你好,
我在Windows机器上使用MATLAB 2020B指示安装。我将每个文件添加到Matlab包中的JAR文件夹中，但是当我使用“mij.start”命令时，我收到一个错误，说它无法解析名称mij.start。任何人都可以指导我解决这个问题吗？

@Xiaowei张
你好，小伟和约翰。我试图做一个类似的事情，我实现了“调用(…”命令的插件子例程与MIJ。我试图只调用插件子例程，在本例中'bunwarpj.bUnwarpJ_。loadadelastictransform '直接在MATLAB命令提示符中，但它没有工作。你知道可能是什么问题吗?也许我需要在PATH中包含其他内容或调用另一个java命令。我不是很熟悉java编程，所以我承认在这方面我是真正的新手。任何帮助我都将非常感激。谢谢！

你好,
我正在尝试在我的Mac上的2020B版本上安装这个，我有很多麻烦。我将每个文件添加到Matlab包中的JAR文件夹中，但是当我使用“mij.start”命令时，我收到一个错误，说它无法解析名称mij.start。jar文件是否未正确添加到MATLAB路径？如果是这样，您将在Mac上使用的javaaddPath命令是什么？我尝试使用上面的那个，但这仅适用于Windows机器。谢谢！

@John
你好约翰，最近发现如何处理“呼叫”命令录制在斐济宏。例如:
调用(“trainableSegmentation.Weka_Segmentation.getResult”);
只需复制单个QUO中包含的命令：
>> TrainableSementation.Weka_Segmentation.getResult.
在matlab中为imagej插件执行命令。

并谢谢你这个惊人的包，真的帮助了我很多！

嗨，谢谢你如何添加插件的伟大解释。我有一个跟进问题，我试图使用“拼接”插件与选项“网格/集合拼接”，我在插件中看到了许多打开的mij中的选项，但它没有找到适当的类，即使在一般imagej它工作。我应该调整一些其他参数吗？

谢谢

要添加插件:只需将插件复制到ImageJ的“plugins”中，并使用命令MIJ.start('path_to_the_plugins_folder')重启MIJ。在我的机器上，我有一个ij.jar到MATLAB和mij.jar的“java”文件夹，我也创建了一个“插件”文件夹:

> > ls /应用程序/ MATLAB_R2020a.app / java /”
config ij.jar jar jarext macros mij.jar插件

>> mij.start（'/ applications / matlab_r2020a.app / java /'）
--------------------------------------------------------------
Matlab到ImageJ的接口
--------------------------------------------------------------
更多信息:http://bigwww.epfl.ch/sage/soft/mij/
帮助:MIJ.help
JVM >就开始
JVM>版本：1.8.0_202
JVM>内存总量:265216 Kb
JVM>自由记忆量：116005 KB
ImageJ >版本:1.51
ImageJ>内存:148MB 704MB (21%)
imagej>目录插件：/pplications/matlab_r2020a.app/java/plugins/

嘿！我对这个功能真的很兴奋，我很感激你投入时间。
但是，我有一个小问题;在Matlab环境中为imagej添加插件的方法是什么？具体来说，我需要添加插件Featurej。
谢谢！

你好!我想知道如何使用MIJ.run函数调用嵌套在不同命令中的选项。
也就是叫ROI经理，然后叫“更多”和“多度量”
非常感谢你的帮助!

有人知道任何特定的命令将返回X Y和Z像素分辨率从当前的图像金宝搏官方网站

imageJ的实例没有加载所安装的插件。如果我使用'system('imageJ.exe &')运行图像，这确实加载了所有的pugins，但不能由matlab控制。

如何通过MIJ访问斐济安装的插件？

此错误消息可能是由于MATLAB的Java虚拟机的旧版本。
>> Mij.Start给我一个错误消息：未定义的变量“Mij”或类“Mij.Start”。
MIJ编译在Java 1.6中，因此Matlab的版本JVM应> = 1.6
要知道您的JVM版本，请输入:
版本-Java.

与jonathan weiss和nicolas有同样的问题

像尼古拉斯·哈蒙德(2018年1月9日)一样，我和MIJ之间也有问题。开始给我一个错误消息:未定义的变量“MIJ”或类“MIJ.start”。我已经成功地定义了两个新的java路径，并有我的当前文件夹设置为Matlab的java文件夹，但它仍然不能工作。任何指示将非常感激!

