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显微镜图像浏览器系统的需求

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内容

电脑

显微镜图像浏览器程序编写MATLAB环境下,测试工作在Windows / Linux / Mac MATLAB的安装。

除了编译(独立的)版本的MIB可用于Windows和Mac 64位操作系统。MIB的独立版本可能没有完整的原始程序的功能,但不需要购买MATLAB许可时用于学术研究。
独立的MIB要求MATLAB编译器运行时(MCR)这是在安装期间自动安装。

强烈建议使用64位操作系统有足够的内存数量。

MATLAB

MATLAB,释放2014 b(原始MIB 2.00版本;MIB的新版本可能需要R2017a或更新)。
MIB与MATLAB R2014b——R2022a测试。
DeepMIB可供R2019b但建议更新的版本

工具箱

Bio-Formats

Bio-Formats图书馆带来多个显微镜图像格式的支持。金宝app检查使用图书馆(✓)生物MIB的复选框在目录内容面板。

Bio-formatsjava库(可选)提供ImportExportTools / BioFormats文件夹。

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BMxD图像过滤器

当安装MIB可以使用BM3D和BM4D过滤器来过滤数据集。过滤器是不提供MIB由于许可限制,必须安装分离。

安装说明

  • 下载BM3D MATLAB软件和BM4D MATLAB软件从图像和视频去噪,稀疏的三维变换域协同过滤网页上。
  • 解压文件目录与MATLAB脚本。例如,c: \ MATLAB \ \ BMxD \ BM3D的脚本和c: \ MATLAB \ \ BMxD \ BM4D的脚本
  • 开始MIB和MIB首选项中指定这些文件夹:MIB - >菜单- >文件- >首选项- >外部dirs
  • 重启MIB

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斐济:体绘制和连接

显微镜图像浏览器可以使用斐济的3 d查看器插件的数量和模型的可视化。此外,有一个斐济连接面板,允许互动MIB和斐济。

! ! !警告! ! !

看来,斐济的3 d查看器与MATLAB在MacOS不兼容,请不要更改系统的写权限\ java \ jre \ win64 MacOS \ jre \ lib \ ext

安装过程

  • 下载斐济(链接)(MIB比2.60使用斐济救生索的版本,2015年12月22日)
  • 解压并开始斐济(fiji-win32。exe或fiji-win64.exe)
  • 更新斐济:斐济- >菜单- >帮助- >更新斐济(可能需要重复这个步骤一次重启后斐济)
  • 在斐济文件夹中应该出现一个文件夹脚本与Miji.m文件
  • 的脚本包含子文件夹Miji.m应该出现在斐济文件夹吗
  • 开始MATLAB
  • 开始MIB和打开Preferences窗口:MIB - >菜单- >首选项- >外部dir。斐济路径添加到安装文件夹,例如C: \ \ Fiji.app工具对于Windows或/应用程序/ Fiji.app /对于Mac OS

重要的笔记

注1,下面的MATLAB路径应该开放写作:

MATLAB…\ \ sys \ java \ jre \ win64 \ jre \ lib \ ext和MATLAB…\ \ sys \ java \ jre \ win64 \ jre \ bin

注2,如果未能检索出现异常消息错误,请增加在MATLAB Java VM的堆空间,看到细节。例如,呈现1818 x1022x717体积要求4 gb堆大小。

注3,斐济的3 d查看器可能不工作的时候开始第一次。在这种情况下,MATLAB应该重新启动。

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FRANGI:编译FRANGI面具过滤器

编译Frangi面具过滤推荐速度运行。请为您的操作系统编译它。大多数c函数可以用一个脚本编译:

编译的细节

  • 在MATLAB命令窗口改变目录mib \ \工具,在那里mibMIB是安装的路径,例如c: \ MATLAB \ \ mib的脚本
  • 编译,输入MATLAB命令窗口mib_compile_c_files
注意!这些文件应该已经为win32预编译,win64 mac64。

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伊万里瓷器:连接伊万里瓷器

显微镜图像浏览器可以一起使用伊万里瓷器。实现这个功能IceImarisConnector亚伦·c·庞帝所写,苏黎世联邦理工学院。

要求:

  1. 安装伊万里瓷器和ImarisXT
  2. 伊万里瓷器安装路径添加到系统环境变量IMARISPATH。开始- >计算机- >单击鼠标右键- >属性- >高级系统设置- >环境变量- >新…。例如,IMARISPATH = c: \ \ \伊万里瓷器\科学工具。也可以指定伊万里瓷器之路的MIB的偏好:菜单- >文件- >首选项- >外部dirs
  3. 重启MATLAB

