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日晷解决者

SUNDIALS(非线性和微分/代数方程求解套件)是免费提供的第三方软件包的一部分劳伦斯利弗莫尔国家实验室.用于模拟SimBiology的所有其他ODE求解器®模型,如数值ode15s,是MATLAB的一部分®ODE套件。SimBiology目前(R2018b或更高版本)使用SUNDIALS 3.1.0。

SimBiology总是使用SUNDIALS求解器对模型进行敏感性分析,不管您选择了什么SolverType在配置集中。

此外,如果您正在使用sbiofit或使用基于梯度的估计函数之一的Fit Data程序:fminconfminunclsqnonlin,或lsqcurvefit, SimBiology默认使用SUNDIALS求解器来计算灵敏度,并使用它们来改进拟合。如果你正在使用sbiofit时,可通过设置“SensitivityAnalysis”的名称-值对参数.但是,如果您正在使用Fit Data程序,则不能关闭此功能。建议您尽可能保持灵敏度分析特性,以获得更精确的梯度逼近和更好的参数拟合。

当你指定日晷对于求解器,软件选择两个SUNDIALS求解器中的一个,CVODE或IDA,以适合您的模型:

  • CVODE是ode系统的求解器,包括非刚性和刚性。当模型没有代数规则时使用。

  • 艾达是一个微分代数方程(DAE)求解器,当存在一个或多个代数规则时使用。

有关日晷求解器的更多信息,请参见https://www.llnl.gov/casc/sundials/description/description.html

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