐参考基因组与QC为每个序列分析。这个过程可能会与GPU加速?同时,16 gb的RAM足够为这样一个过程?
任何我能得到帮助和建议,我将不胜感激在这我很新,Matlab本身和我相当确定的低水平的代码和我的机器的硬件接口吗?例如OpenGL, CUDA等等……

在回答这个问题。

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蒂姆DeFreitas
蒂姆DeFreitas 2020年2月10日
生物信息工具箱没有任何本地校准功能;现在它依赖 Bowtie2 可以支持包。金宝app据我所知Bowtie2不是优化运行在gpu。没有一个生物信息学工具箱功能测试或gpuArrays优化,但有些可能会受益于优化双等原生数据类型。
然而, bowtie2 支持多个线金宝app程,没有内存的要求特别高,所以16 gb应该足够了。
3评论
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约书亚很快
约书亚很快 2020年2月18日
如果是这样的话,那么Bioinfomatics工具箱将无法执行对齐如果我的Matlab是安装在一个窗口的电脑吗?还是有办法改变对齐功能,另一个第三方包的工具吗?

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