在Linux上®和Macintosh操作系统,您可以使用不同于并行计算工具箱提供的MPI构建™. 本主题概述了创建用于通用计划程序接口的MPI生成的步骤。如果您已经有了替代MPI生成,请转至使用您的MPI构建.
将MPI源解压缩到计算机上的目标文件系统中mpich2-distro.tgz
想把它拆成/选择
关于建筑:
#cd/opt#mkdir mpich2和cd mpich2#tar zxvf路径/to/mpich2-distro.tgz#cd mpich2-1.4.1p1
使用启用共享
选项(这是至关重要的,因为您必须构建一个与兼容的二进制文件的共享库MPIMPICH2-1.4.1p1
对于R2013b至R2018b,或MPICH3.2.1
适用于R2019a及更高版本)。例如,以下命令使用复仇女神
信道设备及其应用工友
发射装置。
#./configure-prefix=/opt/mpich2/mpich2-1.4.1p1 \-启用共享--with device=ch3:nemesis \-with pm=gforker 2>&1 | tee log | make 2>&1 | tee-a log | make install 2>&1 | tee-a log
当您的MPI构建就绪时,此阶段将突出显示将其与通用调度器一起使用的步骤。要使集群使用不同的MPI构建,请执行以下步骤。
通过运行mpiexec
可执行文件。如果其bin/mpiexec
和lib/libmpich.so
在MPI安装位置提供。
遵循中的示例构建MPI,/opt/mpich2/mpich2-1.4.1p1/bin/mpiexec
和/opt/mpich2/mpich2-1.4.1p1/lib/libmpich.so
已准备好使用,因此您可以使用以下各项测试生成:
$/opt/mpich2/mpich2-1.4.1p1/bin/mpiexec-n 4主机名
创建一个mpiLibConf
(并行计算工具箱)函数来指导并行计算工具箱使用新的MPImpiLibConf.m
为您的生成返回适当的信息。例如:
函数[primary,extras]=mpiLibConf primary='/opt/mpich2/mpich2-1.4.1p1/lib/libmpich.so';额外费用={};
这个主要的,重要的
路径必须有效在集群上; 还有你的mpiLibConf.m
群集工作程序路径上的文件必须高于
(发送)草根
/工具箱/并行/mpimpiLibConf.m
作为此目的的附加文件不起作用。你可以得到mpiLibConf.m
通过将文件移动到路径上的文件夹中,或让调度程序使用光盘
在其命令中,以便启动MATLAB®来自包含函数的文件夹中的工作进程。)
确定必要的守护进程和命令行选项。
确定所有必要的守护进程(通常类似于mpdboot
或开关电源
).这个工友
本节中的构建示例使用不需要在集群上运行服务或守护进程的MPI,但它只能使用本地计算机。
确定要传递到的正确命令行选项mpiexec
.
要设置集群以使用新的MPI构建,请修改通信作业包装器脚本以选择正确的mpiexec
. 此外,包装器脚本中可能有一个启动MPI process manager守护进程的阶段。
通信作业包装器脚本必须:
确定计划程序分配了哪些节点。
启动所需的守护进程。例如,对于MPD process manager,这意味着调用“mpdboot-f
.
定义哪个mpiexec
用于启动工人的可执行文件。
停止守护进程。例如,对于MPD进程管理器,这意味着调用“mpdallexit”
.
有关通信作业包装器脚本的示例,请参阅插件脚本示例(并行计算工具箱).