nifti工具箱-快速和便携式NIfTI-1/2阅读器和nifti到JNIfTI转换器
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版本:0.5(主权)
URL:http://github.com/fangq/jnifti

[更新10/11/2019]JNIfTI现在可以在Fedora/NeuroFedora上使用
Sudo DNF安装octave-jnifti

= = = =概述
这是一个功能齐全的NIfTI-1/2读写器，支持MATLAB和GNU Octave，并能够读写非压缩和压缩的NI金宝appfTI文件(。以及由两部分组成的Analyze7.5/NIfTI文件(.hdr/。img和.hdr.gz / .img.gz)。

更重要的是，这是一个工具箱，它将NIfTI数据转换为其基于json的替换，JNIfTI(。jnii表示基于文本的，.bnii表示基于二进制的)，由JNIfTI规范(http://github.com/fangq/jnifti）.与更严格和不透明的NIfTI格式相比，JNIfTI是一种更灵活、可读和可扩展的文件格式，使数据更容易操作和共享。

= = = =安装
JNIfTI工具箱包括一个独立的NIfTI-1/2解析器，可以在MATLAB和GNU Octave上工作，而不需要额外的组件。只读取和写入未压缩的NIfTI和Analyze7.5文件(。Nii， .hdr/.img)，你只需要运行addpath('/path/to/jnifti')。对于MATLAB, JNIfTI工具箱利用基于memmapfile的磁盘读取，使其非常快。对于Octave, memmapfile目前还没有实现，因此需要进行完整的读取。

JNIfTI工具箱还能够读写gzip压缩的NIfTI和Analyze7.5文件(.nii.gz， . h.i ng .gz， .img.gz)。这个特性在MATLAB中直接得到金宝app支持，不需要另一个工具箱(MATLAB必须处于支持jvm的模式)。

使用-nojvm在Octave和MATLAB中处理gzip压缩的NIfTI/Analyze文件，需要安装开源的JSONLab和ZMat工具箱，它们都支持MATLAB和Octave。金宝app它们可以在以下网站下载

JSONLab:http://github.com/fangq/jsonlab
ZMat:http://github.com/fangq/zmat

要将NIfTI-1/2数据保存为JNIfTI文件，需要安装JSONLab。JNIfTI数据格式支持内部压缩(与*.gz文金宝app件等外部压缩相反)。要在Octave中创建或读取压缩的JNIfTI文件，必须安装ZMat工具箱，如上所述。

= = = =使用

=== nii2jnii -将NIfTI-1/2文件转换为nifti文件或数据结构===
例子:

savenifti(兰德(10、10、10),“test.nii”);
nii = nii2jnii(测试。nii, nii);读取一个nii文件作为nii结构
gzip(“test.nii”);
nii = nii2jnii(“test.nii.gz”);%读取。nii.gz文件为jnii结构
%读取。nii.gz文件并转换为文本jnifti文件
nii2jnii(“test.nii.gz”、“newdata.bnii”、“压缩”,“zlib”);%读取。nii.gz文件并转换为二进制的jnifti文件压缩

=== loadnifti -读取NIfTI-1/2(。Nii或.nii.gz)文件(别名为nii2jnii) ===
#的例子:

nii = loadnifti(“test.nii.gz”);%读取。nii.gz文件为jnii结构
nii = loadnifti(测试。nii, nii);读取一个nii文件作为nii结构

=== savenifti -将图像写入NIfTI-1/2(。Nii或.nii.gz)文件===
例子:

savenifti (img test.nii.gz);%保存数组img到压缩的nifti文件
savenifti (img的测试。nii”、“nifti2”);%保存数组img到nifti-2文件文件
savenifti (img的测试。nii’,头);%保存带有现有标题的数组img

=== loadjnifti -读取JNIfTI(。Jnii或.bnii)文件===
#的例子:

jnii = nii2jnii(“test.nii.gz”);
savejnifti (jnii“magic10.bnii”、“压缩”,gzip);
newjnii = loadjnifti(“magic10.bnii”);

=== savejnifti -将JNIfTI结构写入文件(。Jnii或。bnii) ===
#的例子:

jnii = jnifticreate (uint8(魔法(10)),“名字”,“10 x10魔法阵”);
savejnifti (jnii magic10.jnii);
savejnifti (jnii“magic10_debug.bnii”、“压缩”,gzip);