单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术彻底改变了生物医学科学的研究方式。它为研究细胞的异质性和基因表达变异性提供了前所未有的分辨率。然而，由于数据的稀疏性和高维性，分析scRNA-seq数据具有挑战性。我开发了scgeatoolbox -一个用于scna -seq数据分析的Matlab工具箱。它包含一套全面的功能，用于数据归一化、特征选择、批量校正、imputation、单元聚类、轨迹/伪时间分析和网络构建，可以组合和集成到构建自定义工作流。虽然大多数函数是在本地Matlab中实现的，但提供了包装器函数，允许用户调用用Matlab或其他语言开发的“第三方”工具。此外，scgetoolbox配备了复杂的图形用户界面(gui)，使用App Designer生成，使其成为一个易于使用的应用程序，用于快速处理数据。
引用
Cai JJ。scgeatobox:一个用于单细胞RNA测序数据分析的Matlab工具箱。生物信息学。2019年11月7日:btz830。doi: 10.1093 /生物信息学/ btz830。Epub先于印刷。PMID: 31697351
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