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使用谱系树应用程序

系统发育树应用程序概述

系统发育树应用程序允许您查看、编辑、格式化和探索系统发育树数据。有了这个应用程序，你可以修剪，重新排序，重命名分支，探索距离。您还可以打开或保存Newick或ClustalW树格式文件。下面几节将描述用于创建可发布树形图的菜单命令和特性。

打开系统进化树App

本节说明如何从数据中绘制系统发育树phytree对象或先前保存的文件。

系统进化树应用程序可以从Newick和ClustalW树格式文件读取数据。

该程序使用文件中存储的系统发育树数据pf00002.tree作为一个例子。数据从蛋白质家族(PFAM) Web数据库中检索，并使用登录号保存到一个文件中PF00002和功能gethmmtree．

创建一个phytree对象。例如，要创建phytree对象来自文件中的树数据pf00002.tree、类型
```
tr = phytreeread (“pf00002.tree”）
```
MATLAB^®软件创建一个phytree对象。
```
系统发育树对象33叶(32枝)
```
使用应用程序查看系统进化树。
```
phytreeviewer (tr)
```
或者,单击种系发生树在应用程序选项卡。

文件菜单

的文件菜单包括打开和关闭文件的标准命令，也包括要使用的命令phytree对象数据从MATLAB工作区。的文件菜单命令如下所示。

新的观众命令

使用新观众命令从文件中打开树数据到第二个系统发育树查看器。

从文件菜单中,选择新观众．
的打开系统进化树对话框打开。
选择树的来源。
- MATLAB工作区-选择从工作区进口选项，然后选择aphytree对象。
- 文件-选择打开系统发育树文件选项,点击浏览按钮，选择一个目录，选择一个扩展名的文件.tree，然后单击开放．工具箱使用文件扩展名.tree，但您可以使用任何具有任何扩展名的任何newick格式文件。
第二个系统发育树查看器打开，其中显示了所选文件的树数据。

打开命令

使用开放命令从newick格式的文件读取树数据，并在应用程序中显示该数据。

从文件”菜单上,单击“开放．
的选择系统发育树文件对话框打开。
选择一个目录，选择一个newick格式的文件，然后单击开放．应用程序使用文件扩展名.tree，但您可以使用任何具有任何扩展名的任何newick格式文件。
应用程序将当前树数据替换为选定文件中的数据。

从工作区命令导入

使用从工作区进口从a中读取树数据phytree对象，并使用应用程序显示数据。

从文件菜单中,选择从工作区进口．
的获得Phytree对象对话框打开。
从列表中选择aphytree对象的MATLAB工作空间。
单击进口按钮。
应用程序将当前树数据替换为来自选定对象的数据。

在新查看器中打开原始文件

有些时候，您可能想要撤销所做的更改。的种系发生树应用程序没有撤销命令，但你可以回到你开始查看的原始树在新查看器中打开原始文件命令。

从文件菜单中,选择在新查看器中打开原始文件．

一个新的系统发生树查看器打开原始树。

保存为命令

在创建phytree对象或从现有数据中删除树，您可以将结果树保存在newick格式的文件中。用于创建phytree对象不与树一起保存。

从文件菜单中,选择另存为．
的保存系统发生树为对话框打开。
在文件名框中，输入文件名。工具箱使用文件扩展名.tree，但您可以使用任何文件扩展名。
点击保存．
该应用程序保存的树数据没有删除的分支，并保存更改的分支和叶子的名称。文件中不会保存诸如分支旋转、折叠分支和缩放设置等格式化更改。

导出到新查看器命令

因为一些谱系树查看器命令无法撤消(例如Prune命令)，所以您可能希望在尝试某个命令之前复制您的树。在其他时候，您可能想要比较同一棵树的两个视图，将树复制到一个新的工具窗口允许您独立地对两个树视图进行更改。

选择文件>导出到新查看器，然后任选其一与隐藏的节点或只显示．
一个新的系统发生树查看器打开与树的副本。
使用新的数据继续分析。

导出到工作区命令

的种系发生树app可以打开带有树数据的newick格式文件。但是，它不会创建phytree对象的MATLAB工作空间。如果您想以编程方式探索系统发育树，您需要使用出口到工作区命令。

选择文件>导出到工作区，然后任选其一与隐藏的节点或只显示．
的出口到工作区对话框打开。
在工作空间变量名框中，输入系统发育树数据的名称。例如,输入MyTree．
点击好吧．
应用程序创建一个phytree对象的MATLAB工作空间。

打印到图命令

在探索了树中的分支和叶子之间的关系之后，可以将树复制到MATLAB图窗口中。通过使用Figure窗口，您可以使用所有功能来注释、更改字体特征，并为发布做好准备。此外，在Figure窗口中，您可以保存树的图像，因为它显示在种系发生树应用程序。