回复徐磊。
miji.m加载包括IJ.jar在当前程序文件夹中的jar，并优先于您的其他罐子。

我想知道为什么我有不同版本的ImageJ当我打开它作为一个独立的应用程序(1.51u)或如果我启动它(1.48v)在MATLAB通过调用Miji。我有ij-1.51 .jar在MATLAB的jar文件夹内，我已经添加了路径到MATLAB的“/toolbox/local”目录内的“classpath.txt”，但很明显，它不是在MATLAB内使用时启动。对于我的理解“mij.jar”不应该干扰ImageJ的版本，或者我错了?有没有人知道为什么我有这个问题，我如何解决它?

自从我从Matlab 2016a切换到2017b，它不再工作了(MIJ。start或ImageJ给我一个错误消息)。
此外，我还需要使用填充方法进行数据可视化，我无法使用Mij ...任何提示？

回复罗海瑞:
这是否需要Java 8的Matlab，而不是7？

回复Marco Tjioe
2017年9月18日
目前无法使用本网站：
http://javadoc.imagej.net/Fiji/MIJ.html

答复于2017年10月2日和2017年12月5日和6日的Yanqi Wu的帖子。
我已经设法使用图像序列进行操作序列并使用imagej-matlab运行Matlab中的曲目，如下面的两个重要步骤所示。
1)添加imagejb - matlab的更新站点(即http://sites.imagej.net/matlab/）在斐济
-打开斐济，然后选择Help>Update…>Manage Update Sites> imagejb - matlab >关闭>Apply Changes
2)调用ImageJ函数而不是MIJI函数，如下所示

MATLAB javaaddpath“C: \ Program Files \ \ R2017b \ java \ jar \ mij.jar”
MATLAB javaaddpath“C: \ Program Files \ \ R2017b \ java \ jar \ ij - 1.51 - n.jar”

%密稷
% - Miji函数称为ImageJ，但不是斐济。TrackMate在下面不工作
Miji在Matlab中调用的ImageJ。

这是一个调用斐济的函数。调用Fiji后，MIJ.run()
导入图像序列并执行曲目序列的百分比
%的工作。

mij.run（“映像序列......”，“打开= [C：\\用户\\ <<正确的路径>> \\ champedimages0000.bmp] sort”）;

MIJ.run(“TrackMate”);

回复yanqiwu
你将所有的罐子搬到/罐子的子文件夹中，然后解决。

你好，
我遇到了同样的问题，正如Yanqi Wu在2017年10月2日提到的，关于在Matlab中使用MIJI如MIJ.run('TrackMate')执行TrackMate。Matlab命令窗口显示“[警告]类池是空的:忘记调用线程#setClassLoader?”ImageJ显示异常如下:
ImageJ 1.51 r;Java 1.8.0_121(64位);Windows 10 10.0;78MB的1859MB (4%)

java.lang.IllegalArgumentException:没有兼容服务
org.scijava.service.ServiceHelper.loadService (ServiceHelper.java: 243)
org.scijava.service.ServiceHelper.loadService (ServiceHelper.java: 194)
org.scijava.service.ServiceHelper.loadServices (ServiceHelper.java: 170)
在org.scijava.Context。< init > (Context.java: 279)
在org.scijava.context。（context.java:235）
在org.scijava.Context。< init > (Context.java: 175)
在org.scijava.context。（context.java:161）
在fiji.plugin.trackmate.providers.AbstractProvider.registerModules (AbstractProvider.java: 38)
在fiji.plugin.trackmate.providers.abstractProvider. （appressionprovider.java:25）
在fiji.plugin.trackmate.providers.spotanalyzerprovider。（spotanalyzerprovider.java:14）
fiji.plugin.trackmate.TrackMateRunner_.createSettings (TrackMateRunner_.java: 556)
在fiji.plugin.trackmate.trackmateplugin_.run（trackmateplugin_.java:59）
在Fiji.Plugin.Trackmate.TrackMaterUnner_.Run（TrackMaterUnner_.java:546）
在ij.ij.runuserplugin（ij.java:221）
ij.IJ.runPlugIn (IJ.java: 185)
在ij.executer.runco​​mmand（executer.java:137）
ij.Executer.run (Executer.java: 66)
ij.IJ.run (IJ.java: 301)
在ij.ij.run（ij.java:276）
MIJ.run (MIJ.java: 1198)
你能帮忙吗?
提前感谢你的帮助!

