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|<https://github.com/mvallieres/radiomics>|
提供用于放射学分析的MATLAB编程工具的软件包。
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参考:
[1]Vallières，M.等。（2015）。联合FDG-PET的辐射瘤模型
MRI纹理特征对肺软组织转移的预测
四肢肉瘤。物理学报，60(14)，
5471 - 5496。0031 - 9155/60/14/5471 doi: 10.1088 /
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作者:Martin Vallières
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历史:
-版本1.0:2015年5月
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免责声明：
“我不是程序员，我只是个科学家!”
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***谢谢您对此包的兴趣***
- >如果您对此包有任何疑问，意见或建议，
请不要犹豫与我联系！
此包包含5个文件夹：
1.'TextureToolbox':从输入执行纹理分析的MATLAB代码
2D或3D感兴趣区域(ROI)。这个工具箱是自成一体的
可以在放射组学包之外单独使用。特别是,
这个纹理分析包实现了小波带通滤波，
各向同性重新采样，离散化长度校正和不同
量化工具。详情请参阅参考[1]。
2.'NonTextureFeatures':用于计算纹理以外的特征的MATLAB代码
从输入的三维感兴趣区域(ROI)。包括SUV等功能
指标，AUC-CSH，无效，尺寸，稳定性，体积和偏心百分比。
详情请参阅参考[1]。
3.“MultivariableModeling”:执行多变量分析的MATLAB代码
操作，如逻辑回归，引导，功能集
约简、特征集选择、预测性能估计等。
4.'Utilities': MATLAB代码用来执行不同的操作，包括
计算SUV地图，读取包含DICOM影像的目录
数据、RTstruct DICOM对象到3D面具的转换等。
5.'研究'：用于具体研究的Matlab代码。复制
某项研究的实验，请看相应的文件夹。
- 'STSstudy': Ref.[1]。影像学资料和临床资料
可用于癌症成像档案（TCIA）网站
下面是DOI: <http://dx.doi.org/10.7937/K9/TCIA.2015.7GO2GSKS>．
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致谢:其他软件代码
- Wei的GLRLM工具箱：Xunkai Wei，灰度运行长度矩阵工具箱
软件，北京航空技术研究中心，2007。
<//www.tatmou.com/matlabcentral/fileexchange/17482-gray-level-run-length-matrix-toolbox>
- Q. Li：<//www.tatmou.com/matlabcentral/fileexchange/23377-ellipsoid-fitting>
- CERR开发团队:http://www.cerr.info/>
Dirk-Jan Kroon (imresize3D.m): <//www.tatmou.com/matlabcentral/fileexchange/21451-multimodality-non-rigid-demon-algorithm-image-registration/content//functions/imresize3d.m>
- David Reshef和Yakir Reshef: MINE version 1.0.1d <http://www.exploredata.net/>
- DREES开发团队:http://www.cerr.info/drees>
- EnricJunquédefortuny（Fastauc.cpp）：<//www.tatmou.com/matlabcentral/fileexchange/41258-faster-roc-auc>
- François Beauducel (roundsd.m): <//www.tatmou.com/matlabcentral/fileexchange/26212-round-with-significant-digits>
- Jos van der Geest (herrorbar.m): <//www.tatmou.com/matlabcentral/fileexchange/3963-herrorbar>
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引用作为
MartinVallières（2021年）。RADIOMICSGitHub (https://github.com/mvallieres/radiomics)。检索．
意见及评分(24.）
Matlab释放兼容性
平台的兼容性
窗户 macOS Linux标签
MultivariableModeling
MultivariaBleDeling / Bootstrapping.
