主要内容

pdbdistplot

在蛋白质数据库(PDB)文件中可视化分子间距离

语法

pdbdistplot (PDBid）
pdbdistplot (PDBid，距离）
pdbdistplot (＿＿＿“链”,ChainID）
pdbdistplot (＿＿＿“模型”,ModelNum）
pdbdistplot (＿＿＿“杂”,特遣部队）

参数

PDBid

下列任何一项:

  • 为蛋白质结构记录指定唯一标识符的字符向量或字符串。

  • 一个MATLAB变量的名称®结构包含分子结构的PDB信息，如由getpdb或pdbread．

  • 包含分子结构的PDB信息的文件名称，例如由getpdb与“去整理”财产。

请注意

PDB数据库中的每个结构都由一个四个字符的字母数字标识符表示。例如,4 hhb是血红蛋白的识别代码。
距离

间谍阴谋中的临界值距离(以埃为单位)。默认是7．
ChainID

下列任何一项:

  • 指定链ID的字符向量或字符串。

  • 指定要考虑的链id列表的字符向量或字符串向量的单元数组。

ChainID是区分大小写的。默认情况下，会考虑模型中包含的所有链。
ModelNum

正整数，指定考虑哪个模型。默认值为1。

描述

pdbdistplot显示PDB结构中原子之间和残基之间的距离。

pdbdistplot (PDBid）指定的结构PDBid从PDB数据库创建一个热图显示残留物之间的距离和间谍图显示最小距离小于的残留物7埃。如果存在多个链PDBid，就会产生不同的情节。

pdbdistplot (PDBid，距离）指定间谍阴谋上显示的阈值距离。默认是7．

pdbdistplot (＿＿＿“链”,ChainID）指定要考虑的链。默认情况下，会考虑模型中包含的所有链。

pdbdistplot (＿＿＿“模型”,ModelNum）指定要考虑的PDB结构模型。默认值为1。

pdbdistplot (＿＿＿“杂”,特遣部队）指定是否在残基相互作用图中包含杂原子。特遣部队是合乎逻辑的,真正的或假．默认是假．

例子

显示一个热图的残余距离和间谍阴谋在7长鳍金枪鱼的蛋白质细胞色素C。

pdbdistplot (“5 cyt”)；

在…展示间谍阴谋10相同结构的埃。

pdbdistplot (“5 cyt”10);

另请参阅

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之前介绍过的R2006a

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