编写ODE模型与模拟生物学的脚本

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艾尔 2014年11月9日

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//www.tatmou.com/matlabcentral/answers/161904-writing-the-script-for-an-ode-model-versus-simbiology

评论道: 艾尔2014年11月12日

你好,

我最近读了一篇关于生物系统数学建模的论文。所有ode都在本文中，因此我尝试使用“SIMBIOLOGY”工具箱重现模型的动态。它工作得很好，所有的动态都与文章中的相似。后来，我尝试自己写代码(没有使用工具箱)。因为这是我第一次在Matlab中使用ODE函数，所以我在Matlab中阅读了相应的帮助文档，并尝试编写代码。令人惊讶的是，时间进程的结果是完全错误的!我仔细检查了所有的方程和其他东西(初始值和参数)，但一切都是正确的。我附上了simbiology文件以及我写的代码。有一些方程的右边有“时间”，比如:dY25/dt = k60 + (k61 * Y27) -(度(t) * Y26)…而度(t)是时间的函数(我附上了相应的文件)。我读了一篇关于这个问题的文章(在方程的右边有时间)，并按照提供的答案做了同样的事情，但问题仍然存在! Do you think the problem is related to that?

你能告诉我为什么Simbiology和Matlab脚本的动态不一样吗?你能看看我的脚本的整体结构，看看我是否有错误(我不是在谈论细节，只是写一个代码来解决一组ode的整体结构)?

另一件奇怪的事情是，当我使用[1:8000]的时间跨度时，它有8000个时间点，结果(动态)出来得很快，但当我使用另一个时间跨度[1:60:86400]时，它有1441个时间点，系统会非常慢!为什么呢?

我对一个更简单的模型(有丝分裂振荡器)使用了相同的过程，该模型在simbliology中可用，但从未得到正确的动力学(对应的文件是mitotic_model)。

谢谢你,

2的评论
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英格丽tigg 2014年11月10日

嗨,阿里,

您如何知道您的ode集中的所有内容都是正确的呢?你是怎么证实的?在SimBiology和手动编程相同的模型时，有许多事情会导致不同的结果。在超过10行的代码中找出根本原因是相当耗时的。因此，我不确定这里是否有人会为你做这件事。非常仔细地将这些方程与论文中的方程进行比较(对于这种情况，我喜欢打印出我的代码)，检查每个参数是否正确，使用调试器。所有这些事情都需要时间，但这就是代码调试的方式，另一个人也必须这样做:-)。

关于性能:如果不指定时间点会发生什么?可能您的系统在较晚的时间点是僵硬的，因此MATLAB需要较长的计算时间。因此，如果您没有指定时间点，检查性能可能是值得的。另外，更改ODE求解器可能会有所帮助。

我希望这能有所帮助。

英格丽。