显微镜和生物医学成像

由于相机的分辨率和灵敏度的提高以及显微镜工作流程的自动化，研究人员面临着越来越大的数据量。这些数据通常包含在分子、细胞或组织水平上连接结构和功能的见解，可以用来解释生物过程的机制和能量学。科学家需要处理大量的数据集，这些数据涵盖了各种显微镜模式，包括亮场、荧光、激光共焦、AFM、TEM和SEM。

MATLAB^®提供了一个平台，不仅为镜，但对于所有类型的生物医学成像的，包括细胞学，组织学，体内成像和行为的跟踪。该平台是灵活且可定制，使您能够有自己独特的工作流程和分析，并允许您与其他工具集成。它扩展到处理大量数据或不同方式和类型的数据结合起来。其结果是，MATLAB已经成为寻求研究人员选择的平台：

• 开发新的图像处理技术，统计数据,或机器学习商业软件无法提供的技术，也不能与仪器一起包装。
• 自动化乏味或计算密集的工作流程，如预处理，分类和分析图像或视频的集合。这包括集合太大，无法装入内存。
• 利用可用的计算资源，包括多核计算机和gpu,高性能计算系统,云。
• 将分析和算法部署到大量用户或协作者中网络或独立软件

社区应用程序和工具箱

• Bio-Formats:生命科学图像格式的独立图书馆
• CCD相机的特性: TEM用CCD相机的特性描述
• CellAnimation:显微镜分析的MATLAB框架
• CellSegm:高通量三维细胞分割
• CellTracker：细胞跟踪工具
• 波动显微镜: EM的电子纳米衍射图分析
• FocusStack:双光子钙神经元成像
• IceImarisConnector:简单的商品类，便于比特平面和MATLAB之间的通信
• 主义：单分子FRET显微镜
• 工具包: Kinetochore运动跟踪
• MATLABStarter：一系列的启动功能的MATLAB建立一个多用户环境
• MATrack:延时荧光显微术
• 微观管理者:开源显微镜软件
• NeuroPG:光模式产生管道
• 阶段拉伸变换:使用相位拉伸变换进行图像特征检测
• plusTipTracker:微管动态跟踪
• QuHAnT：高通量定量组织学
• rFRET：成比例FRET显微镜
• ScanBox:同时成像和电生理学
• SFMetrics:生物分子的SFM
• SimToolbox:结构照明荧光显微镜
• SPM:功能成像数据平台
• StimServer:双光子钙神经元成像
• 战术:高含量生物成像平台
• TLM-跟踪:延时细胞分割，跟踪，沿袭分析

视频和网络研讨会

技术文章

• 分析高分辨率显微镜图像
• 一种新的单分子定位和跟踪技术的加速发展
• 使用图像处理和统计分析，以定量细胞散射癌症药物研究
• 在RIKEN脑科学研究所用MATLAB加速神经图像分析
• 分水岭变换：策略图像分割
• 在DICOM文件访问数据
• 自动图像配准与MATLAB

用户故事

• 三菱田边制药开发数据分析工具，以加快药物发现
• 贝斯以色列女执事医疗中心提高了MRI的准确性
• 加拿大生物诊断研究所开发了一种用于评估烧伤损伤的成像工具

示例以及如何

• 校正非均匀照明
• 基于颜色的分割使用K-Means聚类
• 使用图像分割检测细胞
• 基于运动的多目标跟踪
• 并行批处理图像文件