从文件菜单中,选择印刷图，然后任选其一与隐藏的节点或只显示．
的打印系统发生树图对话框打开。

选择一个呈现类型．

呈现类型	描述
`“广场”`(默认)
`“角”`
`“辐射”`
`“equalangle”`	提示这种呈现类型隐藏了根节点的重要性，并强调了集群，因此对于可视化地评估集群和检测离群值非常有用。
`“equaldaylight”`	提示这种呈现类型隐藏了根节点的重要性，并强调了集群，因此对于可视化地评估集群和检测离群值非常有用。

选择显示标签你想要你的身材。您可以从所有选项中选择，也可以不选择。
- 分支节点—在图中显示分支节点名称。
- 叶节点—在图中显示叶子节点的名称。
- 终端节点—在右侧边框显示终端节点名称。
单击打印按钮。
将打开一个新的Figure窗口，其中包含您选择的特征。

打印预览命令

当你从种系发生树app或MATLAB图窗口(带有从查看器发布的树)，您可以指定打印树的设置选项。

从文件菜单中,选择打印预览．
的打印预览窗口打开，您可以使用它来选择页面格式选项。
选择所需的页面格式选项和值，然后单击打印．

打印命令

使用打印命令复制系统发生树打印预览命令选择格式选项。

从文件菜单中,选择打印．
的打印对话框打开。
从的名字列表，选择打印机，然后单击好吧．

工具”菜单

使用工具菜单:

探索分支路径
旋转的分支
查找、重命名、隐藏和修剪枝叶。

的工具菜单和工具栏包含了树和系统发育分析的大部分命令。使用这些命令和模式来交互式地编辑和格式化你的树。的工具菜单命令是:

检查模式

查看系统发生树种系发生树应用程序提供了一个大致的概念，如何密切相关的两个序列。然而，要确切地了解两个序列之间的密切程度，测量它们之间的路径距离。使用检查命令显示和测量两个序列之间的路径。

选择工具>检查，或从工具栏中单击检查工具模式图标．
应用程序被设置为检查模式。
单击分支或叶节点(选定节点)，然后将光标悬停在另一个分支或叶节点(当前节点)上。
应用程序突出显示两个节点之间的路径，并在弹出窗口中显示路径长度。路径长度是由。计算的父级距离seqpdist函数。

折叠和展开分支模式

有些树有成千上万的枝叶节点。显示所有节点会创建一个不可读的树形图。通过折叠一些分支，您可以更好地看到其余节点之间的关系。

选择工具>折叠/展开，或从工具栏中单击折叠/展开品牌模式图标．
应用程序被设置为折叠/展开模式。
指向一个分支。
所选分支下方的路径、分支节点和叶节点以灰色显示，表明您选择了它们来折叠(从视图中隐藏)。
单击分支节点。
该应用程序隐藏路径、分支节点和所选分支下方的叶子节点的显示。但是，它不会删除数据。
要展开折叠的分支，请单击它或选择>重置视图．

提示

折叠节点后，您可以通过选择来重新绘制树工具>适合窗口．

旋转分支模式

系统发育树最初是通过配对两个最相似的序列，然后按照相似度递减的顺序添加其余的序列来创建的。您可以旋转分支以强调进化的方向。

选择工具>旋转分支，或从工具栏中单击旋转分支模式图标．
应用程序被设置为旋转分支模式。
指向一个分支节点。
单击分支节点。

所选分支节点下方的分支和叶节点围绕分支节点旋转180度。
要撤消旋转，只需再次单击分支节点。

重命名叶子或分支模式

的种系发生树应用程序从phytree对象，并创建以。开头的编号分支名称分支1．您可以编辑任何叶子或分支名称。

选择工具>重命名，或从工具栏中单击重命名叶/分支模式图标．
应用程序被设置为重命名模式。
单击分支或叶节点。

将打开一个文本框，其中包含节点的当前名称。
在文本框中编辑或输入新名称。
若要接受更改并关闭文本框，请单击文本框外部。要保存更改，请选择文件>另存为．

修剪(删除)叶或枝模式

你的树可能含有远远超出系统发育范围的叶子，也可能有你想要去除的重复叶子。

选择工具>删除，或从工具栏中单击Prune(删除)叶/枝模式图标．
应用程序被设置为修剪模式。
指向一个分支或叶节点。

对于叶节点，连接到叶的分支线显示为灰色。对于分支节点，节点下面的分支线显示为灰色。

请注意

如果删除节点(分支或叶子)，则无法撤消更改。系统进化树应用程序没有撤销命令。
单击分支或叶节点。
该工具从图形中移除分支，并重新排列其他节点以平衡树结构。它没有重新计算系统发生。