罗兰关于MATLAB的艺术

将想法转化为matlab

海洋代码,MATLAB和共享可重用代码

今天我们有两位客座博主,Lisa Kempler和Pradeep Ramamoorthy,他们在马萨诸塞州Natick的MathWorks工作,支持和开发研究人员的在线工具。金宝app他们的帖子谈到了一个相对较新的代码共享平台,Code Ocean。

内容

什么是代码海洋?

代码海洋是一个基于云计算的平台,旨在进一步提高计算再现性和开放研究。该网站可以通过网络浏览器访问,使研究人员能够分享与他们发表的研究相关的代码和数据。访问该网站的用户可以查看并运行代码,从而验证代码产生了原始研究论文中描述的结果。该平台支持多种编程语言,包金宝app括MATLAB。

在努力提供代码和数据更容易获得,代码大洋最近宣布有能力出口计算胶囊:

https://medium.com/codeocean/new-compute-capsules-now-exportable-from-code-ocean-54b5bacb3e0e

为了重用和建立在发表的研究和代码,包括计算环境 - 用户现在可以下载这些代码胶囊,或容器 - 的代码,数据和计算环境封装。谁包含MATLAB代码下载计算胶囊可以运行代码并查看其本地计算机相关的结果MATLAB用户。

从开放科学到可重复使用的研究

长期以来,出版商和资助机构一直大力推动可复制研究,希望确保研究得到充分审查。好的、可验证的研究有两个主要好处:1)出版物提供了高价值的信息,2)那些做后续研究的研究人员可以自信地建立在同行的工作基础上。

研究人员希望利用历史研究已导致围绕开放的科学,或者更广泛地说,开放的研究运动。开放性的主要目标是一样的RR的底层驱动程序;如果您确保结果可以复制,那么它的合理的基础上的结果。然而,“开放”采取了一步。开放推动RR超越证明了研究再利用的有效性 - 的要求,使研究方法和结果的工件广泛使用。

使用代码海洋,发布的作者可以重现并验证他们的研究结果。然而,代码海洋对研究人员的主要价值是这种能够重用其发布的同行的工作。

虽然下载代码、相关数据以及相关图形和数字输出的能力给研究人员带来了巨大的优势,但提交出版的研究人员的支持仍然有限。在最近的一篇文章中(日记策略有效性的实证分析计算重复性),Stodden等证明大多数研究者缺乏RR参与。The study deemed 56 of 204 published papers computationally reproducible, even after multiple attempts to get additional information from authors of the remaining 148. The study’s finding, 25% compliance for published papers that are inherently computational, tells us that the norm is still 1) non-reproducibility and 2) not-so-transparent paths to Reuse for most published computational research.

在海洋代码为MATLAB语言的支持使得它更容易金宝app为研究人员分享他们的工作。使用这些测试的输出,MATLAB用户可以创建新的研究,他们的学习收获转移到新的创新和产品在科学和工业。下载188bet金宝搏代码罗汉轻松上传和共享平台拥有RR增加合规性(和,反过来,再利用能力),出版商,作者的可能性,以及后续研究人员认为,在共享的价值。

什么是计算胶囊?

计算胶囊是代码海洋的基本单元。它们封装了再现和重用研究所需的元素——代码、数据、文档和计算环境的规范。研究人员创建了一个与他们的研究相关的计算胶囊,访问者打开这些胶囊来检查和运行代码。

导出计算胶囊

比方说,你在神经科学领域的研究工作。你听到关于正在进行的研究和模型开发模拟大脑纤维。

一旦你登录码海洋网站(设立一个帐户是快,免费),您可以探索出版计算胶囊的策展的画廊,或搜索相关条款。如果你搜索“纤维”或“大脑”,你会看到相关的结果,如下图所示:

第一搜索结果 -纤维源分离- 看起来很有希望,可能是你所期待的。点击链接将带您到海洋代码IDE,它可以让你的代码,看看证明文件和可视化交互,以及运行代码海洋的云平台的代码。金宝app

要导出此胶囊,请从“胶囊”菜单中选择“导出”选项。

选择此选项应初始化下载过程。下载后,您可以提取下载的包。再演.md,下面是您的读取ME文件,具有重现胶囊结果所需的步骤。下一步,打开胶囊包装,要求您安装Docker和一些使用Docker的经验。

概括

能够查看和重用与已发布研究相关的代码是一个很大的优势。代码和已发表的文章之间具有双向链接,从发布网站上的论文到代码,再从code Ocean胶囊返回到论文,这使得查找和使用不同的相关组件变得很容易。如果您已经发表了一篇与MATLAB代码相关的论文,请考虑将其上传到code Ocean。或访问代码海洋浏览和下载研究相关的MATLAB代码。

你有没有使用的代码远洋(或类似平台),为您的研究和代码共享的需求?让我们知道这里




发布与MATLAB®R2018B

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注释

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