使用卷裂殖体与屏蔽图片

创建了图像

如果你想段卷不适合内存,创建一个blockedImage对象来表示体积。这个例子使用一堆核磁共振脑图像体积,存储在MAT-filevol_001.mat。核磁共振数据的修改子集小鬼数据集(1]。在核磁共振数据,你可以看到你想要的肿瘤部分颞叶。

负载(fullfile (toolboxdir (“图片”),“imdata”,“BrainMRILabeled”,“图片”,“vol_001.mat”));

读取文件加载240 - 240 - 155卷命名卷进入工作区。

谁卷

名字大小字节240 x240x155 17856000 uint16卷类属性

创建一个阻止图像体积,指定大小的块。(如果你有一个卷,不适合在内存中,您可以指定文件名blockedImage。)

bim = blockedImage(卷,“BlockSize”(120 120 120))

bim = blockedImage属性:只读属性来源:[240 x240x155 uint16]适配器:[1 x1 images.blocked。InMemory)大小(240 240 155):SizeInBlocks: [2 2 2] ClassUnderlying:“uint16”可设置的属性BlockSize: (120 120 120)

考虑到指定的块大小,阻止了图像在每个维度创建两个街区。

打开卷裂殖体

打开裂殖体体积应用程序选择。应用程序在MATLAB®将来发布选项卡。在图像处理和计算机视觉部分中,选择裂殖体体积。

阻塞映像加载到裂殖体的体积

加载了图片进入裂殖体体积应用程序,选择打开卷在应用程序将来发布。对于这个示例,选择打开阻止形象的工作区。进口量的对话框中,选择了图像在工作区中创建,荡妇,然后单击好吧。此外,您可以指定一个阻塞图像当你打开应用程序使用volumeSegmenter命令:volumeSegmenter (bim)。

应用程序负载体积并显示其内容。使用了图像时,应用程序将显示一个块的内容。的概述选项卡显示你当前浏览的块在整个体积。

探讨了图像

使用裂殖体体积应用,探索体积来确定你想要什么。了图像,应用包括几个助航设备,帮助探索每一块。

当前块——视图的三维表示块的内容当前块选项卡。添加取向轴和一个线框显示,去3 d应用程序将来发布显示选项卡中。从不同的角度查看块,使用鼠标来旋转展示。

概述——显示了当前块的位置与其他块阻塞的形象。添加取向轴和一个线框显示,使用选项三维显示标签的应用程序将来发布。从不同的角度查看块,使用鼠标来旋转展示。当你探索块,显示更新显示您当前所选块,以及你去过你标记为完成。当前块红色所示。访问阻塞或加工是黄色的。块你马克是绿色的。

你也可以定制显示的体积三维显示选项卡中应用将来发布。例如,如果你有元数据描述体素的相对大小,您可以指定它空间参考的一部分三维显示选项卡。来提高你的数据视图,您可以更改背景颜色中使用3 d显示,修改显示的阈值和不透明性,包括定位轴的显示。

了图像选项卡——阻止图像,应用程序添加一个了图像应用程序将来发布选项卡。这个选项卡包含导航艾滋病帮助你移动图像中块的阻塞。例如,移动到下一个未处理的块,点击下一个块。你也可以搬到一个特定的块通过指定块的坐标X- - - - - -,Y- - - - - -,Z相互重合。表明你是做加工一块,点击马克块完成。马克一块完成时,程序计算的比例煮熟度为整个体积。

片面板,查看每个块的体积片窗格。使用滑块底部的标签从切片。默认情况下,片窗格显示体积的沿着x - y轴,但您可以使用按钮改变这种取向部分将来发布的裂殖体选项卡。的片窗格也使用绘图工具来定义roi。片的屏蔽图片一样,视图只显示当前的块。对象你想段可能跨越几个街区。应用程序显示当前块的数量,总数的片,顶部的面板。例如,50/120。。

使用绘图工具来阻塞标签地区图像

一旦你已经确定了你想要的对象,使用的工具画选项卡中应用将来发布标签对象出现在每一块。您可以使用任何的绘图工具屏蔽了图片:油漆刷工具,填充区域工具,橡皮擦工具,徒手画的,协助徒手画的,多边形区域(ROI)的形状。

