BiofilmQ是一种先进的生物膜分析工具，用于在空间和时间上量化大型三维生物膜群落内的细胞属性。它可以处理许多不同类型的3D生物膜图像，包括流室生物膜、琼脂上的菌落、膜和聚集体。

BiofilmQ基于图形用户界面，不需要编程专业知识或图像分析的先验知识。

BiofilmQ有一种独特的方法来量化生物膜在空间和时间上的特性:BiofilmQ不需要单个细胞的光学分辨率。相反，BiofilmQ使用了一种不同的分割方法，基于将基于阈值的3D分割获得的生物膜生物体积分割为立方伪细胞。每个立方体都被视为一个单一的细胞，对其荧光、建筑、空间和许多其他属性进行测量。通过使用这种基于立方体的方法，可以基于伪细胞的许多参数的量化来执行生物膜图像细胞术(类似于流式细胞术，但具有空间特征)。

BiofilmQ提供了强大的分析和绘图功能，用于显示来自每个伪细胞立方体的数据。这是可能的，例如，生成生物膜kymograph，人口统计，并生成流式细胞术类数据集，包括种群门控，其中不仅包括细胞的荧光和结构特性，还包括生物膜内的空间特性。

易于使用的分析和可视化特性使您无需任何编程技能即可生成高质量的数据图形。

对于具有编程专业知识的高级用户，所有功能都是完全可脚本化的(在MATLAB中)，用于批量处理大型数据集。