你好，
我是ImageJ和Miji的新手。当我在Matlab中使用MIJI导入图像序列时，我遇到了一个内存问题。因为内存不足，所有269个图像中只有99个图像可以导入。我已经增加了Java堆空间内存在Matlab上的“Java堆内存首选项”。
然后我试图增加imagej的内存，从Matlab使用Miji调用。我试图遵循给出的指示https://imagej.nih.gov/ij/docs/install/windows.html#memory.增加内存。但是，找不到imagej.cfg文件。
如果我直接使用在同一台计算机中安装的斐济（不通过MATLAB），所有269个图像都可以正确导入到没有内存问题的图像序列。但是，如果通过使用Miji从Matlab调用的ImageJ导入相同的图像，则会出现缺失问题。
我正在使用Windows 10 64位，Matlab 2017b和Java 1.8。
如何解决内存不足的问题?
提前感谢你的帮助!

你好,

我发现它真的有助于在Matlab中自动化imagej进程。但是，除了跟踪伴侣外，所有插件在Matlab中运行良好。无论在插件菜单下打开曲目或使用mij.run（'trackmate'），一个弹出窗口显示：java.lang.illegalargumentException：无兼容服务：org.scijava.log.logservice ...
同时，MATLAB控制台显示：[警告]类池是空的：忘了呼叫线程＃setclassloper？
奇怪的TrackMate工作完美没有MIJ，这意味着直接使用斐济ImageJ，错误只发生在启动ImageJ与MIJ。有什么想法吗?

同样，可以通过在Matlab命令窗口中编写以下命令来检索“Results”表的值:
>> a = ij.plugin.filter.Analyzer.getResultsTable().getValue('区域'，0);%第一行的面积

注意，类IJ的所有方法都可以使用IJ. IJ.*访问。
打开图像:>> ij.IJ.open('/your_path/image.tif');
有一个beep: >> ij.IJ.beep();
要知道当前内存:>> ij.IJ.currentMemory()

我发现一个非常有用的网站是:
http://javadoc.imagej.net/Fiji/MIJ.html

在这里，它解决了我们的一些问题。例如，为什么MIJ.getRoi()不工作，但MIJ.getRoi(1)工作?实际上，有效的是MIJ.getRoi(0)或MIJ.getRoi(1)。为什么?

描述中说:
getRoi (int选项)
选项 - 使用校准或Nocal无需校准

我认为这意味着选项是用整数(int)选择的，其中getRoi(0)用于使用校准，而getRoi(1)用于不校准。现在这些校准意味着什么，我自己也不太确定……

要回答狂热的Ziaee问题，为什么以下是不起作用的：
a = mij.getImage（'电子图像。）;

你可以试试：
MIJ.run(“开放……”、“路径=['电子image.tif '] ');

希望这可以帮助 ：）

你好,

找到了我自己的问题的答案。我正在尝试只打开一些大文件的帧，然后选择矩形区域并复制该区域。以下代码有效：

密稷;%开始MIJ
text ='打开= [c：\ users \ tjioe2 \ desktop \ testfile \ testfile6.tif] color_mode = default open_files specify_range视图= shuperstack stact_order = xyczt t_begin = 1 t_end = 10 t_step = 1';％仅打开前10帧Testfile6.tif
mij.run（'生物格式'，文字）;％使用生物格式打开
mij.run（'增强对比'，'饱和= 0.35'）;％调整亮度
MIJ.run('Properties…'，'channels=1 slices=1 frames=10 unit=pixel pixel_width=1.000 pixel_height=1.000 voxel_depth=1.000 ');将宽度和高度的像素值改为1
ROI = [0 33 33 0;0 0 30 30];%拿出一个roi区域
MIJ.setRoi (roi, 2);%整数2表示矩形选择。Roi值选择1 ~ 7。线,Roi。矩形,Roi。点,Roi。椭圆形,Roi。多段线,Roi。多边形,Roi。角
mij.run（'重复...'，'重复范围= 1-5'）;帧1到5的％重复投资回报率
MIJ.closeAllWindows;%关闭所有MIJ窗口
MIJ.exit;%退出MIJ

