xiangruili / dicm2nii

NIfTI转换、可视化和转换工具

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更新2023年2月22日

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编者按:这个文件被选为MATLAB中央选择的

DICOM NIfTI转换,并建置和NIfTI工具,NIfTI可视化(2023.03.16版)

视图xiangruili / dicm2nii文件交换

dicm2nii

DICOM转换成NIfTI。它还可以转换PAR / XML / REC,头/四国,MGZ NIfTI和BrainVoyager文件。

nii_tool

创建、加载、保存NIfTI文件。金宝app同时支持版本1和2 NIfTI,各种各样的数据类型。

nii_viewer

可视化NIfTI。也可以想象任何文件转换到dicm2nii NIfTI。

nii_moco

执行NIfTI运动校正。

nii_stc

执行NIfTI片时间校正。

nii_xform

NIfTI转换成不同的分辨率,或者变成一个模板空间。

dicm_hdr、dicm_img dicm_dict、dicm_save dicm_val_rep

读/写DICOM头和形象,独立于Matlab的图像处理工具箱。

rename_dicm、sort_dicm anonymize_dicm

使用多种工具执行任务的名称。

RT_moco

实时运动/图像监控和更多的西门子扫描仪。

引用作为

Xiangrui李(2023)。xiangruili / dicm2niiGitHub (https://github.com/xiangruili/dicm2nii/releases/tag/v2023.02.23)。检索

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创建R2017a
兼容任何释放
平台的兼容性
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版本使用GitHub缺省分支不能下载

版本 发表 发布说明
2023.2.23.0

GitHub上看到这个版本发布说明:https://github.com/xiangruili/dicm2nii/releases/tag/v2023.02.23

2023.02.22

GitHub上看到这个版本发布说明:https://github.com/xiangruili/dicm2nii/releases/tag/v2023.02.22

2022.03.06

更新版本

2018.08.08

1。使用GetFullPath从1月
2。接受文件和文件夹的混合物作为输入
3所示。其他修复

2018.6.14.0

dicm2nii:实现16位距离标尺(默认);
dicm_hdr: bug修复不足字节搜索方法;改善philips_par&xml
切换到Github

2018.6.5.0

1。dicm_hdr:飞利浦可以读取xml文件;很多改进PAR打交道
2。dicm2nii:可以处理不完整的体积为飞利浦PAR / XML /并建置;
更好的处理不同的复杂的图像类型。

2018.5.23.0

dicm2nii:照顾一些特殊的飞利浦的情况下:
1。商店从FrameReferenceTime VolumeTiming,看到宠物数据;
2。错误修复删除飞利浦DTI ADC卷;
3所示。重新调节转向浮动值。

2018.4.20.0

1。dicm2nii: bug修复长文件名
2。一些小的修正。

2018.3.9.0

nii_viewer:
1。检查工作区中的NIfTI struct当添加覆盖
2。实现“标准差”像“时间进程”。
dicm_hdr - > philips_par: bug修复错误的片翻转;工作不完整的体积

2018.1.19.0

1。nii_viewer:体积膨胀的表面点映射到正确的位置,即使是旧的matlab
2。dicm2nii: bug修复fieldmap测试工程师
3所示。其他一些小的修正和改进。

2018.1.3.0

nii_viewer:支金宝app持表面体积膨胀映射。测试只是为了HCP表面。

2017.12.29.0

面视图使用组合叠加,因此它顺利适合不同的环境。

2017.12.28.0

1。nii_viewer:实现表面视图CIfTI (HCP gii包括模板)。
2。dicm_hdr: bug修复可能切片抛在飞利浦。Thx ShereifH不相上下。

2017.12.14.0

1。dicm2ii:为西门子多帧使用多种工作。
2。nii_viewer:可视化CIfTI尝试转换回卷。
3所示。dicm_img: bug修复压缩dicom没有偏移表。

2017.10.31.0

1。nii_view:两个布局包括紧凑的一行显示
2。其他一些小的改善和修复

2017.9.27.0

1。根据投标拯救VolumeTiming失踪卷;
2。正确的西门子读出时间;
3所示。使用通用电气SLICEORDER如果RTIA_timer不可用;
4所示。总存储TE和读出失真校正。

2017.8.3.0

1。错误修复阅读飞利浦文件相当;
2。更好的选项卡上自动完成。

2017.7.20.0

1。添加functionSignatures。json文件选项卡自动完成;
2。允许经常失踪InstanceNumbers,像dicom CMRR的听觉研究;
3所示。试着照顾GitHub下载,所以准备GitHub托管。

