不来一份斯卡卡洛，来麦?

有什么例子吗?

这段代码现在托管在GitHub上:https://github.com/ContextLab/neurosim

嗨hstein,

如您所述，创建满足特定时间序列约束的数据的关键是构造适当的设计矩阵。设计矩阵的每一行对应一个时间点。每一列对应于某些大脑区域的预期活动(在这个模拟中，大脑区域是大脑某处随机构造的球体)。在本例中，您需要为希望模拟镜像的每个BOLD时间序列在设计矩阵中添加一列。(如果你想要多个模拟的“大脑区域”来反映单个BOLD时间序列，你应该复制设计矩阵的相应列。)您应该将“sim_hemo”标志设置为false，以便设计矩阵中的时间序列不会与HRF进行卷积。

如果你想创建一个合成的。nii图像，作为一个10 × 20 × 30体素的矩形棱镜(存储在synthetic.nii中)，具有预先指定的设计矩阵(X)，并且没有噪声(无限信噪比)，你可以使用以下命令:

[data, cov_images, params, meta] = generate_data([10 20 30]， x, inf, 1, false， 'synthetic.nii');

其中输出参数在generate_data中描述。M文档(“help generate_data”)和。nii文件合成。Nii可以用任何标准的脑图像查看器(例如fslview)来查看。

嗨,杰里米,
我正在使用您的工具箱绘制由计算DFT模型生成的fMRI数据(参见Buss等人2014年的描述，doi: 10.1162/jocn_a_00496)。对于每个模型层(信号源)，每个条件都有一个平均BOLD信号，所以我的数据已经与HRF卷积了。
我如何正确地使用这些数据的图像生成与您的工具箱?我尝试使用分层标准化信号(值在[0,1]内)作为nconditions by nlayers设计矩阵，这是有效的，但对我来说仍然不正确。

谢谢你的帮助!

很好的

一个

嗨Nes,

你下载大脑绘图包有问题吗?你应该在那个提交页面上添加注释，而不是这个页面。但是如果你只是点击“下载提交”链接并解压缩你下载的文件，所有的。m文件都应该在结果文件夹中。我刚刚重新下载了那个包来验证，对我来说它看起来没问题……

嗨,杰里米,
我搜索//www.tatmou.com/matlabcentral/fileexchange/36139-2d-and-3d-brain-plots)页面，但我看不到任何我可以下载的文件。
你的文件被删除了，是吗?
谢谢你！

谢谢!

“data”变量包含设计矩阵指定的每个试验的图像(见上文)。这就是传给plot_brain2d或plot_brain3d的东西。2d图通常更适合查看合成数据。这是因为，在真实数据中，“有趣的东西”通常发生在外部表面，而在合成数据中，来源同样可能位于脑容量内的任何地方。

假设你想要生成一个简单的数据集，其中包含两个试验，每个试验有一个唯一的活动源，以及无限的信噪比:

[data,cov_images] = generate_data(meta,eye(2)，inf);

使用默认设置生成第一次试验的2d图(需要安装)//www.tatmou.com/matlabcentral/fileexchange/36139-2d-and-3d-brain-plots),使用:

{1} plot_brain2d(数据、元);

要使用默认设置生成第二次试验的3d图，请使用:

plot_brain3d({2}数据元);

在上面的每个示例中，“meta”都是下载此包时包含的矩阵。(有关元矩阵的其他详细信息，请参阅文档。)

所以我只是从generate_data的结果馈送到plot_brain3d?用哪一种?数据还是cov_images?你能给我演示一下这条线是怎么用的吗?谢谢

嗨ladyme,

要绘制图像，可以使用//www.tatmou.com/matlabcentral/fileexchange/36139-2d-and-3d-brain-plots

很抱歉问了这么愚蠢的问题，但是我该如何绘制图像呢?

我已经更新了提交的一些示例设计矩阵——我希望这对你有帮助!(等待一天左右，更新就会出现。)

设计矩阵X必须是一个实数矩阵。X的每一列都对应一个协变量。X的每一行对应一个试验(每次试验将生成一张图像)。所以第i行和第j列控制了试验i中主动协变量j的值

X =眼(5);

对应于5个试验，每个试验有一个活跃的协变量。

X = rand(10,5);

给出10次试验，每次试验中随机活跃5个协变量。最后,

X =[眼睛(5)眼睛(5)]

给你5次试验，每次试验中有2个活跃的协变量。

嗨,杰里米,

我很好奇你是如何设计X矩阵的?