主要内容

Optimalleaforder

阶层クラスタリング最适な叶顺序顺序

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构文

Leaforder = Optimalleaforder（Tree，D）
Leaforder = Optimalleaforder（树，D，名称，值）

说明

例

叶订单= Optimalleaforder（树，，，，d）は，距离dを使用て，阶层ツリーツリー树最适なのを返します。二分木に最适ノードノードのの顺序顺序ををを使用使用する，，クラスタークラスターをを分割分割せずずにツリーツリーののののを反転反転反転反転せせせててててて度を化できます。

叶订单= Optimalleaforder（树，，，，d，，，，名称，价值）1つつ复数名前とのペアを使用て最适最适な叶ノードノードの顺序をますます

例

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连锁をし阶层バイナリクラスターツリーをします次に既定ののの顺序ををを使用使用したた系统树树とと，なな叶ノードのの

标本データ生成します。

rng（'默认'）％可再现性x = rand（10,2）;

距离ベクトルクラスタリングツリー作成し距离とツリーを使用しして，最适なな叶ノードのの顺序顺序顺序。

d = pdist（x）;树=链接（d，'平均'）；Leaforder = Optimalleaforder（Tree，d）;

既定の使用た系统と最适なノードの顺序を使用したた系统树树ししし

图（）子图（2,1,1）树状图（树）标题（树）“默认叶顺序”）子图（2,1,2）树状图（树，“重新排序”，Leaforder）标题（“最佳叶顺序”）

图包含2个轴对象。轴对象1带有标题默认的叶顺序包含9个类型行的对象。轴对象2带标题最佳叶顺序包含9个类型线的对象。

下のにおける叶の，，叶订单の要素対応して。。

叶订单
Leaforder =1×101 4 9 10 2 5 8 3 7 6
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标本データ生成します。

rng（'默认'）％可再现性x = rand（10,2）;

距离ベクトル阶层クラスタリングツリー作成します。

d = pdist（x）;树=链接（d，'平均'）；

逆の変换使用して最适なノード顺序を判断判断ます。

Leaforder = Optimalleaforder（树，D，'转型'，，，，'逆'）
Leaforder =1×101 4 9 10 2 5 8 3 7 6

入力引数

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（m -1）行3列行列としてさ，バイナリツリー。。。は叶の数でありはは连锁によって生成さます。

叶の间度をするの距离距离のまたはベクトルとして指定指定しますます，，，pdistを使用て距离求めることができます。

名前と値引数

オプションの引数ペアをname1 = value1，...，namen = valuenとして指定ます。ここで姓名は引数名，价值は対応です名前と値のの引数の后ろにする必要必要がありますますが，ペアペアののの顺序

r2021aよりで，名前値それぞれコンマ使って，，姓名を引用で囲みます。

例：“标准”，“ group”，“转换”，“逆”，の変换を使用して，のととするクラスタークラスター内内におけるにおけるにおける他他のすべてすべての叶とのの类似度度をを合计し

最适なノードを决定するため最适化の条件。'标准'と次か値から构成れるコンマ切りペアとして指定指定ます。

'邻近的' 邻接すると类似の合计を化します。
'团体' 系统树レベル，それぞれ叶叶する内においてにおいて他のすべてすべての叶との类似类似度度ををを合计

例：“标准”，“团体”

距离を度に変换。。'转型'と，区のペアとして指定，，“线性”，'逆'または关数のかでされます。

d我，jsim我，jは，と叶叶のの距离度をています。。以下の相似変换変换が用意さされれ

“线性” SIM我，j=最大我，j（d我，j） - d我，j
'逆' SIM我，j= 1/d我，j

カスタムの关数使用するは，距离の行列dを受け入れ类似度の行列sを返すのをしますこのは距离のの値の范囲で単调减少减少ででなければなりなりsのサイズはdと同じばなりませ。。S（i，j）はD（i，j）に基づい计算れた度となります。

例：“转型”，@mytransform

出力引数

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长さのベクトル返さ，最适なノード顺序顺序顺序ははは叶のです。叶订单は指定れ距离と変换に最适なノードの顺序を指定指定ベクトルベクトルベクトル1：mの顺列です。

参照

[1] Bar-Joseph，Z.，Gifford，D.K。和Jaakkola，T.S。（2001）。“用于分层聚类的快速最佳叶子排序。”生物信息学卷。17，补充1：S22-9。PMID：11472989。

バージョン履歴

R2012Bで导入

参考

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