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seqalignviewer

可视化和编辑多个序列比对

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语法

seqalignviewer
seqalignviewer(对齐)
seqalignviewer(校准、名称、值)

描述

例子

seqalignviewer打开序列比对程序,可以显示和交互地调整多重序列比对。

seqalignviewer (对齐)加载一组之前把序列对齐到应用程序,您可以查看和交互地调整对齐。

seqalignviewer (对齐,名称,值)打开应用程序由一个或多个指定附加选项名称,值对参数。

提示

如果有可用的差距在您选择一块从序列对齐,然后有三个区域,你可以拖动和水平移动:

  • 选定的块

  • 块左边的选择

  • 块右边的选择

例子

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打开生活的脚本

多重序列比对文件加载和视图。

seqalignviewer (“aagag.aln”)

生物序列比对图- 1包含3轴和其他类型的对象uipanel, uitoolbar uimenu。轴1 2类型的对象包含文本,补丁。5轴2包含对象类型的图像,文本,补丁。轴3包含6类型的对象形象,补丁,文本。

另外,您可以点击序列比对应用程序选项卡中打开应用程序,并查看对齐数据。

还可以生成一个种系发生树从对齐序列中的应用。选择显示>树视图。

输入参数

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多重序列比对(MSA)数据,指定为:

名称-值对的观点

指定可选的逗号分隔条名称,值参数。的名字参数名称和吗价值相应的价值。的名字必须出现在引号。您可以指定几个名称和值对参数在任何顺序Name1, Value1,…,的家。

例子:“字母”,“AA”指定的序列氨基酸序列对齐。

对齐序列的类型,指定为“AA”氨基酸序列或“NT”的核苷酸序列。如果你不指定类型,seqalignviewer试图确定正确的类型。如果不能,它默认“AA”。

例子:“字母”,“AA”

名称列表标签序列对齐窗口中,指定为包含一系列MATLAB的结构头或的名字场,单元阵列的特征向量,或字符串向量。在数组的元素数量必须相同序列对齐的数据的数量对齐。

例子:“SeqHeaders”,名字

兼容性的考虑

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错误从R2017b

另请参阅

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主题

介绍了R2012b

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