图像缩略图

字段映射工具箱

版本1.5.0.0(65.4 kB) 西蒙•罗宾逊
多通道射频线圈在MRI中定位B0的方法(Robinson and Jovicich, MRM, 2011)

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更新2011年7月8日

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描述了这个B0域映射(FM)工具箱的主要特征
在罗宾逊和约维奇(MRM, 2011)。简而言之,他们是
i)使用多通道线圈的相位信息的组合使用
Hermitian内部产品(HP)方法,相位匹配(PM)方法或
单独的通道(SC)方法。
ii)现场地图通过中位数更换异常值而去噪
或通过射频通道的标准偏差(仅SC方法)。
(3)局部阈值域图的最大可达性
几何失真校正,如果用于失真 - 正确的EPI。

工具箱需要振幅和相位多回波梯度回波
(MGE)MRI数据,或多个单回声梯度回声(GE)MRI
在NIFTi格式的单独回声次中获得的扫描。FSL [3]应该
安装,因为此工具箱使用赌注,用于脑提取和
展开序幕。快速展开程序PHUN (Stephan
Witoszynskyj等人,医学图像分析,2009)可用作
替代的前奏。这是可应要求提供的免费软件
stephan[点]witoszynskyj[在]meduniwien.ac。在,而且需要是
单独安装。

使用实例[2]上有GE和EPI数据。结合
在fm_caller例子。M,这应该使它清楚如何使用
工具箱中最常见的情况。

用户参数可能在不同的分析中发生变化(输入和
列出了输出目录,通道数量
fm_caller.m。其他选项,如用于组合的方法
BET和PRELUDE的相位图像和阈值,列于
主要功能,fm_calc_main。m,在“%%%用户自定义开始”下
% % %”参数。这些可以在那个部分修改或移动到
fm_caller.m。如果在fm_caller.m中指定了相同的参数和
fm_calc_main。在fm_caller中。m precidence。

西门子核磁共振扫描仪的用户可能会发现转换他们的
使用dicom_sort_convert_main将DICOM数据转移到NIfTI。m [4]

将GE和MGE数据重新格式化为该字段可用的格式
映射工具箱(4D, 5D和6D NIfTI),以及提供
在一个文件(text_header.txt)中获取参数信息
此工具箱可以使用,从而减少信息量
需要由用户输入。或者,用户可能需要这样做
使用MATLAB的“DICOMREAD”或以合适的格式准备他们的数据
函数“load_nii”,然后创建一个类似的nifti结构
在符号2(fm_caller.m中的一个例子中)与“make_nii”并保存
这与“save_nii”,所有的NIfTI工具箱的一部分
Matlab(Jimmy Shen,FEX ID 8797)。

我最好用不同的数据来测试这一点
回声,阶段和级别和序列的组织
参数可通过text_header.txt或直接传递,但是
不可避免地会出现一些问题,因为这是用更广泛的测试
来自不同扫描仪的各种数据。请联系
西蒙[döt]罗宾逊[ät] meduniwien.ac.at如果你有问题,我会
尽我最大的努力修复bug,并在有意义的地方增加灵活性。

如果你在你的研究中使用了这个工具箱,请引用相关的
论文[1]。

[1]
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21608027.
或者
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/mrm.22879/pdf
[2]
http://dl.dropbox.com/u/9241799/field_mapping/fm_example_data.tar.gz

[3]
http://www.fmrib.ox.ac.uk/fsl/

[4]
//www.tatmou.com/matlabcentral/fileexchange/22508-siemens-dicom-sort-and-convert-to-nifti.

引用作为

西蒙•罗宾逊(2021)。字段映射工具箱(//www.tatmou.com/matlabcentral/fileexchange/30853-field-mapping-toolbox), MATLAB中央文件交换。检索

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