希望这能帮助任何试图使用MIJ的人。这真的是一个非常伟大的工具，加速图像处理。甚至使用它来打开和编写tiff文件已经加快了我的处理速度。

谢谢大家:)

谢谢@chen这确实是我在寻找的东西

如果它对任何人都有帮助，我刚才意识到为了获得ROI选择，需要使用mij.getroi（1），而不是mij.getroi（）。

我经历过同样的问题，因为@slimane bazaou有。mij.getroi（）课似乎没有工作。

你好呀
我有麻烦从IJ导入ROI坐标或选定点坐标到Matlab。
我可以从matlab创建一个图像，并在IJ中显示它。例如使用MIJ.createImage(randn(400));。但是如果我在IJ中选择一个区域，我不能使用MIJ.getRoi()导入坐标;我做错什么了??
谢谢你！

你好，

我发现MIJ非常有用，但我有困难运行一些命令使用MIJ运行(…)。

例如，如果我在ImageJ记录以下命令:

makeLine(234、92281、62300、81338、69376、62);

然后使用mij.run（'makeline（234,92,281,62,300,81,338,69,376,62）;'）

我在'无法识别命令...'的imagej中获得错误。我想这是我做错了的基本的东西，但任何帮助都会受到欣赏。

谢谢，汤姆

@丹尼尔·托德:

对于刚体，我使用

mij.run（'stackreg'，'转换= [刚体]'）;

类似地，你可以这样做:
mij.run（'stackreg'，'转换= [翻译]'）;

您可以通过在ImageJ中记录一个宏来再次检查这一点。

你好，

我目前正在尝试使用TIFF堆栈上的StackReg插件。我的问题目前正在更改StackReg选项。我能够调用StackReg，但是在它的翻译，刚体，缩放旋转，仿射率为3个选项。它默认为刚体，但我想使用翻译方法。我如何召唤这个？目前我正在使用如下，它适用于获得刚体默认值。

MIJ.run (StackReg,路径);

有什么需要我补充说明的吗?非常感谢您的帮助!

我发现了一个线解决方法，并认为我会在这里发布它，以防有人有类似的问题：

mij.run（'图像序列...'，strcat（'打开= ['，alldatsimj，'] number = []文件=（ch'，channelnumcell，'_00000'，numrepscell，'）sort'））;

alldatSimj;channelNumCell和numRepsCell都是在调用MIJ之前在我的Matlab脚本中定义的变量。

欢呼,
加比

嗨，我尝试使用MIJ从Matlab打开imagej中的图像序列。

在imagej中我通常会做：
file - import - image Sequence -选择image，然后在'file name contains'区域指定后续文件属于该序列。
如果我记录一个宏尝试这样做(说OpenImagesAsStack)，它只适用于一组用于记录宏的图像。我希望能够从Matlab内指定文件名参数，并通过MIJ将它们输入ImageJ。

我已经尝试了下面的建议来使用
IJ = ij.IJ ();
宏_path ='c：\ users \ ghabiba_weston \ downloads \ ij150-win-java8 \ imagej \ macros \ OpenImageSasstack.ijm';
IJ.runMacroFile(以(macro_path),以(imseq1));

在哪里
imseq1 = strcat(alldatsSimj，' number=[] file=(Ch'， channelNumCell， '_00000'， numRepsCell， ') sort');

alldatSimj是一个字符串
ChannelNumCell和NumrepScell是变量

当然，这不起作用，因为它只是在用于录制宏的图像中读取，并且不会使用指定的参数覆盖它们。

我试着把宏改成

运行(“图像序列…”,“开放= C + imseq1 +);
但这也不起作用。

我还试着去做:

mij.run（'图像序列...'，'打开='imseq）;但无济于事。

任何关于如何和在哪里指定参数的线索都将非常感激!
谢谢

嗨，我正在使用斐济的这个代码的版本，我正在尝试运行拼接函数的宏：mij.run（'网格/集合缝合'，'type = [未知位置] order = [全部目录中的文件] Directory = ['空白'] confirm_files outcount_textfile_name = tileconfiguration.txt fusion_method = [线性混合]回归_threshold = 0.30 max / avg_displacement_threshold = 2.50 absolute_displacement_threshold = 3.50子pixel_aguracy computation_parameters = [保存内存（但要慢）] image_output = [保险费和显示] i2cropb.tiff i3cropb.tiff i4cropb.tiff i1cropb.tiff'）;