Additiona笔记

注意:建议把ImarisLib。jar MATLAB的静态Java路径。这样做:

  1. 开始MATLAB和注意启动(家)目录。例如:c:\Users\UserName\Documents\MATLAB
  2. 创建javaclasspath.txt在这个主目录并添加ImarisLib之路。jar文件(例如,matlab \ ImarisLib.jar c:\Program Files\Bitplane\Imaris x64 8.0.2 \ XT \)。一个办法(Windows)输入MATLAB命令提示符:系统(“记事本javaclasspath.txt”);添加路径;并保存文件
  3. 重启MATLAB

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膜点击追踪

编译文件需要使用膜点击跟踪工具。请为您的操作系统编译它们。大多数c函数可以使用单个编译脚本

编译的细节

  • 在MATLAB命令窗口改变目录mib \ \工具,在那里mibMIB是安装的路径,例如c: \ MATLAB \ \ mib的脚本
  • 编译,输入MATLAB命令窗口mib_compile_c_files

注意!这些文件应该已经为win32预编译,win64 mac64。


NRRD:阅读NRRD格式

显微镜图像浏览器使用的函数NRRD保存数据的格式,但依赖项目:MATLABSlicerExampleModule由约翰·Melonakos阅读它。在Windows操作系统的文件应该已经预编译,但是Linux可能需要编译它们。

请参考细节mib \ ImportExportTools \ nrrd \ compilethis.m。

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OMERO:连接OMERO服务器

连接到OMERO服务器需要下载的MATLAB OMERO API绑定。

安装细节

  • 下载MATLAB OMERO插件从这里。应该列出的OMERO - > OMERO下载插件/ MATLAB部分。(注意!确保MATLAB插件的版本对应的版本OMERO服务器你会登录。老OMERO下载中列出以前的版本在页面的底部部分。
  • 将文件解压缩到您的脚本目录,例如C: \ MATLAB \ \ OMERO_5的脚本
  • MATLAB版本添加这个目录(C: \ MATLAB \ \ OMERO_5的脚本与子文件夹),MATLAB路径(MATLAB - >家选项卡- >设置路径…- >添加子文件夹…)或运行pathtool在MATLAB命令窗口
  • 对于部署的版本添加路径OMERO安装使用MIB首选项对话框:MIB - >菜单- >首选项- >外部dirs。例如,C: \ MATLAB脚本\ \ OMERO_5 \ libs \Omero版本5或C: \ MATLAB脚本\ \ OMERO_4 \ libs \Omero版4

当使用Omero、MIB商店服务器和港口mib_omero.mat文件位于c: \ temp \ mib_omero.mat或在系统临时文件夹中。

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随机森林分类器

编译文件需要使用随机森林分类器。显微镜图像浏览器使用randomforest-matlab由阿布Jaiantilal已为win32汇编,win64。

编译的细节

对于所有其他操作系统的文件必须手动编译:请参考细节

  • mib \ RandomForest \ RF_Class_C \ \工具的需要
  • mib \ RandomForest \ RF_Reg_C \ \工具的需要

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SLIC superpixels, supervoxels maxflow画笔工具supervoxels和Graph-cut和分类器

画笔工具可用于选择不是每个像素,而是组像素(superpixels)。这个功能是使用来实现的SLIC(简单线性迭代聚类)算法由Radhakrishna Achanta et al ., 2015。此外,SLIC superpixels supervoxels用于Graph-cut分割和分类器。

Graph-cut分割MIB的利用maxflow 2.22写的尤里Boykov和弗拉基米尔·柯尔莫哥洛夫。

编译的细节

  • 在MATLAB命令窗口改变目录mib \ \工具,在那里mibMIB是安装的路径,例如c: \ MATLAB \ \ mib的脚本
  • 编译,输入MATLAB命令窗口mib_compile_c_files

注意!这些文件应该已经为win32预编译,win64 mac64。


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软件MIB的体绘制

编译affine_transform_2d_double.c体绘制所需的功能。请为您的操作系统编译它。大多数c函数可以使用单个编译脚本。这个文件已经为win64预编译。

编译的细节

  • 在MATLAB命令窗口改变目录mib \ \工具,在那里mibMIB是安装的路径,例如c: \ MATLAB \ \ mib的脚本
  • 编译,输入MATLAB命令窗口mib_compile_c_files

注意!这个文件已经为win64预编译。


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发表与MATLAB®R2022b随后处理prettify_MATLAB_htmlV6.5

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