主要内容

模拟对生物变异和剂量的反应

模拟生物变异来比较动物物种、菌株或实验条件,并研究不同的剂量策略

功能

sbiosimulate 模拟SimBiology模型
createSimFunction 创建SimFunction对象
sbiodose 构建剂量对象
adddose 向模型中添加剂量对象
addobservable 添加可观察对象到SimBiology模型
sbiovariant 构造变量对象
addvariant 向模型添加变体
sbiosteadystate 求稳态SimBiology模型
sbioaccelerate 为加速模拟准备模型对象
sbiosampleparameters 通过抽样协变量模型生成参数(需要统计和机器学习工具箱软件)
sbiosampleerror 基于误差模型的采样误差,并在仿真数据中加入噪声
sbioplot 图模拟结果为一图
sbiosubplot Plot模拟结果在subplot中
sbiotrellis 在格子图中绘制数据或模拟结果
sbioensemblerun 的多个随机集合运行SimBiology模型
sbioensembleplot 使用2-D或3-D图显示集成运行的结果
sbioensemblestats 从集成运行数据获取统计信息

对象

可观测的 对象,包含用于后模拟计算的表达式
场景 模拟的场景
SimFunction 执行SimBiology模型的类函数接口
ScheduleDose 确定给药方案
RepeatDose 确定给药方案
变体 存储备用组件值
SimData 仿真数据
Configset 用于模型仿真的求解器设置信息
SolverOptions 指定模型求解器选项
RuntimeOptions 被砍伐物种的选择
CompileOptions 量纲分析和单位转换选项

应用程序

SimBiology模型构建器 交互式建立QSP, PK/PD和机械系统生物学模型
SimBiology模型分析 分析QSP, PK/PD和机械系统生物学模型

例子和如何做

使用SimBiology模型分析仪应用程序模拟生物变异与虚拟患者

为模型参数生成样本值,以表示虚拟患者,并进行模拟,以探索模型的可变性。

利用野生型和突变菌株模拟酵母G蛋白循环的生物变异性

这个例子展示了如何创建和应用一个变种的G蛋白模型的野生型菌株。

模拟不同初始条件下葡萄糖-胰岛素反应模型

这个例子展示了如何模拟正常和糖尿病受试者的葡萄糖-胰岛素反应。

概念

在SimBiology模型中剂量

使用剂量来模拟不同的剂量方案。

SimBiology模型中的变体

使用变量来存储模型的备用参数值和初始条件。

模型仿真

使用各种求解器模拟动态模型。

选择一个模拟求解器

SimBiology®在模型模拟过程中,使用求解函数计算不同时间间隔的微分方程组的解。金宝搏官方网站

加速模型模拟和分析

通过将模型转换为编译的C代码来加速仿真或分析。

在SimBiology中结合模拟场景

使用两种不同的方法组合生成的样本。

故障排除

故障诊断仿真问题

解决SimBiology模拟错误,如集成公差不满足错误,通过改变求解器或公差。

选择绝对公差和相对公差进行仿真

SimBiology使用AbsoluteToleranceRelativeTolerance在模拟过程中控制积分的精度。

从反应中得到ode

对于模型模拟,SimBiology利用质量平衡原理从模型反应推导出常微分方程(ode)。