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codonbias

计算每个氨基酸密码子频率编码的核苷酸序列

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语法

CodonFreq= codonbias (SeqNT)
CodonFreq= codonbias (SeqNT……“GeneticCode”,GeneticCodeValue,……)
CodonFreq= codonbias (SeqNT,“框架”,FrameValue,……)
CodonFreq= codonbias (SeqNT……“逆转”,ReverseValue,……)
CodonFreq= codonbias (SeqNT……“模糊”,AmbiguousValue,……)
CodonFreq= codonbias (SeqNT,“派”,PieValue,……)

输入参数

SeqNT

下列之一:

有效字符包括一个,C,G,T,U。

codonbias不数模棱两可的核苷酸或缺口。
GeneticCodeValue

整数、字符向量或字符串指定从表中基因编码或代号遗传密码。默认是1或“标准”。

提示

如果您使用一个代号,你可以截断的名字的前两个字母的名字。
FrameValue

整数指定一个阅读框的核苷酸序列。的选择是1(默认),2,或3。
ReverseValue 控制密码子频率的回归的反向互补序列指定的核苷酸序列SeqNT。的选择是真正的或假(默认)。
AmbiguousValue

特征向量或字符串指定如何治疗基码包含模糊的核苷酸字符(R,Y,K,米,年代,W,B,D,H,V,或N)。的选择是:

  • “忽略”(默认),跳过密码子包含模糊字符

  • “按比例分配”——计算基码包含模糊字符和分配比例在适当的密码子字段。例如,密码子的计数艺术均匀分布之间的吗AAT和AGT字段。

  • “警告”——跳过密码子包含模糊字符并显示一个警告。
PieValue 控制图的创建20个饼图,每个氨基酸。的选择是真正的或假(默认)。

输出参数

CodonFreq MATLAB为每个氨基酸结构包含一个字段,每个包含相关的密码子频率的百分比。

描述

许多氨基酸是由两个或两个以上的核酸密码子编码。然而,一个特定的密码子的概率(一种氨基酸从所有可能的密码子)是用于代码一种氨基酸序列之间的差异。知道每一个密码子的频率为每个氨基酸在蛋白质编码序列是一个有用的统计数据。

CodonFreq= codonbias (SeqNT)计算每个氨基酸的密码子频率百分比编码的SeqNT核苷酸序列,并返回结果CodonFreq,一个MATLAB为每个氨基酸结构包含一个字段。

CodonFreq= codonbias (SeqNT,……”PropertyName”,PropertyValue,……)调用codonbias与使用属性名可选属性/属性值对。您可以指定一个或多个属性在任何顺序。每一个PropertyName必须包含在单引号,不分大小写。这些属性名称/属性值对如下:

CodonFreq= codonbias (SeqNT……“GeneticCode”,GeneticCodeValue,……)指定了一个遗传密码。选择GeneticCodeValue是一个整数,特征向量,或字符串指定一个代码或代码的名字从桌子上遗传密码。如果您使用一个代号,你可以截断的名字的前两个字符的名字。默认是1或“标准”。

提示

如果您使用一个代号,你可以截断的名字的前两个字母的名字。

CodonFreq= codonbias (SeqNT,“框架”,FrameValue,……)计算指定的阅读框的密码子的频率FrameValue,可以1(默认),2,或3。

CodonFreq= codonbias (SeqNT……“逆转”,ReverseValue,……)控制密码子频率的回归为指定的反向互补的核苷酸序列SeqNT。的选择是真正的或假(默认)。

CodonFreq= codonbias (SeqNT……“模糊”,AmbiguousValue,……)指定如何处理包含模棱两可的核苷酸字符密码子。的选择是“忽略”(默认),“按比例分配”,“警告”。

CodonFreq= codonbias (SeqNT,“派”,PieValue,……)控制图的创建20个饼图,每个氨基酸。的选择是真正的或假(默认)。

遗传密码

代码数量 代号
1 标准
2 脊椎动物的线粒体
3 酵母线粒体
4 模具,原生动物,腔肠动物的线粒体,支原体/螺原体
5 无脊椎动物的线粒体
6 纤毛虫,Dasycladacean,六前鞭虫属核
9 棘皮动物的线粒体
10 Euplotid核
11 细菌和植物质体
12 替代酵母核
13 海鞘类线粒体
14 扁形虫线粒体
15 赭纤虫核
16 Chlorophycean线粒体
21 吸虫线粒体
22 栅藻Obliquus线粒体
23 Thraustochytrium线粒体

例子

全部折叠

导入一个基因库的核苷酸序列®数据库在MATLAB软件。例如,检索的DNA序列编码人类胰岛素受体。

S = getgenbank (“M10051”);

计算每个氨基酸的密码子频率编码的DNA序列,然后绘制结果。

cb = codonbias (S.Sequence,“馅饼”,真正的)

丙氨酸的密码子频率(A)的氨基酸。

cb.Ala
ans =密码子:{GCA”GCC的“GCG“GCT}频率:[0.1600 0.3867 0.2533 02000]

版本历史

之前介绍过的R2006a

另请参阅

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