BacStalk是一款交互式的、用户友好的图像分析软件工具，用于研究常见细菌(如大肠杆菌、枯草芽孢杆菌、铜绿假单胞菌等)和茎形细菌(如新月梗杆菌、耐光单胞菌、aveniformis Brevundimonas等)的细胞生物学。BacStalk使用相位对比度、亮场和/或荧光图像分割细菌并生成人口统计图、kymograph、直方图、散点图。对于柄状细菌，BacStalk还可以识别不可见的细菌柄，观察柄的形成动态和芽细胞的生长。荧光图像可用于测量细胞和茎的蛋白质表达模式。

BacStalk使用非常直观和现代的图形用户界面，并提供文件处理、元数据提取、细胞/茎/芽分割、细胞跟踪、数据分析和可视化所需的所有工具。只需点击几下，BacStalk就可以生成出版物级别的数据。尽管backstalk基于matlab软件，但使用它并不需要任何编程知识。