2017.6.18.0

1。dicm2nii & nii_viewer:能读懂大端AFNI形象;
2。dicm2nii:设置多波段slice_code 0,以避免FreeSurfer错误;
3所示。用户需要手动下载一次从GUI解决方案更新;
4所示。nii_viewer:提高Ctrl-drop添加覆盖

2017.3.22.0

1。ImagePositionPatient dicm2nii:更好的精度要求;
2。dicm2nii: bug修复混合MAG /阶段multi-frame dicom > 2卷。

2017.2.15.0

1。nii_viewer:可以打开DICOM等文件转换到NIfTI没有储蓄,允许查看没有转换的图像从一个或多个文件。
2。dicm2nii: FreeSurfer mgh / mgz文件转换成NIfTI。
3所示。其他修复和改进。

2017.1.3.0

anonymize_dicm: PatientName替换ID而不是抓它。

2016.12.29.0

1。nii_moco:新的实现执行运动校正;
2。anonymize_dicm:新的实现dicom文件中删除患者姓名;
3所示。dicm2nii:变换与龙门CT图像倾斜;
4所示。其他一些小的改善和修复。

2016.11.30.0

1。dicm2nii:解决不规则图像顺序飞利浦multi-frame并建置;
2。dicm_hdr:避免错误由于缺失值的标签;
3所示。其他一些小的改进。

2016.11.15.0

1。nii_viewer:允许手动删除过度颈部组织;
2。nii_viewer:更好的覆盖治疗分析文件;
3所示。nii_tool:快速hdr / ext读内存gunzip gz文件;
4所示。小的改进。

2016.10.10.0

1。nii_viewer:实现扭曲的叠加;
2。nii_viewer:实现“保存卷”;
3所示。dicm_hdr:解决问题对于一些飞利浦文件相当;
4所示。其他一些小的修正。

2016.9.21.0

dicm2nii:修复bug引入了更新小时前(斜率/拦截错误地应用于文件预计1号)。

2016.9.20.0

1。dicm2nii:首选项添加到GUI
2。dicm2nii:转换系列重新调节斜率不一致或拦截
3所示。其他一些小的修正和改进

2016.8.26.0

1。dicm2nii:添加”不允许使用SeriesInstanceUID;
2。nii_viewer:选择加载单量大的数据集;
3所示。没有PixelData dicm_hdr:可以读取dicom;
4所示。其他一些小的修正和改进。

2016.7.10.0

nii_viewer:文件列表界面改进;实现直方图情节和球体创造ROI。
其他一些小的修正和改进。

2016.6.10.0

nii_viewer:添加“RGB”附近地区所以3-volume图像可以在RGB;
dicm2nii:避免由于empty-PixedlData垃圾dicom跳过系列;
允许setpref节省PatientName和不使用parfor;
其他一些小的修正。

2016.6.1.0

dicm2nii:总是拯救ReadoutSeconds topup;
nii_viewer:实现图像重心显示;
其他一些小的修正和改进。

2016.5.21.0

nii_stc:新申请nifti片时间修正。
dicm_img:试图支持文件Bi金宝apptsStored ~ = HighBit + 1。
dicm2nii & nii_viewer:只是小修小补。

2016.5.16.0

dicm2nii:大修复错误由于缺少文件(s)。

2016.5.12.0

dicm2nii:
1。通用电气为凹陷bvec信号校正/软木收购;
2。避免错误由于西门子去往B15 CSASeriesHeaderInfo丢失的信息。
nii_viewer:
错误修复放大/缩小的按键。

2016.5.9.0

nii_viewer:更新附近地区三个阶段;添加“打开新窗口”

2016.5.6.0

修正版本号

2016.5.5.0

dicm2nii:更好的马赛克为旧的/坏数据检测;默认情况下将岩豚鼠系列。
nii_viewer:添加了两个附近地区复杂的数据:对retinotopy有用。
dicm_hdr:性能调整:近100%的改善。
许多微小的修正和改进。

2016.3.24.0

1。dicm2nii:解决西门子马赛克发现罕见病例。
2。nii_viewer:允许背景图像移动堆栈;
删除一些DTI矢量线的限制。
3所示。一些小的修正。

2016.1.31.0

1。nii_viewer: bug修复混乱set_file回调;
2。一些小的改进。

2016.1.27.0

1。dicm2nii:支金宝app持big endian dicom文件;
2。其他一些小的修正。

2016.1.15.0

检查更新:解决这个问题下载到当前目录中。

2016.1.14.0

1。nii_viewer:实施时间进程的情节;
2。nii_viewer:解决问题挂一些Matlab版本由于看不见图;
3所示。dicm_img: bug修复没有铸造双字节。

