nt2int
信核苷酸序列转换成整数表示
语法
SeqInt= nt2int (SeqChar)SeqInt= nt2int (SeqChar……“未知”,UnknownValue,……)SeqInt= nt2int (SeqChar……“ACGTOnly”,ACGTOnlyValue,……)
输入参数
SeqChar |
下列之一:
|
UnknownValue |
整数代表未知的核苷酸。选择是整数≥0和≤255年。默认是0。 |
ACGTOnlyValue |
控制禁止模棱两可的核苷酸。的选择是真正的或假(默认)。如果ACGTOnlyValue是真正的,您可以输入字符一个,C,G,T,U。 |
输出参数
SeqInt |
核苷酸序列指定一个行向量的整数。 |
描述
SeqInt= nt2int (SeqChar)SeqChar,一个特征向量或字符串指定一个核苷酸序列,SeqInt行向量的整数指定相同的核苷酸序列。有效的编码,见表核苷酸字母代码映射到整数。未知字符(字符表中没有)被映射到0。用连字符表示映射到空缺16。
SeqInt= nt2int (SeqChar,……”PropertyName”,PropertyValue,……)nt2int与使用属性名可选属性/属性值对。您可以指定一个或多个属性在任何顺序。每一个PropertyName必须包含在单引号,不分大小写。这些属性名称/属性值对如下:
SeqInt= nt2int (SeqChar……“未知”,UnknownValue,……)UnknownValue可以是一个整数≥吗0和≤255年。默认是0。
SeqInt= nt2int (SeqChar……“ACGTOnly”,ACGTOnlyValue,……)N,R,Y,K,米,年代,W,B,D,H,V)。的选择是真正的或假(默认)。如果ACGTOnlyValue是真正的,您可以输入字符一个,C,G,T,U。
核苷酸字母代码映射到整数
| 核苷酸 | 代码 | 整数 |
|---|---|---|
| 腺苷 | 一个 |
1 |
| 胞嘧啶核苷 | C |
2 |
| 鸟嘌呤 | G |
3 |
| 胸苷 | T |
4 |
尿苷(如果“字母”设置为“RNA”) |
U |
4 |
嘌呤(一个或G) |
R |
5 |
嘧啶(T或C) |
Y |
6 |
酮(G或T) |
K |
7 |
氨基酸(一个或C) |
米 |
8 |
强相互作用(3 H债券)(G或C) |
年代 |
9 |
弱相互作用(2 H债券)(一个或T) |
W |
10 |
不一个(C或G或T) |
B |
11 |
不C(一个或G或T) |
D |
12 |
不G(一个或C或T) |
H |
13 |
不T或U(一个或C或G) |
V |
14 |
任何核苷酸(一个或C或G或T或U) |
N |
15 |
| 不定长度的差距 | - - - - - - |
16 |
| 未知(任何字符不表) | * |
0(默认) |
例子
从字母核苷酸序列转换为整数。
s = nt2int (“ACTGCTAGC”)s = 1 2 4 3 2 4 1 3 2
创建一个随机的特征向量来表示核苷酸序列。
SeqChar = randseq (20) SeqChar = TTATGACGTTATTCTACTTT
信的核苷酸序列转换为整数表示。
SeqInt = nt2int (SeqChar) SeqInt =列1到13 4 4 1 3 1 2 3 4 4 1 4 4列14到20 2 4 1 2 4 4 4
版本历史
之前介绍过的R2006a
