主要内容

Dimercount.

计数核苷酸序列中的二聚体

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句法

dim= dimercount（SEQNT.）
[dim那百分] = dimercount（SEQNT.）
... = dimercount（SEQNT.， '模糊的'，AmbiguityValue.）
... = dimercount（SEQNT.， '图表'，ChartValue.）

输入参数

SEQNT.

以下是以下之一：

例子：'acgt'或者[1 2 3 4]
AmbiguityValue.

字符向量或字符串，指定如何治疗含有含糊不清核苷酸字符的二聚体（R.那y那K.那m那S.那W.那B.那D.那H那V.， 或者N）。选择是：

  • '忽略'（默认） - 跳过包含模糊字符的二维数

  • '捆'- 计算包含模糊字符的二维数，并报告总数模糊的场面的领域dim输出结构。

  • 'prorate'- 计数含有模糊性字符的二聚体，并在包含标准核苷酸字符的适当二聚体字段中按比例分布。例如，二聚体的计数AR.均匀分布在AA.和AG字段。

  • '警告'- 跳过包含模糊字符的二维数据，并显示警告。
ChartValue. 指定图表类型的字符矢量或字符串。选择是'馅饼'或者'酒吧'。

输出参数

dim 包含字段的Matlab结构AA.那AC.那AG那在那加利福尼亚州那CC.那CG.那CT.那GA.那GC那GG.那GT.那TA.那TC.那TG.， 和TT.，其中包含二聚体计数SEQNT.。
百分 一个4×4矩阵，具有二聚体的相对比例SEQNT.。行对应于一个那C那G， 和T.在二聚体的第一元素中，并且列对应一个那C那G， 和T.在二聚体的第二个元素中。

描述

dim= dimercount（SEQNT.）计数核苷酸二聚体SEQNT.，核苷酸序列，并返回二聚体计数dim，包含该字段的Matlab结构AA.那AC.那AG那在那加利福尼亚州那CC.那CG.那CT.那GA.那GC那GG.那GT.那TA.那TC.那TG.， 和TT.。

  • 对于具有具有字符二聚体的序列你，将这些二聚体添加到包含a的相应二聚体中T.。

  • 如果序列包含连字符指示的间隙（-），忽略间隙，间隙两侧的两个字符被计算为二聚体。

  • 如果序列包含无法识别的字符，则忽略包含这些字符的二维数，并出现以下警告消息：

    警告：序列中出现未知符号。这些将被忽略。

[dim那百分] = dimercount（SEQNT.）回报百分，一个4×4矩阵，具有二聚体的相对比例SEQNT.。行对应于一个那C那G， 和T.在二聚体的第一元素中，并且列对应一个那C那G， 和T.在二聚体的第二个元素中。

... = dimercount（SEQNT.， '模糊的'，AmbiguityValue.）指定如何治疗含有含糊不清核苷酸字符的二聚体。选择是：

  • '忽略'（默认）

  • '捆'

  • 'prorate'

  • '警告'

... = dimercount（SEQNT.， '图表'，ChartValue.）创建一个图表，显示二聚体的相对比例。ChartValue.可'馅饼'或者'酒吧'。

例子

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打开直播脚本 
SEQ = RANDSEQ（100）
seq ='ttatgacgttattctctttgattgtgcgagacaatgctaccttaccggtcggaactcgatcggttgaactctcacgcctggtcttcgaagttagcac'
[二聚体，百分比] = DimerCount（SEQ）
二聚体=结构与字段：AA：4 AC：9 AG：3：6可：6 CA：3 CC：3 CG：8 CT：9 Ga：8 GC：4 GG：4 GT：6 Ta：7 Tc：8 Tg：7 TT：10
百分比=4×4.0.0404 0.0909 0.0303 0.030303.03.0.03030.03030.0808 0.0808 0.0404 0.0404 0.0400 0.0807008

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