但是，每当我尝试运行它时，我都会是一个例外，说：“java.lang.unsupportedclassversionError：net / i金宝appmglib2 / type / numeric / neirtype：不支持的major.minor 52.0版本52.0”和：“此插件需要Java 1.8或更高版本。”尽管Java是我的电脑上的最新状态。你有什么想法可能导致这一点，还是有解决方案？谢谢你。

我不确定路径目录什么时候改变的，但是这里的安装说明有点不对劲。
这里是R2015a的修订指南，请注意，您必须简单地将目录更改为适用于您的目录。

修订安装：
1）将Mij.jar放入Matlab的Java目录（例如，窗口机器的C：\ Program Files \ Matlab \ Matlab生产服务器\ R2015A \ Java \ jar'）。
2)拷贝Matlab的java目录下的ij.jar (ImageJ)。从ImageJ网站获取这个文件:http://rsb.info.nih.gov/ij/
3）将Java ClassPath扩展为Mij.jar，例如使用MATLAB命令：javaaddPath'c：\ Program Files \ Matlab \ Matlab制作服务器\ R2015A \ Java \ JAR \ Mij.jar'。
4)将java类路径扩展到ij.jar，例如使用Matlab命令:javaaddpath 'C:\Program Files\ Matlab \ Matlab Production Server\R2015a\java\jar\ij.jar'。
5)运行Matlab命令启动MIJ: MIJ. Start;或MIJ.start(“imagej-path”);

你好我安装了imagej，然后在java中复制mij.jar和ij.jar，并在matlab中添加了路径，然后启动mij。然后证实了MIJ在命令窗口中开始，当我想获得图像时，它给了我这个错误：

a = mij.getImage（'电子图像。）;
Java异常发生:
java.lang.nullpointerexception.

在mij.getlistimages（mij.java:369）

在Mij.GetImage（Mij.java:517）

你能帮我做些什么吗?
我提前表示感谢。

狂热的

谢谢，这非常有用，我现在正在使用它。

在PC（2015A）上，它很棒，我在MacOSX（2015A）上运行了一些小问题，因为它运行了一个没有插件的Imagej和一些其他命令

谢谢你的文件，我喜欢它。我对评估Matlab中的imagej命令进行了问题。一些命令从呼叫开始而不是运行。自Mij.Call以来如何评估此类行不起作用？

MIJ.run('Trainable Weka Segmentation'， 'open=[D:\\Colocalization Images\ Actin-CD44\ 2014-08-21-5.tif]');
调用(“trainableSegmentation.Weka_Segmentation.getResult”);

我正在使用mij，对此很满意。但是，我有一个严重的记忆泄漏问题。
我使用mij.start运行matlab的imagej实例，运行我需要的命令，关闭使用mij.closeallwindows的所有窗口，并使用mij.exit退出。此过程之前和之后我使用javaaddpath和javarmpath for mij.jar和ij.jar。

除了matlab使用的内存(通过windows任务管理器)每个实例累积约300mb之外，其他都很好。在我运行3个实例后，我必须关闭matlab并再次打开，以转储内存泄漏。

我尝试了“清除java”，“清除所有”和其他任何我在其他论坛找到的东西。
我也尝试过使用jheapcl。米//www.tatmou.com/matlabcentral/fileexchange/36757-java-heap-cleaner没有成功。

有什么建议么？谢谢！

我使用MIJ运行Matlab内部的斐济，但当我运行程序，我得到这个奇怪的视觉错误，文本文件有一个“影子”的图像是它的背后，这通常是Matlab接口。这使得阅读弹出窗口非常困难，而且它们似乎是重要的错误消息。它不会影响Miji命令的功能，但它确实使它很难使用。我有Matlab R2015a，最新版本的斐济(1.50b)和MIJ版本1.3.9。有办法解决这个问题吗?谢谢！