2016.1.12.0

1。从dicm2nii和nii_viewer GUI实现更新检查;
2。使用matlab dicm2nii参照方法,nii_tool nii_viewer;
3所示。失踪SeriesInstanceUID dicm2nii:修复文件;
4所示。nii_viewer:一些改进和错误修正。更快的显示

2016.1.5.0

修复和改善dicm2nii nii_tool,主要用于nii_viewer:
1。友好的GUI文件列表;
2。通过Ctrl进行拖拽添加覆盖;
3所示。调制图像显示;
4所示。ROI标签显示,如光芒四射;
5。更多的附近地区选项,包括定制的附近地区。

2015.11.28.0

nii_viewer:错误修正了之前的更新(调整问题)

2015.11.27.0

nii_viewer:
1。避免错误为Linux下的白色背景;
2。错误修正为α和无与伦比的s / qform。

2015.11.22.0

nii_viewer修复和改进:
1。错误修复与sform nii = 0;
2。添加“显示NIfTI必需品”;
3所示。白人使用更好的效果。

2015.11.20.0

1。dicm2nii: GUI支金宝app持拖放的文件夹/文件;选择保存JSON文件;
2。nii_tool:部分广州解压缩使hdr只读更快;
3所示。nii_viewer:关键导航和变焦实现;允许L / R翻转,白色背景等等。

2015.11.5.0

错误修正显示NIfTI hdr / ext

2015.11.4.0

1。实现nii_viewer。m nii可视化;
2。添加文件nii nii_xform重新取样/变换图像;
3所示。一些小改善dicm2nii nii_tool等;
4所示。包括dndcontrol Maarten van der Seijs。

2015.9.26.0

1。照顾不规则片订购PAR / REC和多帧并建置;
2。错误修复的情况下nSlices = 1;
3所示。其他一些小的修正。

1.44.0.0

1。nii_tool:汽车检测图像RGB风格阅读;
2。尝试修复片时间对于一些多波段数据;
3所示。其他只是小修小补。

1.43.0.0

主要:存储文本NIfTI扩展信息,像DTI bval / bvec片时机,unwarp参数等
小:丢失的文件检查和一些小的修正和改进

1.42.0.0

不存储是= 40 NIfTI扩展由于目前可能的问题

1.41.0.0

与最新的Matlab版本解决问题:uint32图处理和parpool。

1.40.0.0

1。可以转换成NIfTI BrainVoyager文件;
2。错误修正为飞利浦phaseDir数据;
3所示。nii_tool允许设置默认NIfTI版本和RGB风格;
4所示。其他一些小的修正和改进。

1.39.0.0

1。作品多主题/研究数据;
2。不会跳过派生数据,如从GLM / DTI;
3所示。转换负责可能剪片方向;
4所示。许多小的改进。

1.38.0.0

1。相位编码方向错误修正;
2。改善DTI bvec标志治疗;
3所示。许多微小的修正和改进。

1.37.0.0

1。dicm2nii可以节省SPM NIfTI风格;
2。nii_tool 3 d和4 d NIfTI之间可以转换;
3所示。许多其他的修正和改进。

1.36.0.0

1。nii_tool包括新文件。米,可读/写任何数据类型的NIfTI不同版本的文件;
2。dicm_img返回默认dicomread一样(转置img);
3所示。包括为Windows和Linux pigz快速gz (de)压缩。

1.34.0.0

1。修复错误的多帧dicom单帧;
2。使许多片检测更可靠;
3所示。其他一些小的改进。

1.33.0.0

1。使用ImagePositionPatient获得SliceThickness如果可能的话;
2。覆盖的片数与独特ImagePositionPatient dicom头;
3所示。添加RescaleIntercept和RescaleSlope一致性检查。

1.32.0.0

见以前的更新

1.31.0.0

1。使用并行工具如果可用的和有价值的;
2。第一个测试版本八度3.8.1 (GUI不工作);
3所示。一些小的修正。

1.30.0.0

1。错误修复失踪的片数通用多帧dicom;
2。sort_dicm负责多个StudyID;
3所示。小改进dicm2nii, dicm_hdr dicm_dict。