与任何体积,大脑开始标记,首先创建所有的标签你想使用分割。在标签窗格中,默认情况下,应用程序提供一个标签命名Label1。改变标签更具描述性的名称为您的应用程序,双击标签和输入新名称。更改默认颜色相关的标签,双击彩色广场与标签,并选择相关的颜色对话框。当一个对象被嵌套在另一个对象,如肿瘤出现在大脑切片,标签更大的地区。单击+按钮创建额外的标签。

在片窗格中,导航到一片的对象出现在块并使用绘图工具标签的对象。这图显示了油漆刷工具,但是您可以使用任何的绘图工具。

利用插值速度创造对象的ROI

你可以穿过一个街区,挤牙膏式,每个片上画一个ROI的对象出现。然而,裂殖体体积应用程序提供了一些自动化工具,可以帮助跨片分割对象。这些自动选择过程只在一块切片。

利用插值来加快标签,您必须先手动标签在两片。例如,一片上创建一个标签,使用相同的过程来定义标签在另一片。应用的地方两条滑块,使用相关的颜色标签,表明定义roi的片。

与对象定义在两片,点击自动插入。应用自动定义ROI其间的幻灯片。应用程序使用固体蓝色栏表明所有片roi。

另外,在两片上定义一个ROI后,单击手动插入。使用该选项时,该应用程序打开手动插入对话框。你选择你想要插入的两个区域,地区之一和两个地区。默认情况下,对话框打开一片,你定义了一个地区。选择第一个区域,点击地区之一。导航到其他片上定义一个区域,使用滑块或通过单击蓝色指标高于滑块。选择第二个区域,点击两个地区。选择这两个地区之后,点击运行在所有干预片插入ROI。

使用自动化改进标签和执行自定义处理

您可以使用一个算法来改进标签定义和执行其他处理自动屏蔽了图片。这个应用程序包括几个slice-based和基于卷的算法自动化选项卡。首先,选择算法。例如,选择基于卷的算法首先进行阈值在算法部分的自动化选项卡将来发布。一旦你选择算法,选择算法参数为任何algorithm-specific参数指定值可能与算法有关。因为大津阈值算法不支持任何参数,不启用这个选项。金宝app对于slice-based算法,您可以指定哪个片你想过程:当前片,一组片从当前回到一开始或从当前片。选择算法后,指定algorithm-specific参数,如果可用,并选择幻灯片操作,点击运行。

处理所有块和审查结果

使用屏蔽图片时,你有其他选择进行自动化处理。为屏蔽图片,默认情况下,自动化算法操作片在当前块。然而,对所有的块进行自动化处理阻塞图像,点击自动化在所有模块。如果你已经标记一些块完成,确保跳过了不启用。支持并行处理的块,点击使用并行。

审查的结果处理和接受或拒绝每一块,点击审查结果在点击之前选择这个选项运行。应用程序显示了审查和接受自动化结果对话框。选择为每个块你接受并单击复选框选择接受完成。

添加自定义自动化算法

你也可以添加自己的算法来对roi进行操作。在自动化选项卡上,单击添加算法。选择您想要处理操作每个二维片(Slice-based)或对整个三维体积(基于卷)。

对于这个示例,在Slice-Based,选择新选项,然后单击函数模板创建一个新的函数作用于每一个二维切片。在MATLAB应用程序打开模板编辑器。在模板的示例代码替换为您想要使用的代码。你的函数必须接受两个参数:每个片作为一个单独的图像和一个面具。你的函数必须返回一个面具的形象。

当你完成编辑模板,保存文件。的裂殖体体积程序会自动创建一个按钮自动化选项卡将来发布的功能。在一片测试功能,点击运行。默认情况下,应用该函数适用于只有当前切片。

保存分割

当你完成标签的大脑和肿瘤体积,保存分割。保存标签通过选择一个新的空文件夹保存标签>另存为从裂殖体选项卡。图像裂殖体节省每一块标签作为一个单独的H5图像文件。

如果你继续修改标签的应用程序,然后你可以通过选择覆盖旧的标签文件保存标签>保存。在保存分割之后,您可以打开自动保存,定期保存自动分割。

查看标签卷

把面具,使用bigimageshow函数。

引用

[1]医学分割十项全能。“大脑肿瘤。”Tasks. Accessed May 10, 2018.http://medicaldecathlon.com/。

有钱的数据集是由医学分割使用4.0许可下十项全能。保证和陈述都否认。有关详细信息,请参阅许可。MathWorks®已经修改这个示例中所使用的数据的子集。这个例子使用一个扫描的MRI数据从原始数据集,保存到一个垫子文件。