主要内容

系统发育分析

重构、查看、交互和编辑系统发生树;置信度评估的Bootstrap方法;同义词和非同义词分析

应用程序

种系发生树 可视化、编辑和探索系统发育树数据

功能

seqlinkage 从两两距离构建系统发育树
seqneighjoin 使用邻居连接方法构建系统发育树
seqpdist 计算序列之间的成对距离
phytreeviewer 可视化、编辑和探索系统发育树数据
dnd 估计同义和非同义替代率
dndsml 用最大似然法估计同义和非同义替代率
gethmmtree 从PFAM数据库中检索系统发育树数据
seqinsertgaps 在核苷酸或氨基酸序列中插入缝隙

类

phytree 创建phytree对象
phytree对象 包含系统发育树的数据结构

主题

系统发育分析

系统发育分析是用来确定生物体之间进化关系的过程。

使用谱系树应用程序

用于创建可发布树形图的菜单命令和功能的描述。

序列实用程序和统计

您可以操作和分析序列，以获得对数据的物理、化学和生物学特性的更深入的理解。

特色的例子

人科物种系统发育树的建立

人科物种系统发育树的建立

从人科(也称为蜂科)的mtDNA序列构建系统发育树。这个家庭包括大猩猩、黑猩猩、红毛猩猩和人类。
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分析人类免疫缺陷病毒的起源

分析人类免疫缺陷病毒的起源

从HIV和SIV病毒的多个毒株构建系统发育树。
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重建SARS疫情的起源和扩散

重建SARS疫情的起源和扩散

SARS流行的起源和扩散分析。它是基于“计算基因组学概论”第7章中对病毒系统发育的讨论。案例研究方法"[1]。
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引导系统发育树

引导系统发育树

生成DNA序列的自举复制。自举生成的数据用于估计系统发生树中各分支的置信度。
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分析人体远端肠道微生物组

分析人体远端肠道微生物组

功能宏基因组分析结果可视化的几种方法。讨论是基于两项研究集中在人类远端肠道微生物组的宏基因组分析。
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使用评分矩阵测量进化距离

使用评分矩阵测量进化距离

使用序列对齐工具处理评分矩阵。这个例子使用了与视网膜母细胞瘤相关的蛋白质，视网膜母细胞瘤是由不成熟视网膜上的肿瘤引起的疾病。
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生物信息学工具文档

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