限制

分离核苷酸序列在限制的网站

语法

片段=限制(SeqNT,酶) 片段=限制(SeqNT,NTPattern,位置) (片段,CuttingSites]=限制(…) (片段,CuttingSites,长度]=限制(…) …=限制(…,'PartialDigest',PartialDigestValue)

参数

`SeqNT`	下列之一: 特征向量或字符串指定一个核苷酸序列。有效的字母代码,看到桌子上核苷酸字母代码映射到整数。行向量的整数指定一个核苷酸序列。有效的整数,看到桌子上核苷酸的整数映射到字母代码。 MATLAB^®结构包含一个`序列`字段,其中包含一个核苷酸序列,如返回的`fastaread`,`fastqread`,`emblread`,`getembl`,`genbankread`,或`getgenbank`。
`酶`	特征向量或字符串的限制性内切酶变基指定一个名称^®限制性内切酶的数据库。提示一些酶指定切割规则链和其互补链。`限制`适用于切割规则只对5 ' - > 3 '链。为解决方案应用一种酶切割规则链,看到的例子。
`NTPattern`	短核苷酸序列识别模式搜索`SeqNT`,更大的序列。`NTPattern`可以是以下: 特征向量或字符串正则表达式
`位置`	下面的: 整数指定一个位置`SeqNT`减少,相对于`NTPattern`。双元素向量指定的两个位置`SeqNT`减少,相对于`NTPattern`。请注意位置`0`对应于一个削减一垒前`NTPattern`。
`PartialDigestValue`	值`0`来`1`(默认)指定的概率裂解位点将减少。

描述

片段=限制(SeqNT,酶)削减SeqNT核苷酸序列,为限制性位点的片段酶限制性内切酶。的限制函数返回值存储在片段单元阵列的序列。

片段=限制(SeqNT,NTPattern,位置)削减SeqNT核苷酸序列,在规定限制网站成了碎片NTPattern、核苷酸识别模式位置。

(片段,CuttingSites]=限制(…)返回一个数值向量表示减少网站的指标。的限制函数添加一个0的开始CuttingSites向量元素的数量CuttingSites等于元素的数量片段。您可以使用CuttingSites+ 1指每个片段的一垒各自的原始序列。

(片段,CuttingSites,长度]=限制(…)返回一个数值向量与每个片段的长度。

…=限制(…,'PartialDigest',PartialDigestValue)模拟部分消化,每个序列有一个限制的网站PartialDigestValue或被削减的可能性。

变基、限制性内切酶数据库是信息的集合限制性内切酶和相关的蛋白质。关于变基的更多信息或搜索变基限制性内切酶的名称,见:

http://rebase.neb.com/rebase/rebase.html

例子

51例。将通过指定一种酶核苷酸序列

输入一个核苷酸序列。

Seq =“AGAGGGGTACGCGCTCTGAAAAGCGGGAACCTCGTGGCGCTTTATTAA”;

使用限制性内切酶HspAI(指定识别序列GCGC和乳沟的位置1分裂的核苷酸序列。

fragmentsEnzyme =限制(Seq,“HspAI”)

MATLAB的回报:

fragmentsEnzyme = ' AGAGGGGTACG ' ' CGCTCTGAAAAGCGGGAACCTCGTGG ' ' CGCTTTATTAA '

52个例子。将核苷酸序列通过指定一个模式和位置

输入一个核苷酸序列。

Seq =“AGAGGGGTACGCGCTCTGAAAAGCGGGAACCTCGTGGCGCTTTATTAA”;

使用序列模式GCGC劈理的点位置3裂开的核苷酸序列。

fragmentsPattern =限制(Seq,“GCGC”3)

MATLAB的回报:

fragmentsPattern = ' AGAGGGGTACGCG ' ' CTCTGAAAAGCGGGAACCTCGTGGCG ' ' CTTTATTAA '

53个例子。分裂的核苷酸序列通过指定一个正则表达式模式

输入一个核苷酸序列。

Seq =“AGAGGGGTACGCGCTCTGAAAAGCGGGAACCTCGTGGCGCTTTATTAA”;

使用一个正则表达式来指定序列模式。

fragmentsRegExp =限制(Seq,“GCG [^ C]”3)

MATLAB的回报:

fragmentsRegExp = ' AGAGGGGTACGCGCTCTGAAAAGCG ' ' GGAACCTCGTGGCGCTTTATTAA '

54岁的例子。返回网站和片段长度

输入一个核苷酸序列。

Seq =“AGAGGGGTACGCGCTCTGAAAAGCGGGAACCTCGTGGCGCTTTATTAA”;

捕获削减网站和片段长度以及碎片。

[片段,cut_sites,长度]=限制(Seq,“HspAI”)

MATLAB的回报:

片段= ' AGAGGGGTACG ' ' CGCTCTGAAAAGCGGGAACCTCGTGG ' ' CGCTTTATTAA cut_sites = 0 11 37长度= 11 26 11

55例。将双链核苷酸序列

一些酶指定切割规则链和其互补链。限制适用于切割规则只对5 ' - > 3 '链。您可以应用这个规则手动补链。

输入一个核苷酸序列。
```
seq =“CCCGCNNNNNNN”;
```
使用seqcomplement函数来确定补链,3 - > 5的方向。
```
seqc = seqcomplement (seq)
```
MATLAB的回报:
```
seqc = GGGCGNNNNNNN
```
使用限制性内切酶切第一链FauI(指定识别序列的模式CCCGC和乳沟的位置9)。
```
cuts_strand1 =限制(seq, FauI)
```
MATLAB的回报:
```
cuts_strand1 =“CCCGCNNNN”“某某”
```
减少补充根据指定的规则链FauI(指定识别序列的模式GGGCG劈理的点位置11)。
```
cuts_strand2 =限制(seqc GGGCG的11)
```
MATLAB的回报:
```
cuts_strand2 = ' GGGCGNNNNNN ' ' N '
```

引用

[1]罗伯茨,rVincze, T。Posfai, J。,and Macelis, D. (2007). REBASE—enzymes and genes for DNA restriction and modification. Nucl. Acids Res.35,D269-D270。

[2]变基官方网站:http://rebase.neb.com。

版本历史

之前介绍过的R2006a

另请参阅