今天我们有两个客人的博客,丽莎Kempler Pradeep Ramamoorthy,马萨诸塞州纳泰科在MathWorks工作的支持和开发人员的在线工具。金宝app职务谈到一个相对较新的代码共享平台,代码的海洋。

内容

海洋是什么代码吗?

代码的海洋是一个基于云计算平台,旨在进一步计算再现性和开放的研究。这个网站,可以通过web浏览器访问,使研究人员能够共享代码和数据与他们发表相关研究。网站访问者可以查看并运行代码,从而验证代码产生原始的研究论文中描述的结果。该平台支持各种编程语言,包金宝app括MATLAB。

为了提供容易获得代码和数据,代码海洋最近宣布出口能力计算胶囊:

https://medium.com/codeocean/new-compute-capsules-now-exportable-from-code-ocean-54b5bacb3e0e

用户现在可以下载这些代码胶囊,或容器——封装代码,数据和计算环境,为了重用和基于发表的研究和代码,包括计算环境。MATLAB的用户下载计算胶囊包含MATLAB代码可以运行代码并查看相关的结果在本地电脑上。

从开放科学到可重用的研究

可再生的研究(RR)大力推动了很长一段时间了出版商和资金的组织希望确保研究充分审查。有两个主要的好处很好,可核查的研究:1)出版物提供高价值的信息,和2)这些研究人员做后续研究可以自信地建立在同龄人的工作。

研究人员希望利用历史研究导致了开放科学运动,或者更广泛地说,开放的研究。开放的主要目标是一样的RR的底层驱动程序;如果你确保结果可以复制,然后基于这些结果是合理的。然而,“开放”将这一概念再推进一步。开放推动RR除了证明的有效性研究重用——需要广泛的研究方法和结果的工件可访问。

使用代码海洋,作者可以重现和验证他们的研究结果发表。然而,代码海洋科学家的主要价值是重用出版同行的工作能力。

虽然下载代码的能力,相关数据,以及相关的图形和数字输出为研究人员提供了一个巨大的领先优势,支持由研究人员提交出版仍然是有限的。在最近的一篇文章中(《政策有效性的实证分析计算再现性),Stodden等展示被大多数研究者缺乏参与的RR。204年发表论文的研究认为56计算可再生的,即使经过多次尝试从剩余的148的作者获得额外的信息。发表论文研究发现,25%的合规固有的计算,告诉我们,标准仍然是1)non-reproducibility和2)not-so-transparent路径重用对于大多数发表的计算研究。

在MATLAB语言支持代码海洋使研究人员更容易金宝app分享他们的工作。使用这些测试输出,MATLAB用户可以创建新的研究和转移他们的知识创新,在科学和工业产品。下载188bet金宝搏代码easy-upload罗汉和共享平台拥有的可能性增加RR合规(反过来,Reuse-ability)、出版商、作者、和后续研究者看到分享的价值。

什么是计算胶囊?

计算胶囊是在海洋代码的基本单位。他们研究——封装和重用所需的元素复制代码、数据、文档和规范的计算环境。研究人员创建一个计算胶囊与他们的研究,和游客开放这些胶囊检查和运行代码。

导出一个计算胶囊

假设你是一个神经科学研究人员在地里干活。你听到持续的研究和开发模型模拟大脑的纤维。

一旦你登录的代码海洋网站(快速建立一个帐户,免费的),你可以探索出版的策划画廊计算胶囊,或者搜索相关的条款。如果你搜索“纤维”或“大脑”,你看到相关的结果,如下所示:

第一个搜索结果-纤维源分离——看起来有前途,可能你正在寻找什么。点击链接将带你去海洋IDE的代码,你可以与代码,看看支持文档和可视化,代码海洋的云平台上运行的代码。金宝app

出口这种胶囊,只需选择“胶囊”的“出口”选项菜单。

选择这个选项应该初始化下载过程。下载后,您可以提取下载包。繁殖。医学博士,下面,是你文件,所需的步骤重现的结果胶囊。下一步,打开胶囊,需要您使用码头工人安装码头工人和一些经验。

总结

与出版相关的视图和重用代码能力研究是一大亮点。有之间的双向链接代码和发表文章,从报纸出版商网站的代码和代码海洋胶囊回到文件,便于查找和使用不同的相关组件。如果你有一个发表论文与相关的MATLAB代码,考虑上传代码的海洋。或访问代码的海洋查看和下载研究性的MATLAB代码。

你使用代码海洋(或类似的平台)为你的研究和代码共享的需要吗?让我们知道在这里。

得到了MATLAB代码

发表与MATLAB®R2018b