扫描剂量方案使用SimBiology模型分析软件——MATLAB和Simulink MathWorks日本金宝app

使用SimBiology模型分析仪App扫描剂量方案

这个例子展示了如何评估不同剂量的疗效和毒性SimBiology模型分析应用程序使用目标(受体)占用作为生物标记。这个例子使用了靶介导的药物处置(TMDD)模型［1］用细微的修改。

靶介导药物处置(TMDD)模型

靶介导药物配置(TMDD)是一种药物与其药理学靶点(如受体或酶)高度亲和性结合的现象，这种相互作用反映在药物的药代动力学特征中。

这个示例使用了一个基于Mager和Jusko使用的模型的修改过的TMDD模型［1］稍作调整。作者提出了一种通用的TMDD模型，该模型解释了饱和药物靶结合和靶(或受体)介导的消除。药物在等离子体可逆地与未绑定的绑定目标形成药物靶点复杂的．今敏和考夫分别为缔合速率常数和离解速率常数。间隙的自由药物和复杂的从等离子体由一阶过程描述，速率常数为凯尔和公里,分别。自由目标周转率用零级合成速率来描述ksyn一阶消去(速率常数，kdeg)．自那以后，TMDD模型的变体被用来描述许多药物的药代动力学。

对Mager和Jusko提出的模型进行的调整如下:

目标入住率(来)的模型为来＝复杂的／(目标+复杂的）,在那里来为参数，且复杂的和目标是物种。

探索使用不同剂量的模型反应

调查目标占用率的模型响应(来)。

负载TMDD模型

在MATLAB^®命令行，加载模型(m1通过输入:
```
sbioloadprojecttmdd_with_TO.sbproj
```
打开SimBiology模型分析应用程序通过输入simBiologyModelAnalyzer在命令行或单击SimBiology模型分析在应用程序选项卡。
在首页选项卡上,选择模型>从MATLAB导入模型．选择TMDD．

生成剂量数组并模拟模型

首先，创建一个程序来生成从0到300纳米摩尔的不同剂量的剂量阵列。

选择程序>生成样本．
在生成样本步骤，双击下面的空单元格组件名称并输入每日剂量。量．
下每日剂量。量,设置类型来MATLAB代码,并设置代码来linspace(0300年,31)．该代码指定了31种剂量的生成，剂量范围从0到300纳米摩尔。
点击plot按钮，禁用绘制剂量样品，如图所示。
添加一个模拟步骤，以使用定义的剂量模拟模型。点击程序左上方的(+)图标并选择模拟．一个模拟步骤出现在生成样本的一步。
在模型一步,单击州日志．选择来通过清除所有其他复选框，将其作为唯一要记录的状态。
在首页选项卡上,单击运行．
一旦模拟完成，程序就会把结果绘制出来Plot1，显示模型响应的时间过程(来)。

提示

绘图由当前在应用程序工作区中的数据支持。情节不是快照。当数据(无论是实验数据还是模拟结果)被删除或更改时，绘图也会根据底层数据的变化进行更新。

定义最大和最小目标占用阈值

调查哪些剂量与来在安全范围内的反应(= 0.85)及功效(= 0.15)阈值。一种方法是添加两条(水平)阈值线到来响应图。

在首页选项卡,项目部分中,点击新的数据表．
在浏览器窗格中,展开Program1文件夹，然后展开LastRun文件夹中。
拖结果进入新的数据表。数据表显示时间和来列及其相应的值。
指向表格并通过单击右上角的(+)图标添加表达式。

请注意

在数据表中添加表达式时LastRun，该表达式被添加为可观测的对象指向模型。此外,后处理:计算可见步骤也被添加到生成LastRun数据。
双击Name1重命名它EfficacyThreshold．
双击单位并输入无量纲的．
双击表达式细胞和输入0．15．表达式为每个时间点用相同的常量值(0.15)填充列。
同样，添加另一个表达式列，名为SafetyThreshold与表达0．85．扩大结果在LastRun文件夹中。这两个表达式列中的值是标量值可见现在存储在名为标量下结果．
现在可以绘制最大和最小阈值以及模拟数据。在首页选项卡上,单击新的剧情．
新闻Ctrl并选择来，EfficacyThreshold,SafetyThreshold变量的浏览器窗格。把他们拖进情节。现在的图显示来以及有效性和安全性阈值线。

在不同的坐标轴上可视化目标占用反应

情节表明了这一点来反应要么超过安全阈值，要么低于有效阈值。为了更好地可视化观察，您可以自定义图，以看到每个剂量和相应的来不同坐标轴上的响应。

在属性编辑器,在视觉通道表,设置反应来颜色和场景来网格．
点击情节的设置．为情节YLabel,输入来的价值。
在轴的限制部分中,选择连接轴在标签上显示同一组标签y-axis用于所有子图。

后处理仿真结果

除了在单独的坐标轴上目测每个响应图外，您还可以添加一个后处理步骤来查询哪些剂量量停留在阈值之内。

单击Program1选项卡。在后处理:计算可见步骤中双击第一个空单元格的名字列和输入:stat1．
在表达式列中,输入max(TO) < 0.85 & min(TO) > 0.15．设置单位无量纲的．

请注意

任何时候你把一个表达式加到可见表中，表达式将自动添加为可观测的对象指向相应的模型。
选择stat1作为唯一可观察到的。清晰的EfficacyThreshold和SafetyThreshold．
评估stat1，单击上方的运行按钮来运行模拟步骤模拟的一步。