isotopicdist

计算高分辨率同位素质量分布和密度函数

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(医学博士,信息,DF)= isotopicdist (SeqAA) (医学博士,信息,DF)= isotopicdist (复合) (医学博士,信息,DF)= isotopicdist (公式) isotopicdist (…“NTerminal”,NTerminalValue,……) isotopicdist (…“CTerminal”,CTerminalValue,……) isotopicdist (…“决议”,ResolutionValue,……) isotopicdist (…”,FFTResolution',FFTResolutionValue,……) isotopicdist (…“FFTRange”,FFTRangeValue,……) isotopicdist (…“FFTLocation”,FFTLocationValue,……) isotopicdist (…”,NoiseThreshold',NoiseThresholdValue,……) isotopicdist (…“ShowPlot”,ShowPlotValue,……)

描述

(医学博士,信息,DF)= isotopicdist (SeqAA)分析一个肽序列,并返回一个包含预期的质量分布矩阵;结构包含单一同位素的质量,平均质量,最丰富的质量,名义上的质量,和经验公式;包含预期的密度函数和矩阵。

(医学博士,信息,DF)= isotopicdist (复合)分析复合指定一个数值向量或矩阵。

(医学博士,信息,DF)= isotopicdist (公式)由实证分析复合指定化学公式代表的结构公式。的字段名公式必须有效的元素符号和区分大小写。相应的值公式为每个元素原子的数量。公式也可以指定的数组结构多个公式。字段名称可以在任何顺序结构。然而,如果有多个结构,每个订单必须相同。

isotopicdist (…”,PropertyName”,PropertyValue,……)调用isotopicdist与使用属性名可选属性/属性值对。您可以指定一个或多个属性在任何顺序。附上每个PropertyName在单引号。每一个PropertyName是不区分大小写。这些属性名称/属性值对如下:

isotopicdist (…“NTerminal”,NTerminalValue,……)修改的氨基端肽。

isotopicdist (…“CTerminal”,CTerminalValue,……)修改的c端肽。

isotopicdist (…“决议”,ResolutionValue,……)指定的近似解析工具,给出高斯宽度(在道尔顿)全宽度的一半高度(FWHH)。

isotopicdist (…”,FFTResolution',FFTResolutionValue,……)每道尔顿指定数据点的数量,计算快速傅里叶变换(FFT)算法。

isotopicdist (…“FFTRange”,FFTRangeValue,……)指定的绝对范围(窗口大小)在道尔顿FFT算法和输出密度函数。

isotopicdist (…“FFTLocation”,FFTLocationValue,……)指定的位置FFT(窗口)定义的范围FFTRangeValue。它指定这个位置通过设置的位置范围的下限,相对于单一同位素的峰的位置,计算isotopicdist。

isotopicdist (…”,NoiseThreshold',NoiseThresholdValue,……)删除分小于质量分布1 /NoiseThresholdValue次最丰富的质量。