实际上，我不正确。这没有解决问题。虽然与宏，插件相关联的所有正确的文件夹都链接到Matlab的ImageJ实例，但无法使用一些插件。我的意思是，在我在MATLAB中启动imagej实例后，我可以在插件菜单上打开，但是当我想使用“拼接>网格/集合拼接”插件时，请参阅所有各种插件，我得到错误“插件或类找不到：“stitching_grid”（java.lang.classnotfoundexceptrion：stitching_grid）。但奇怪的是，其他插件似乎工作。当我在Matlab外打开imagej的实例时，插件就好了。任何想法？谢谢！谢谢！

这是我在下面问的问题的答案。现在工作很好！

你好，

谢谢你对MIJ的关注。

你可以用以下命令启动ImageJ:
mij.start（'path_to_plugins'）;

发件人:丹尼尔·塞吉。

你好。只是想说我真的找到了mij有用，现在很可能会使用它。但是，我确实有一个问题，即我有问题。在MATLAB中打开的imagej实例没有我只打开imagej时我可以使用的所有插件。在MIJ初始化后，我发现未设置访问所有插件所需的一些相关文件夹。在运行“mij.start”之后，请参阅下面的MATLAB提示的副本和过去。

更多信息:http://bigwww.epfl.ch/sage/soft/mij/
帮助:MIJ.help
JVM >就开始
JVM >版本:1.6.0_17
JVM>内存总量:189760 Kb
JVM>自由记忆量：95014 KB
imagej>版本：1.49V
imagej>记忆：115MB 469MB（24％）
imagej>目录插件：未指定
imagej>目录宏：未指定
\用户\ mp \文档\ matlab \ lutss
imagej>目录图片：未指定
ImageJ>目录ImageJ: c:\用户\ mp \文档\ matlab\
imagej>目录启动：c：\ users \ mp \ documents \ matlab \
imagej>目录主页：c：\ users \ mp \
--------------------------------------------------------------
状态> ImageJ正在运行。
--------------------------------------------------------------

我试着用“MIJ”。setupExt"作为这个类的描述，你有在你的网站上的各种相关的类似乎是我需要使用，但我得到的错误:

“没有找到匹配的签名的方法'setupext'，找到了'mij'。”

当我使用“mij.help”时，“mij.setupext”未在生成的显示帮助文件中列出。你能帮我解决我需要在当前脚本中调用的“网格/集合拼接”插件我放在一起。

谢谢你能提供的任何帮助!

马克

更多信息到我的问题：当我只用几层加载堆栈时，它可以很好地工作;当我装载120层的堆栈时，它会破裂。然后我将matlab-general - java堆内存添加到2.4g。现在它很好！谢谢你。我现在不需要帮助。还是要谢谢你。

嗨，我使用Matlab R2015A使用Mij-1.3.9。所有设置都很好，因为某些功能很好。但是当我在Matlab和Fiji之间传输图像堆栈数据时，我总是被卡住。每次我需要强迫退出matlab到最终。例如，MATLAB中存在3D数据：IM（512 512 30）。我使用mij.createImage（IM）。我希望这会要求斐济绘制一个图像堆栈，但我陷入此处。请帮忙。非常感谢你。

你好,

我有问题与getRoi()。
即使我在打开的IJ的ROI Manager中有多个ROI，我只能导入一个(getRoi(1))，其他所有都不返回任何东西。

我如何处理ROI列表?是否有一种方法以编程方式加载/保存一个ImageJ ROI文件?

