从反应推导常微分方程
对模型仿真,SimBiology®常微分方程(ode)来自模型反应使用质量平衡原理。小(lh)的颂歌是对一个模型的数量和眼睛(RHS)是使用反应定义通量,来自反应率和利率规则。换句话说,SimBiology表示一个系统的常微分方程如下。
是一个米——- - - - - -1向量包含利率变化的模型数量,年代是一个米——- - - - - -R化学计量矩阵,v是一个R——- - - - - -1通量向量。米等于物种的总数,R=在模型中反应的总数
在模型反应转化为常微分方程,SimBiology执行多维度分析,以确保每个反应通量的维度物质/时间如/时间或质量/时间。如果反应速率的维数浓度/时间室,然后SimBiology繁殖它的体积反应的通量。如果反应速率的维数物质/时间,那么通量率是相同的,和不执行体积校正。如果没有单位指定的模型中,一个物种的默认尺寸(DefaultSpeciesDimension)是浓度,这对于一个通量物质/时间。在这种情况下,ODE是流量除以一个隔间卷lh的维数和RHS一致。下图给出了一个例子。
假设有一个反应x - y >反应速率R1。下图解释了量纲分析由SimBiology lh的维度和RHS颂歌的一致。