isotopicdist (…“ShowPlot”,ShowPlotValue,……)控件的显示质量分布的阴谋。

输入参数

`SeqAA`	肽序列通过指定: 特征向量或字符串的单字符编码单元阵列特征向量或字符串向量指定多个肽序列提示您可以使用`getgenpept`和`genpeptread`函数从GenPept数据库或检索肽序列GenPept-formatted文件。然后,您可以使用`粘住`函数执行一个insilico消化肽序列。的`粘住`函数创建一个单元阵列特征向量代表肽片段,您可以提交`isotopicdist`函数。
`复合`	化合物通过指定: 数值向量的形式`[C H N O S]`,在那里`C`,`H`,`N`,`O`,`年代`非负数字表示原子的碳的数量,分别为氢、氮、氧和硫的化合物。 M-by-5数字矩阵指定多个化合物,每行对应一个复合,每一列对应一个原子。
`公式`	化学公式通过指定: 结构的字段名称是有效的元素符号和大小写敏感的。各自的值为每个元素原子的数量。结构数组指定多个公式。请注意如果`公式`是一个单一结构、字段的顺序无关紧要。如果`公式`是一个结构数组,然后字段的顺序在每个结构必须相同。
`NTerminalValue`	修改的氨基端肽,规定: 之一`“没有”`,`“胺”`(默认),`“甲酰”`,或`的乙酰` 自定义修改指定的一个经验公式,由一个结构。结构必须有有效的字段名称元素符号和大小写敏感的。各自的值为每个元素原子的数量。
`CTerminalValue`	修改的c端肽,规定: 之一`“没有”`,`“freeacid”`(默认),或`酰胺的` 自定义修改指定的一个经验公式,由一个结构。结构必须有有效的字段名称元素符号和大小写敏感的。各自的值为每个元素原子的数量。
`ResolutionValue`	在道尔顿指定值的近似解析工具,给出高斯宽度宽度一半高度(FWHH)。默认值:`1/8`达
`FFTResolutionValue`	每道尔顿值指定数据点的数量,用于计算FFT算法。默认值:`1000年`
`FFTRangeValue`	指定的绝对价值范围(窗口大小)在道尔顿FFT算法和输出密度函数。默认情况下,这个值是自动估计基于分子的重量。实际的FFT范围内部使用`isotopicdist`进一步增加,这样吗`FFTRangeValueFFTResolutionValue`是2的幂。提示增加了`FFTRangeValue`如果信号所代表的`DF`输出似乎被截断。提示超高分辨率可以解决micropeaks名义质量相同,但确切的质量略有不同。为了实现超高分辨率,增加`FFTResolutionValue`和减少`ResolutionValue`,但确保`FFTRangeValueFFTResolutionValue`在可用内存。
`FFTLocationValue`	分数,指定的位置FFT(窗口)定义的范围`FFTRangeValue`。它指定这个位置通过设置的位置FFT范围的下限,相对于单一同位素的峰的位置,计算`isotopicdist`。FFT区间下限的位置将monoistopic峰的质量`- (FFTLocationValueFFTRangeValue)`。提示您可能需要FFT范围转移到左边在极少数情况下,化合物包含一个元素,如铁或氩的最丰富的同位素不是最轻的一个。默认值:*`1/16`
`NoiseThresholdValue`	值删除分小于质量分布`1 /NoiseThresholdValue`次最丰富的质量。默认值:`1 e6`
`ShowPlotValue`	控制显示同位素质量分布的阴谋。的选择是`真正的`,`假`,或`我`,这是一个整数指定一个化合物。如果设置为`真正的`,第一个化合物绘制。默认是: `假`——当您指定返回值。 `真正的`——当你没有指定返回值。

输出参数

`医学博士`	质量分布表示为一个两列矩阵的每一行对应一个同位素。第一列中列出了同位素质量,质量第二列列表的概率。
`信息`	肽序列或复合结构包含质量信息在以下领域: `NominalMass` `MonoisotopicMass` `ObservedAverageMass`——估计的`DF`信号输出,使用指定的仪器分辨率`“决议”`财产。 `CalculatedAverageMass`——直接从输入公式计算,假设完美的仪器分辨率。 `MostAbundantMass` `公式`——包含每个元素的原子结构。
`DF`	密度函数表示为一个两列矩阵的每一行对应一个m / z值。第一列中列出了质量,和第二列列表的相对强度信号质量。

例子

计算和显示的同位素质量分布肽序列MATLAP乙酰氨基端和一个酰胺c端:

MD = isotopicdist (‘MATLAP’,‘nterm’,‘乙酰’,‘cterm’,‘酰胺’,……showplot, true) MD = 643.3363 0.6676 644.3388 0.2306 645.3378 0.0797 646.3386 0.0181 647.3396 0.0033 648.3409 0.0005 649.3423 0.0001 650.3439 0.0000 651.3455 0.0000

计算和显示谷氨酰胺的同位素质量分布(C₅H₁₀N₂O₃):

MD = isotopicdist ([5 10 2 3 0],“showplot”,真的)MD = 146.0691 0.9328 147.0715 0.0595 148.0733 0.0074 149.0755 0.0004 150.0774 0.0000

显示的同位素质量分布“averagine”模式,其分子式表示统计出现的所有已知的蛋白质的氨基酸:

isotopicdist ([4.9384 7.7583 1.3577 1.4773 0.0417])

引用

a [1] Rockwood L。,范Orden, s . L。,年代mith, R. D. (1995). Rapid Calculation of Isotope Distributions. Anal. Chem.67:15,2699 - 2704。

a [2] Rockwood L。,范Orden, s . L。,年代mith, R. D. (1996). Ultrahigh Resolution Isotope Distribution Calculations. Rapid Commun. Mass Spectrum10,54-59。

[3]Senko,分子量Beu, s . C。,McLafferty, F. W. (1995). Automated assignment of charge states from resolved isotopic peaks for multiply charged ions. J. Am. Soc. Mass Spectrom.6,52-56。

[4]Senko,分子量Beu, s . C。,McLafferty, F. W. (1995). Determination of monoisotopic masses and ion populations for large biomolecules from resolved isotopic distributions. J. Am. Soc. Mass Spectrom.6,229 - 233。