隆德大学开发了一个用于匹配心脏移植捐赠者的人工神经网络

挑战

通过确定最佳的受体和供体匹配,提高心脏移植受者的长期生存率

解决方案

使用MathWorks工具开发预测人工神经网络模型,并在56处理器计算群集中模拟数千个风险型材组合

结果

  • 预期五年生存率升高至10%
  • 网络训练时间减少了三分之二以上
  • 模拟时间从数周到几天切

“我花了很多时间在诊所,没有时间或技术专业知识学习,配置和维护软件。Matlab让像我这样的医生来完成工作并产生有意义的结果。“

隆德大学Skåne大学医院Johan Nilsson博士

心脏移植受者的存活取决于几十个变量,包括体重、性别、年龄、供体和受者的血型,以及缺血时间——即移植过程中器官没有血流的时间。

为了更好地了解移植风险因素和改善患者结果,瑞典隆德大学和Skåne大学医院的研究人员使用人工神经网络(ANNS)来探索多变量之间的复杂非线性关系。ANN模型是使用从两个全球数据库获得的捐助者和收件人数据培训:国际心脏和肺移植(ISHLT)登记处和北欧胸部移植数据库(NTTD)。Lund研究人员通过使用MATLAB加速了他们的ANN的培训和模拟®、Deep Learning Toolbox™和MathWorks并行计算产品。下载188bet金宝搏

“我们使用的许多技术都是计算机密集型和耗时的,”隆德大学心胸外科副教授Johan Nilsson博士说。“我们使用与MATLAB并行服务器的并行计算工具箱,以在56处理器集群上分发工作。这使我们能够使用Matlab和Deep Learing Toolbox快速识别最佳神经网络配置,使用来自移植数据库的数据列车,然后运行模拟以分析风险因素和生存率。“

挑战

了解各种风险因素如何影响存活率涉及到成千上万的计算和数据密集型操作——例如,该团队必须测试数百种ANN配置,以确定最佳的一种。对6个变量的分析需要模拟3万种不同的组合。使用开源软件包对5万名患者进行了数周的模拟。

尼尔森和他的同事也遇到了他们使用的软件的可靠性问题。尼尔森解释说:“该软件不稳定,导致在长时间、多日的模拟中崩溃。”此外,它产生的一些结果也不太正确。当我们发表研究结果时,我们需要非常确定我们可以相信这些结果。”

解决方案

为了解决速度和可靠性方面的挑战,隆德大学的研究人员使用MATLAB和深度学习工具箱开发了他们的初始人工神经网络模型。为了找到最优的网络配置,他们编写了MATLAB脚本,改变网络中使用的隐藏节点的数量,以获得权值衰减(或正则化)的范围。

该团队使用了并行计算工具箱™和MATLABPLANDELS Server™来加速200多个ANN配置的模拟。然后,它们评估结果以找到最佳配置。

在使用来自数据库的供体和受体信息训练神经网络后,他们通过模拟训练集中遗漏的10,000名患者的结果来验证模型的准确性。然后,他们将结果与实际存活率进行了比较。

在下阶段,该团队并行进行了数千次仿真,以排列研究中考虑的57个风险因素,以预测长期存活。

利用计算机群上的蒙特卡罗模拟和模拟退火技术的结果,研究人员确定了任何特定受者的最佳和最差可能的捐赠者。

作为最后一步,该团队开发了一个自动化进程,将收件人等待名单划分,以确定潜在捐赠者的最佳候选人。

在该项目的下一个主要阶段,隆德大学的研究人员正在使用该ANN调查人白细胞抗原(HLA)遗传型材与接受者匹配供体的使用。

结果

  • 预期五年生存率升高至10%。“在模拟的随机试验中,初步结果表明,我们使用Matlab和Deep Learing Toolbox开发的ANN模型将移植大约20%的患者,而不是使用传统选择标准的患者,”尼尔森说。“安然患者的前瞻性五年生存率比与今天使用的标准医生相匹配的5-10%。”1、2

  • 网络训练时间减少了三分之二以上。“使用深层学习工具箱和MATLAB,它花了5到10分钟才能训练我们的神殿,”尼尔森说。“使用开源软件,培训需要30到60分钟。这是一个很大的不同,因为我们正在培训和评估数百个网络配置。“

  • 模拟时间从数周到几天切。“当我们转向MATLAB和MATHWORKS并行计算技术时,我们完成了实验,在大约5天内定期花了3到4周,”尼尔森说。“更重要的是,模拟可靠地完成,没有崩溃。”

1Nilsson,J.,Ohlsson,M.,Höglund,P.,Ekmehag,B.,Koul,B.和Andersson,B。(2015)。“国际心脏移植生存算法(IHTSA):改善器官分享和生存的新模型”。Plos一个,10 (3), e0118644。doi: 10.1371 / journal.pone.0118644

2安萨里,D.,安德森,B., Ohlsson, M., Höglund, P.,安德森,R., Nilsson, J.(2013)。“codusa -在心脏移植中使用模拟退火定制最佳供体”。科学报告,3,1922。DOI:10.1038 / srep01922

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