主要内容

构建模型

建立机械系统生物学模型或PK/PD模型

建立QSP、PBPK、PK/PD和系统生物学模型图形化地使用一个框图编辑器使用MATLAB编程®功能.使用剂量来模拟各种给药方案,并使用变异来表示生物多样性和假设情景。

应用程序

SimBiology模型构建器 交互式地建立QSP、PK/PD和机械系统生物学模型
SimBiology模型分析 分析QSP, PK/PD和机械系统生物学模型

功能

sbiomodel 构造模型对象
sbioroot 返回SimBiology根对象
sbioreset 删除所有模型对象
sbioselect 搜索具有指定约束的对象
addcompartment 创建舱对象
addCompartment 添加舱PKModelDesign对象
addobservable 在SimBiology模型中添加可观察对象
addspecies 创建物种对象,并在模型对象中添加到分隔对象中
addparameter 创建参数对象并添加到模型或动力学规律对象
addreaction 创建反应对象并添加到模型对象中
addrule 创建规则对象并添加到模型对象中
addevent 向模型对象添加事件对象
构造 构建SimBiology模型PKModelDesign对象

对象

全部展开

模型 模型和组件信息
可观测的 包含模拟后计算表达式的对象
包含隔间信息的对象
物种 包含物种信息的对象
参数 参数和范围信息
反应 包含模型反应信息的对象
KineticLaw 反应动力学规律信息
规则 保留物种和参数的规则
事件 存储事件信息
持有模型、单元库和抽象动力学定律库
PKModelDesign对象 构建药代动力学模型的辅助对象
PKCompartment对象 所使用的PKModelDesign创建SimBiology模型
PKModelMap对象 定义SimBiology模型组件的角色

主题

模型建立

建立受体-配体动力学模型

这个例子展示了如何创建和模拟一个简单的受体-配体动力学模型使用SimBiology模型构建器SimBiology模型分析应用程序。

使用SimBiology模型构建器将SGLT2抑制纳入基于生理的葡萄糖-胰岛素模型

通过假想化合物将钠-葡萄糖共转运体2 (SGLT2)受体抑制纳入现有的葡萄糖-胰岛素模型。

构建一个简单的模型

这个例子展示了如何以编程的方式构造一个简单的模型。

建立基因调控通路模型

这个例子展示了如何构建一个简单的基因调控模型并对其进行模拟。

用自定义函数创建和模拟模型

这个例子展示了如何创建一个自定义函数并将其合并到模型模拟中。

用质量作用动力学定义反应速率

用质量作用动力学来定义零级、一级、二级和可逆反应。

用酶动力学定义反应速率

用微分方程、质量作用动力学或Michaelis-Menten动力学来定义酶反应。

SimBiology模型中的事件

在SimBiology中,事件是模型中一个量或表达式值的离散转换。

创建药代动力学模型

SimBiology允许您创建一室、二室或多室药代动力学模型,用于模型模拟和参数估计。

模型定义

什么是SimBiology模型?

一个SimBiology®模型是用一组数量和数学表达式描述的动态系统。

种对象

一个种对象代表一种物质,它是参与反应的化学物质或实体的数量。

SimBiology模型中的剂量

使用剂量来模拟不同的给药方案。

SimBiology模型中的变体

使用变量来存储模型的备用参数值和初始条件。

SimBiology模型中规则的定义和评估

规则是允许您定义或修改模型数量的数学表达式,即单元容量、物种数量或参数值。

SimBiology模型中反应的定义和评估

反应是一种数学表达式,描述改变一个或多个物种的转化、运输或结合过程。