SimBiology的模型调试器是一个MATLAB应用程序,允许您在模型仿真期间分析模型响应、模型结构和表达式。
开始:
要安装SimBiology的模型调试器,只需双击mltbx文件。您可以通过单击MATLAB工具条中的add-ons按钮来管理已安装的附加组件。
启动SimBiology的模型调试器类型为“startSimBiologyDebugger(Model)”,其中Model是一个SimBiology模型。
关于如何应用剂量和变体类型的更多信息类型“帮助startSimBiologyDebugger”在MATLAB命令行窗口。
参见gettingstart .mlx。
例子:
%负荷模型
模型= sbmlimport(“洛特卡”);
%配置仿真模型
configset = getconfigset(模型);
configset.SolverOptions.AbsoluteTolerance = 1 e-6;
configset.SolverOptions.RelativeTolerance=1e-6;
%定义剂量
dose = sbiodose('dose for y1', 'TargetName', 'y1', 'Amount', 50);
%启动SimBiology模型和剂量的模型调试器
startSimBiologyDebugger(模型、剂量);
系统要求:
MATLAB版本R2019b或更高版本和SimBiology™工具箱需要运行SimBiology的模型调试器。
MATLAB版本R2020a或更高版本金宝app支持单位转换。
特点:
断点,用于指定暂停模型模拟的条件。您可以检测物种值是否为负值,或者模型组件的值是否为NaN、Inf或complex。触发的断点以黄色突出显示。从位于应用程序窗口顶部的控制栏中的下拉菜单中选择要调查的事件。可以停用预定义的断点以继续模拟。
为了进行调试,您可以可视化计算模型组件值的依赖关系图。您还可以绘制模型响应的时间过程,并以图形方式探索表达式。表达式树中的节点表示组成表达式的术语。节点的颜色表示NaN(红色)、无限(橙色)、复杂(黄色),或实际值(绿色)。
在设置面板中自定义模型模拟和表达式视图的首选项。
Florian奥古斯汀(2021)。模型调试器SimBiologyGitHub (https://github.com/MathWorks-SimBiology/ModelDebugger/releases/tag/1.0.2)。检索。