主要内容

rebasecuts

发现限制性内切酶切核苷酸序列

语法

(酶,网站)= rebasecuts (SeqNT)
rebasecuts (SeqNT,集团)
rebasecuts (SeqNT,(问,R])
rebasecuts (SeqNT,年代)

输入参数

SeqNT 核苷酸序列。
集团 单元阵列特征向量或字符串向量代表有效的限制性内切酶的名称。
问,R 基地位置,限制搜索基地之间的所有网站问和基础R。
年代 基地位置后,限制了搜索所有网站的基础年代。

输出参数

酶 单元阵列的性格从变基向量包含限制性内切酶的名称®限制性内切酶的数据库。
网站 向量减少网站的认同基础位置号之前每个削减。

描述

(酶,网站)= rebasecuts (SeqNT)发现所有的限制性内切酶切割SeqNT核苷酸序列。

rebasecuts (SeqNT,集团)限制了搜索集团,酶的列表。

rebasecuts (SeqNT,(问,R])限制搜索这些酶切后指定的基础地位问并在指定的基础地位R。

rebasecuts (SeqNT,年代)限制了搜索的酶切后指定的基础地位年代。

变基、限制性内切酶数据库是信息的集合限制性内切酶和相关的蛋白质。关于变基的更多信息,请参阅:

http://rebase.neb.com/rebase/rebase.html

例子

  1. 创建一个核苷酸序列。

    seq =“AGAGGGGTACGCGCTCTGAAAAGCGGGAACCTCGTGGCGCTTTATTAA”;

  2. 找到所有可能的序列中的酶和乳沟网站。

    (酶、网站)= rebasecuts (seq)

  3. 找到限制性内切酶CfoI和Tru9I把序列。

    (酶、网站)= rebasecuts (seq, {“CfoI”,“Tru9I”})酶= ' CfoI ' ' CfoI Tru9I站点39 45 = 13

  4. 找到所有可能的酶切后基地7。

    酶酶= rebasecuts (seq, 7) =“Csp6I”“CviQI”“RsaNI”

  5. 发现基地11之间所有可能的酶切和37。

    酶= rebasecuts (seq[37] 11日)酶=‘AccII’‘AspLEI’‘BmiI’‘Bsh1236I’‘BspFNI’‘BspLI’‘BstFNI’‘BstHHI’‘BstUI’‘CfoI’‘FnuDII’‘GlaI’‘HhaI’‘Hin6I’‘HinP1I’‘Hpy188I’‘HspAI’‘MvnI’‘NlaIV’‘PspN4I SetI的

引用

[1]罗伯茨,rVincze, T。Posfai, J。,和Macelis, D. (2007). REBASE—enzymes and genes for DNA restriction and modification. Nucl. Acids Res.35,D269-D270。

[2]变基官方网站:http://rebase.neb.com。

版本历史

之前介绍过的R2006a

另请参阅

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