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流式细胞仪GUI的Matlab

version 1.3.0.0 (8.35 MB) by Nitai斯坦伯格
在Matlab中对流式细胞术数据进行分析,包括门控、统计等。

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更新2016年1月18日

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详细的文档可以在'FCGUI_help.pdf'文件中找到。
其一些功能:
*呈现散点图(+密度彩色图)或直方图(+统计测量值),FC数据和门,收集的不同参数之间的X和Y轴选择,线性或对数显示,并可选择将plot导出到单独的Matlab图
*在FC文件之间移动保持相同的显示设置
*不同的门控方法:手动-在plot上画一个形状,自动-从一个中心选择# cells(圆,或根据plot中cells的密度),象限,直方图上的阈值,和创建的gate上的逻辑操作
*保存栅极或栅极坐标中包含的单元格数据到.mat文件中,并将其加载到另一个FC数据文件中
*计算每个细胞收集的参数(例如将荧光归一化到SSC)
*制作少量FC数据文件的散点图或直方图的多重图。
这个GUI是在“GUI布局工具箱”(文件交换提交,见下面的链接)的帮助下构建的,它的功能是必需的,下载它并运行“安装”。m的文件。
本次提交的文件包括以下文件交换提交:Darren Engwirda的“快速多边形点测试”,Alejandro Weinstein的“点到多边形的距离”,Aslak Grinsted的“Subaxis - Subplot”,参见下面的链接。
请帮助改进它:
1.报告您所经历的任何错误或不便。
2.对如何改进提出建议。
3.修改代码并共享您所更改的内容。
一些开放的问题:
1.缺少逻辑(双指数)显示。需要在Matlab中实现逻辑变换(见Parks et al. 2006, Moore and Parks 2012论文)。
2.Darren Engwirda的“快速多边形点测试”在。mex文件版本中被发现更快(参见Bruno Luong的“2D多边形内部检测”)。这里没有包含它以简化安装和兼容性问题(请参阅帮助文件第1节中关于如何使用它的注释)。

Nitai斯坦伯格
在Yitzhak Pilpel教授实验室,
分子遗传学部门
魏茨曼科学研究所

引用作为

Nitai斯坦伯格(2021)。流式细胞仪GUI的Matlab(//www.tatmou.com/matlabcentral/fileexchange/38080-flow-cytometry-gui-for-matlab), MATLAB中央文件交换。检索

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