MultivariableModeling / LogisticRegression
MultivariableModeling /我
MultivariableModeling /公用事业
MultivariableModeling /工具/批处理
MultivariableModeling /工具/ fastAUC
MultivariableModeling /工具/ herrorbar
MultivariaBleDeling / Utilities / Roundsd
NonTextureFeatures
研究/ HN_study /功能/ AertsSignature
研究/ hn_study /函数/ batch_computations
研究/ hn_study /函数/功能_computations
研究/ HN_study /功能/ FEATURES_COMPUTATIONS /老
研究/ hn_study / functions / fusion_pet-ct
研究/ HN_study /功能/ FUSION_PET-CT /老
研究/ HN_study /功能/ MULTIVARIABLE_MODELING
研究/ HN_STUDY /功能/预处理
研究/ HN_study /功能/预处理/ PVEcorrection
研究/ HN_STUDY /功能/预处理/ PVECRECTION / Utilities
研究/ HN_study /功能/预处理/ PVEcorrection /工具/ nonIsotropicGaussianPSF
研究/ HN_study /功能/ READ_DATA
研究/ HN_study /功能/ READ_DATA /档案
研究/ HN_study /功能/ READ_DATA / DICOM_Import
研究/ HN_study /功能/实用工具
研究/ HN_study /功能/工具/ hatchfill2_r7
研究/ HN_study /功能/工具/ kakearney - legendflex pkg - 98 b988e
研究/ HN_study /功能/工具/ kakearney - legendflex pkg - 98 b988e / legendflex
研究/ HN_study /功能/工具/ kakearney - legendflex pkg - 98 b988e / setgetpos_V1.2
研究/ HN_study /功能/工具/ raacampbell-sigstar-9b21ae3
研究/ HN_study /工作区
研究/ LGG_study /功能
研究/ LGG_study /工作区
研究/ STS_study /功能
研究/ STS_study /工作区
TextureToolbox /预处理
TextureToolbox /预处理/正常化
TextureToolbox /预处理/量化
Texturetoolbox /预处理/小波
Texturetoolbox / Textures / GLCM
TextureToolbox /纹理/ GLRLM
TextureToolbox /纹理/ GLRLM / Wei_Toolbox
Texturetoolbox / Textures / Glszm
Texturetoolbox / Textures / Global
Texturetoolbox / Textures / NGTDM
TextureToolbox /公用事业
公用事业公司
你也可以从以下列表中选择一个网站:
感谢分享代码!
我尝试使用工具箱，但似乎至少需要MATLAB中的两个特殊包才能运行，而这两个包没有包含在我的许可证中:通信和小波工具箱。这是正确的还是这个工具箱可以独立使用?
嗨博文,
请尝试matlabPATH = fullfile(matlabroot，'bin'，'matlab');
它应该工作。
谢谢,
马丁
你好Martin，你能告诉我在LGG学习中如何设置正确的matlabPATH吗?
谢谢,
博文
我很抱歉，Martin，我忘了提到我只使用您的数据(LGG_study;macOS matlab2015a)。我希望您以前可能遇到过这个问题，但似乎没有，所以解决这个问题的唯一方法可能是广泛的调试。
谢谢,
斯宾塞
嗨斯宾塞，
感谢您对我们的代码包感兴趣。
然而，我必须说，如果没有更多的上下文和您使用的实际数据，就很难回答您的问题。似乎X数组的格式不正确。找出为什么需要一些调试。
最好的事物，
马丁
嗨,马丁,
我在运行随机林代码部分的一些问题（特别是predicationestimationrf_lgg.m），输入数组（x）是表格格式，但产生此错误：
{使用ClassificationTree.PrepareData（第469行）错误
X必须是浮点矩阵。
TreeBagger/init错误(第1190行)
[bagger.X y bagger.W,装袋机。DataSummary classSummary] =…
TreeBagger错误(第531行)
装袋机= init(装袋机,X, Y, makeArgs {:});
findBestCost错误(第55行)
rng(种子),射频=
TreeBagger (nTrees, X, Y,“OOBPrediction”,“上”,“成本”,[0,1 / testCost (c); 1, 0], CategoricalPredictors, cat);
rf_lgg预测误差(第56行)
成本= findBestCost (nTrees, X, Y,猫、testCost、种子);}
知道是什么引起的吗?
非常感谢分享你的代码，顺便说一下，
斯宾塞
一个问题是，当我将SUVmap保存为mat文件时，它只给我一个1 kb的文件。
我也拍摄了PET / ROI.DCMS并使用CERR转换为PTROI.MAT文件，然后将PET和ROI另存为单独的变量/垫文件。我的目标是让SUV展示这一点
谢谢，我想这就是我要找的。我把它转换成一个SUVmap。垫文件。我还有两个问题。我现在可以使用什么代码在SUVmap中显示图像，以检查SUV与dcm，在你的代码在线后，你能解释什么功能[totSec]等和之后?我不确定我是否需要它。谢谢!