1.29.0.0

可选的输出参数sort_dicm

1.28.0.0

1。包括新文件sort_dicm,不同文件对象到子文件夹;
2。还记得去年转换的GUI设置;
3所示。其他一些小的改进。

1.27.0.0

照顾不同在飞利浦PAR回车问题文件

1.26.0.0

1。照顾了一些第三方虚拟现实dicom转换器;
2。一些小的改进。

1.25.0.0

1。解决这个问题引起的PAR 4.2关键字情况变化;
2。忽略标准文件扩展名的情况。

1.24.0.0

1。可以处理压缩tgz, tar文件吗
2。一些小的修正

1.23.0.0

1。非唯一ixyz照顾;
2。错误修正为slice_code交错下行;
3所示。错误修正为GE交错文件顺序;
4所示。为唯一存储读出。

1.22.0.0

1。图像存储变化使DTI数据为目前5.05和以后工作
2。改变阶段方向为目前在图像空间
3所示。使用ProtocolName西门子数据
4所示。通用数据:可以得到相位方向后的版本;照顾交叉编号

1.21.0.0

1。新的通用数据的修复工作,包括DTI;
2。改善现状数据转换;
3所示。更好的为通用电气/飞利浦数据文件名称;
4所示。许多较小的修复和改进。

1.20.0.0

不再设置cal_min和cal_max,所以避免显示范围问题。

1.19.0.0

1。商店目前片dcmHeaders.mat时机;
2。实现多波段dicom片时机;
3所示。一些通用的数据片订单错误修正;
4所示。其他一些小的改进;

1.18.0.0

1。错误修复岩豚鼠系列检测;
2。错误修复rename_dicm:失踪的制造商

1.17.0.0

1。金宝app支持dicom没有元信息;
2。gzip的Bug修复。m检测;
3所示。解决问题~主文件夹;
4所示。改进错误信息文件。

1.16.0.0

专业:
1。跳过丢失文件检查;
2。在开始的一系列允许丢失的文件。
未成年人:
1。DTI参数解析错误修正;
2。还将错误信息保存到一个文件中;
3所示。其他一些小的改进。

1.15.0.0

1。错误修复和改进对DTI参数。
2。交易菲利普multi-frame B0正确映射。
3所示。伟大的速度改进multi-frame并建置。

1.14.0.0

1。为AFNI头/四国文件实现转换。
2。Bug修复处理当前文件夹的src文件夹等。

1.13.0.0

1。小改进dicm_hdr: V4.1 PAR文件读取正确;
2。做一些核磁共振参数非强制性,所以可能适合其他形态。

1.12.0.0

1。金宝app支持隐式虚拟现实dicom;
2。让dicm_hdr dicm_img和dicm_dict用户从dicm2nii通过提取它们。添加rename_dicm。
3所示。改善dicm_hdr

1.11.0.0

1。首先对飞利浦多帧使用多种工作版本
2。一些调整dicm_hdr
3所示。小bug修复

1.10.0.0

1。适用于西门子non-mosaic DTI数据。
2。使图形变换矩阵健壮,旨在为飞利浦工作单一dicom文件(测试虽然没有数据)。
3所示。dicm_hdr现在可以解码平方。
4所示。避免fullfile,因为它不接受cellstr老Matlab。

1.9.0.0

主要:首先实现通用电气和飞利浦数据的转换。
小:删除依赖normc等等。

1.8.0.0

错误修复DTI bval / bvec引入最新更新的文件

1.6.0.0

1。试着建议使用pigz gz压缩
2。解决字段丢失错误DTI数据有一个激。
3所示。从命令行策划保护GUI。

1.5.0.0

‘*’输入的错误修正,并为dicom头读一些小的改进

1.4.0.0

一些SPM用户可能没有图像处理工具箱。这个更新删除这个依赖项。这也加快了dicom头解析。

1.3.0.0

1。从dcm2nii文件名更改。dicm2nii.m m。这将避免混淆与MRICron dcm2nii转换器。
2。GUI实现。
3所示。错误修复cellstr输入多个文件。

1.2.0.0

1。允许指定一个subjectID nii;
2。接受更多的输入源选择,像1或多个dicom文件,或者像run1通配符* .dcm;
3所示。NIfTI工具箱包括相关代码在m文件,以方便分布。

1.1.0.0

一些小的改进代码。使用添加一行。

1.0.0.0

问题在这个视图或报告GitHub插件,参观GitHub库
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