MATLAB中的原子拓扑操作，用于操纵分子动力学或蒙特卡罗仿真系统的脚本。

％注意，版本2.0x为所有> 100个功能提供了广泛的HTML文档，可以从Matlab自己的浏览器交互方式。

百分比原子文库的目的是自动化和实现复杂和多组分分子系统的有效施工/操纵和分析，并产生与粘合和角度等的拓扑信息。它对于建造无机/地球化学系统特别有用，因为键距离可以与用债券价和方法计算的理想半经验键距离相比，或者只是与Shannon的修订半径相比。或者可以用XRD_ATOM（）函数绘制理论X射线分布。

按类别列出所有可用功能的％，请参阅这些文件中：
List_all_functions.m
list_build_functions.m.
List_export_functions.m
List_general_functions.m
list_import_functions.m.
list_forcefield_functions.m.

%原子脚本可以读写基本的.pdb|.xyz|.gro|。mol2结构文件以及编写基本的。itp和。psf拓扑文件与跨PBC的绑定和角度。它还可以使用Matlab的结构变量和索引以各种方式操作/转换结构。原子脚本可用于构建和绘制多组分体系，通过添加分子、离子和SPC/TIP3P/TIP4P水分子或其他溶剂(即溶剂化现有分子/平板)到模拟盒中，并去除分子重叠。对于绘图，如果还安装了vmd软件，并且正确设置了PATH2VMD()函数，则可以调用vmd(atom,Box_dim)。否则，可以使用非常快速和简单的plot_atom(atom,Box_dim)或较慢的show_atom(atom,Box_dim)。大多数功能考虑到PBC，这允许生成分子拓扑结构的键，角，二面体通过PBC。还可以使用倾斜向量xy、xz、yz来支金宝app持三斜体，以及使用函数xrd_atom()来生成粉末x射线衍射图。

迈克尔霍尔博
michael.holmboe@umu.se
化学系
瑞典Umeå大学

％ 从哪儿开始？也许HTML-文档与一些基本示例？
％
%一些典型的命令…
％
％要将结构文件读入MATLAB（检查变量资源管理器）
atom = import_atom（文件名）％filename可以是.pdb |.xyz |.gro文件

%或…
atom = import_atom_pdb（filenamepdb）
atom = import_atom_gro（filenamegro）
atom = import_atom_xyz（filenamexyz）
％注意，您可以获得更多信息，然后只需atom结构变量，如框维度变量box_dim

将原子结构写入新的拓扑或结构文件
write_atom_lmp（atom，box_dim，filename，1.2,1.2，'clayff'）％支持金宝app键，角度，简单的dihedrals
write_atom_psf（atom，box_dim，filename，1.2,1.2，'clayff'）％note note ond键和角度
write_atom_itp（atom，box_dim，filename，1.2,1.2，'clayff'，'spce'）％gromacs拓扑文件，仅注意键和角度
write_atom_pdb（atom，box_dim，filename）
write_atom_cif（atom，box_dim，filename）
write_atom_gro（atom，box_dim，filename）
write_atom_xyz（atom，box_dim，filename）

％加水到盒子
％ - 该功能求解由水限制定义的某个区域
％结构具有密度。r（和h的r-0.5）是溶剂原子最近的距离
（可选）溶质原子的％
sol_atom = solvate_atom（限制，密度，maxsol）％限制可以[10] |[10 20 30] |[10 20 30 40 50 60]
sol_atom = solvate_atom（限制，密度，r，maxsol，solute_atom，'tip4p'）％spc |tip3p |tip4p |Tip5p.

％人们可以相对于莫尔，resname，atomtype，索引，坐标等来过滤原子结构。这允许操纵原子，分子和分子量水平上的原子结构。这也允许我们使用Atom组的“动态索引”。{Molid / Resname /类型/索引/}在分析轨迹时。一些基本例子：
index = ISMember（[atom.type]，[{'Al'''alt''MgO'}]）％给出了二进制（1/0）逻辑阵列
index=strcmp([atom.type]，'Al') %也尝试strncmp或strncmpi?
index = find（strncmpi（[atom.type]，'al'，2）％会找到'al''的索引？
new_atom =原子（index）％这将创建具有过滤/所选atomtypes的new_atom结构

solord_z_atom =原子（[atom.z]> 0）％查找具有posite z坐标的所有原子
First100_atom =atom([atom.index]<101) %在原子结构中找到前100个原子
first100_v2_atom =原子（1：100）％也找到了Atom结构中的前100个原子

％合并两个不同的原子结构
％ - 此函数返回具有非重叠原子的第二个原子
new_atom = merge_atom（atom1，box1，atom2，box2，类型，atom_label，r）

%计算键或距离矩阵/es
原子= bond_angle_dihedral_atom(原子,Box_dim, 1.2, 2.2)
dist_matrix = dist_matrix_atom（atom，box_dim）％另一个单元格列表版本也存在。