嗨,瑞安,
在DICOM格式中，PET图像不用SUV单元存储，但最常以BQ / ML为单位。当我在.mat文件中保存成像卷时，我保留原始DICOM单位。如果将DICOM图像导入DICOM查看器软件，其中一些可以使用DICOM元数据信息直接转换为SUV。在我的代码中，我使用以下函数将后部转换为SUV地图（使用原始PET数据和DICOM元数据）：https://github.com/mvallieres/radiomics/blob/master/Utilities/computeSUVmap.m
我希望这有帮助。
最好的事物，
马丁
你好，当我将DICOM转换为mat文件时，我松开了SUV，我如何将它转换回与它在DICOM文件中的相同?我很感激你能提供的任何帮助。
亲爱的马丁,
感谢您分享您的代码与描述和过程。我下载了数据集并移动到工作区文件夹。我使用pathtool设置MATLAB路径，以包含文件夹'Functions'的所有子文件夹
的所有子文件夹的MultivariableModeling， 'NontextureFeatures'， 'TextureToolbox' and 'Utilities'https://github.com/mvallieres/radiomics/>包装。
以下是错误，
错误使用cd
无法向DICOM（名称不存在或不是目录）。
readAllDICOM_STS错误(第60行)
cd . .，system(['mv ',pathDICOM,' DICOM']); cd('DICOM'); pathDICOM=pwd;
masterScript_STS错误(第78行)
readAllDICOM_STS ([pathWORK, ' /软组织肉瘤'],nPatient)
你对调试这个错误有什么建议吗?
谢谢,
刮胡子
亲爱的马丁,
感谢您分享您的代码。我正在尝试运行LGG和STS的master_scripts示例，但它似乎是一个问题，找到文件的路径，我只是按照说明和设置MATLAB路径，以包含所有子文件夹。
信息如下:
错误使用cd
不能CD到/home/sarahi/Documents/MATLAB/Soft-tissue-Sarcoma (Name is not exist or not a .
目录)。
你知道怎么解决吗或者我哪里做错了?我尝试了两种不同的unix系统:macintosh和ubuntu 16.04。使用matlab分别为2015b和2014a。
亲切的问候,
Sarahi。
嗨马克，
感谢您对我们的放射组学套餐感兴趣。包含所有DICOM文件的文件夹应该放在“WORKSPACE”文件夹中，就在“masterScript”文件夹旁边。m”文件。
问候，
马丁
我是一个经验较少的Matlab用户和不理解从描述分析图像应该放置?和m.files放在同一个文件夹里?
是否足以在任何文件夹中运行其中一个m.files
欢呼,
马克
亲爱的人士moghbel,
非常感谢您的好评，我很欣赏。还要感谢链接到3D GLCM的矢量化版本，我肯定会查看将其结合到我们的包装中。
亲切的问候,
马丁
不错的包，特别是3D GLCM，你可以使用代码在:
//www.tatmou.com/matlabcentral/fileexchange/22354-glcm-features4-m--vectorized-version-of-glcm-features1-m--with-code-changes-
要添加更多的功能到您的GLCM统计，只需输入3D GLCM的功能。
非常好的工作
亲爱的马克,
感谢您对我们的放射组学套餐感兴趣。
我注意到getGlobalTextures函数的头是令人困惑的，谢谢注意。这是纠正现在在GitHub。然而，如果你按照这里找到的说明，它将工作:https://github.com/mvallieres/radiomics/tree/master/TextureToolbox
底线是，你应该使用值100作为函数getGlobalTextures的第二个参数。这个参数实际上与其他纹理类型的‘levels’参数不完全相同，因为它指的是全局纹理计算之前的直方图中箱子的数量。
谢谢,
马丁valliere
嗨，当选择'global textures'作为textType时，levels被设置为0(第185行)，所以使用level =0的getGlobalTextures，它返回方差，偏度和峰度等于0。有什么办法解决这个问题吗?