此外，当我使用“getResultStable”时，它不会传输“标签”列。但是getListColumns“，但列出了”标签“列作为第一个。似乎是我的错误，这可能会呈现函数无用，因为标签可能是非常宝贵的，以便继续分析数据！

你好
请如何从Matlab命令行启动宏？
我按照说明安装MIJ。这似乎奏效了。
我试图启动一个宏安装在我的ImageJ\宏目录。
我使用以下命令行:
> > MIJ.run(“CellsMigration.ijm”)
我收到了此错误消息：
>> <错误：java.io.filenotFoundException：http://wsr.imagej.net/download/examples/macro/cellsmigration.ijm.>

谢谢。

是的，Matlab的矩阵值是图像ImageJ中的像素值。
imagej的像素位置（0,0）对应于Matlab矩阵的行1和列1。在Matlab和Imagej之间的转换中没有任何数据丢失

我试图使用MIJ来确定图像中给定区域的像素强度。为MIJ司令部。getCurrentImage或MIJ。getImage，返回矩阵中的数值是灰度级/像素强度吗?矩阵索引是否与ImageJ像素位置完全匹配，或者由于MATLAB的矩阵索引存在偏移量1 ?
谢谢你的帮助！

你好，
是否有可能扩展MIJ与UINT16数据类型兼容以将其与16位光显微镜数据集一起使用？

例如，下面的代码不工作:
I2 = uint16(randi(65000，[256, 256, 3]));
MIJ。createColor (test_uint16, I2, 1);

谢谢你！

亲爱的穆罕默德，
试着看看我的评论06/100 / 2014。
我解决了那种方式的内存问题。
也许这对你也有用。
祝你今天过得愉快，
Emanuele.

亲爱的Sage先生，
你好,
事实上，我正在尝试使用你漂亮的Matlab代码来运行Matlab内部的ImageJ。它工作正常，但内存有问题。尽管，我已经设置了8GB的内存，但一段时间后，它给我一个关于内存的错误。奇怪的是，它说可用内存是328MB，这远远低于我选择的。
你能告诉我我应该怎么做。
在此先感谢您的帮助

大家好，感谢精彩的节目!
我的问题是。我运行MicroManager从摄像机显微镜上获取实时视频。视频显示在一个ImageJ窗口，标题为“Snap/Live window(100%)”。如果我尝试记录一个宏，它显示的唯一消息是:

selectWindow(“临时/生活窗口”);

任何人都知道如何从它显示的电影中捕获每一帧？换句话说，我可以从电影中与帧重新创位一个变量吗？

我尝试了几种方法:最明显的是MIJ命令。selectWindow似乎不工作(只写这在Matlab脚本是足够的吗?)MIJ.getCurrentImage也是如此。

任何人都知道matlab中的命令行，以获取实时电影的帧的Acces吗？

在此先感谢您的帮助！！！

P.D:不幸的是，只有micromanager有摄像头的驱动程序，所以这次我不能使用图像采集工具箱:(

@Wendy.

我不知道它是否有效，但您可以尝试初始化和启动Miji，在Matlab命令行中使用Miji（请参阅下面的一些帖子）在安装了PC上的斐济版本后。
我认为，通过安装所有插件和命令，可以轻松启动Fiji实例。

我希望它有效，
祝你今天过得愉快
Emanuele.

你好,

我在建议的方式安装了miji。现在我想运行宏。在此宏中使用插件。宏的开头正常工作，它打开图像，但每次到达Plugin Matlab都会给出错误：无法识别的命令：“颜色解卷积”。

我的matlab代码：
MATLAB javaaddpath“C: \ Program Files \ \ R2014a \ java \ ij.jar”;
javaaddpath'c：\ program files \ matlab \ r2014a \ java \ mij.jar';
MIJ.start;
IJ = ij.IJ ();
macro_path = ' G: CD \ M3 \ Matlab \ ';
IJ.runMacroFile(以(macro_path));

我的宏码：
allslidespath = " G: \ \ M3 Matlab \ \ Corrected_Images \ \ \ \”;
弗利斯特雨= getFileList (allslidespath);
LemberFlist = Lengthof（Flist）;

for（f = 0; f <（lengerflist）; f ++）{
if (flist[f]， ".tif")) {if (flist[f]， ".tif") {
SlidePath = AllsLideShath + Flist [F];
打开(slidepath);

运行(" color Deconvolution"， "vectors=[H DAB]");
selectWindow(弗利斯特雨[f] +”——(Colour_1) ");
SaveAs（“tiff”，slidepath +“ - （h）.tif”）;
SelectWindow（Flist [F] +“ - （Colour_2）”）;
saveAs("Tiff"， slidepath + "-(DAB).tif");
selectWindow(弗利斯特雨[f] +”——(Colour_3) ");
SaveAs（“tiff”，slidepath +“ - （re）.tif”）;
}
}

我怎么解决这个问题？
谢谢

@Alaa.

