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align2cigar

雪茄格式一致序列转换为相应的签名

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语法

雪茄= align2cigar(对齐,裁判)
[雪茄,开始]= align2cigar(对齐,Ref)

描述

例子

雪茄= align2cigar (对齐,裁判)转换序列中保持一致对齐成雪茄使用指定的参考序列裁判。

例子

(雪茄,开始)= align2cigar (对齐,裁判)同样的回报开始,一个整数向量表示每个序列对齐的起始位置对ungapped参考序列。

例子

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打开生活的脚本

这个例子展示了如何将字符串雪茄字符串保持一致

创建一个单元阵列排列的字符串,创建一个字符串指定一个参考序列,然后将对齐雪茄字符串:

aln = [“ACG-ATGC”;“ACGT-TGC”;“GTAT-C”]
aln =3×8字符数组‘ACG-ATGC‘ACGT-TGC ' ' GTAT-C '
ref =“ACGTATGC”;[雪茄,开始]= align2cigar (aln ref)
雪茄=1 x3单元格{' 3 = 1 d4 = '} {' 4 = 1 d3 = '} {' 4 = 1 d1 = '}
开始=1×31 1 3

输入参数

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对齐序列,指定的单元阵列对齐特征向量,一个字符串向量,或一个字符数组。软剪报中认为是由小写字母序列对齐。跳过的位置被认为是由一段时间。在对齐序列。

数据类型:字符|字符串|细胞

对齐参考序列,指定为一个字符或字符串向量。的长度裁判必须等于列数对齐。

数据类型:字符|字符串

输出参数

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以雪茄格式转换序列,作为特征向量的单元阵列返回。中的每个条目雪茄对应于一个条目对齐。

每个序列对齐的起始位置,作为一个整数返回向量。开始位置都是指定的ungapped参考序列裁判。

版本历史

介绍了R2010b

另请参阅

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