你好,
我以这种方式设置了miji。
1)安装最新版本的斐济(http://fiji.sc/downloads.）
2）安装并复制jar matlab文件夹中的最新mij.jar（即''/ plations/matlab_r2012a.app/java/jar/mij.jar'）

3)我添加mij e斐济到matlab路径写入matlab命令窗口:

javaaddpath(' /应用程序/ MATLAB_R2012a.app / java / jar / mij.jar ');
这是一个Java添加路径！

目录“/应用程序/ Fiji.app /脚本”);

4)运行Miji，使用:
密稷
或密稷(假)
如果你不想要斐济人

希望能有用，
周末愉快
Emanuele.

@Emanuele马提尼(我)

要使用以下方式启动带有参数的宏，我不知道这是否是更好的方法，但它有效：D

我找到了一个解决办法:
在有米吉设置后，
你可以在matlab中构造一个IJ实例
IJ = ij.IJ ();

macro_path =…
' /用户/ emartini /文件/ emanueleM / WH_exp / GUI_test WH_Miji_macro_RoiExtraction.txt”;

args = ...
strcat('image_path='，image_path，' saving_path='，saving_path，' R_median='，R_median，' R_variance='，R_variance);
你不需要使用ijm语法"+变量+"

ij.runmacrofile（java.lang.string（宏_path），java.lang.string（args））;
请记住使用Java String。
它有效;）

周末愉快，
Emauele Martini.

大家好，我试图从matlab调用Imagej插件，但通常我得到错误的matlab不认识mij.jar

我怎么解决这个问题？？？
谢谢

嗨,丹尼尔,
如何使用miji启动宏？
我有一个宏，它在斐济工作，将一些参数作为字符串。
像这样:
runMacro("WH_imagej_AUTO_ema_MEDIAN_macro"，"image_path="+image_path+" saving_path="+saving_path+" R_median="+R_median+" R_variance="+R_variance ")

在ijm语言中，我必须使用runMacro，但我在MIJI中没有找到类似的方法。
我试着：
mij.run（宏_path，strcat（'image_path ='，image_path，'capt_path ='，caply_path，'r_median ='，r_median，'r_variance ='，r_variance））;

和：
image_path ='/用户/ Emartini / Documents / Emanuelem / Wh_exp / Cecilia_Saverani / Old / 6nov2014 / YAP WT CTR / WT CTR S2.tif'
saving_path = ' /用户/ emartini /文件/ emanueleM / WH_exp / Cecilia_Savorani /老/ 6 nov2014 /处理'
r_median ='否'
R_variance = ' 3 '
宏_path ='/ applications / fiji.app / plugins / scripts / wh_imagej_auto_ema_median_macro.txt';

但斐济实例对我说：“无法识别命令”......

有办法做到吗?
谢谢，
Emanuele Martini.

非常好的工具，我开始在这些日子里使用它，它的工作非常好。

如果有人有设置Imagej内存的问题(matlab用Miji创建的实例)，我发现这个解决方案的优势是用户特定的。
我从这篇文章中开始了：http://www.mathworks.it/matlabcentral/answers/92813-how-do-i-increase-the-heap-space-for-the-java-vm-in-matlab-6-0-r12-and-后来的版本

我放了一个爪哇。在我的matlab启动目录下的opts文件(在做任何事情找到它之前在matlab中使用pwd)，有一行:-Xmx512m
例如，将imagej内存设置为512 MB。

谢谢丹尼尔，
和最好的问候
Emanuele Martini.

非常重要和有用的工具！这是两个强大的图像处理和分析平台之间的美丽婚姻！

问:我想知道如何运行像“setTool”这样的命令。在Imagej上的宏是:
如何在matlab中运行?

答：在matlab上输入以下命令>> ij.ij.settool（'point'）;

更多信息：
http://bigwww.epfl.ch/sage/soft/mij/
和
http://fiji.sc/Miji